Новый журнал редактировали А. А. Петров и Н. М. Карамзин. Содержание первых частей журнала было достаточно разнообразным и в меру нравоучительным. Начиная с девятой части журнал заполняется длинными повестями, переведенными Карамзиным, и лишь с шестнадцатой вновь возвращается к прежней манере помещать небольшие занимательные статьи и рассказы, способные привлекать детей.
В 1788–1790 годах «Московские ведомости» имели приложением еще один журнал — «Магазин натуральной истории, физики и химии, или Новое собрание материй, принадлежащих к сим трем наукам». Номера его первые два года выходили два раза в неделю, а в третий — еженедельно. Редактировал журнал А. А. Прокопович-Антонский и помещал там переводы из трех французских словарей по естественным наукам. Это издание при всей наивности подхода редакторов к составлению номеров примечательно замыслом Новикова знакомить читателей с начатками естествознания и просвещать умы научными сведениями о строении мира, о свойствах физических тел, о явлениях природы, о Земле, ее животных и растениях. Масонским «таинствам» журнал открыто противопоставлял здравые, основанные на современных научных данных, сообщения, лишенные религиозной окраски, и по одному этому почин издателя заслуживает благодарной оценки.
Одновременно с «Городской и деревенской библиотекой» в 1782 году в университетской типографии Новикова выходил ежемесячный журнал «Вечерняя заря». Он имел сильно выраженное религиозно-мистическое направление и заключал в себе, как говорилось на его титульном листе, «лучшие места из древних и новейших писателей, открывающие человеку путь к познанию бога, самого себя и своих должностей».
«Вечерняя заря» была масонским, мистическим изданием, далеким от политики, от общественной жизни. Редактировал ее И. Г. Шварц. Сотрудники — ученики Шварца, студенты Московского университета: М. Антоновский, Л. Максимович, Д. Давыдовский, А. Лабзин и другие — переводили статьи религиозного содержания из иностранных журналов и печатали свои нравоучительные стихи.
Следующим периодическим изданием, выпускавшимся типографией Новикова, был журнал «Покоящийся трудолюбец». Он издавался не помесячно, а частями, причем две части вышли в 1784 году и две в 1785-м. Журнал этот называл себя продолжением «Вечерней зари», но по сравнению с ней был гораздо меньше связан с мистикой и отличался по литературному оформлению. Участвовали в нем студенты Московского университета: Антон и Михаил Антонские, Подшивалов, Сохацкий, Благодаров, Голубовский и другие. Кроме них, печатались поэт С. Бобров, П. Икосов.
В каждой книжке журнала сначала помещены статьи религиозно-моралистического характера, молитвы в стихах, переложения псалмов, а после них развлекательный материал: небольшие повести, анекдоты, загадки, эпиграммы, статейки для детей. Встречаются сатирические выпады против пороков, правда, имевшие вид чрезвычайно общий и далекие от «личностей» и злобы дня.
В лучшее время своей издательской деятельности Новиков выпускал в год более полутораста книг. Всего же с начала аренды университетской типографии до ареста в 1792 году он издал около девяти с половиной сотен книг, в числе которых были многотомные сочинения.
Разумеется, в этом потоке встречаются и масонские издания, но их было сравнительно мало. Главный же корпус образовали книги, помогавшие просвещению читателей. Новиков печатал сочинения русских авторов: Сумарокова, Хераскова, Николева, Фонвизина, Княжнина, Чулкова, Попова, Аничкова, Десницкого. В переводах на русский язык он издавал произведения Корнеля, Мольера, Расина, Руссо, Дидро, Даламбера, Свифта, Фильдинга, Смоллета, Гольдсмита, Стерна, Юнга, Локка, Клопштока, Виланда, Лессинга и многих, многих других.
Просветительным задачам Новикова было подчинено и художественное оформление его изданий. Он отказался от украшений книги, не связанных с ее текстом и носивших чисто декоративный характер. Новиков стремился к единству содержания книги с ее внешней формой.
Типография Новикова была богата. Разумный хозяин, он понимал, что новый, четкий шрифт, книжные украшения, заставки и гравюры, сопровождающие текст, привлекают читателей. Чисто, изящно напечатанные книги как бы сами просятся в руки, их покупают охотнее.
В типографии стояла сотня наборных касс с русскими шрифтами, полсотни — с иностранными, было девятнадцать печатных станов. Новиков заказывал для книг гравюры на меди, титульные листы, виньетки. Гравировальные доски заполняли кладовую. Лишь иногда он позволял себе повторить книжное украшение, побывавшее в печати, — обычно для каждого издания графические элементы книги обновлялись.
Новиков всегда тщательно следил за оформлением книг, он превосходно знал типографское дело. В его лице счастливо сочетались черты писателя, редактора, типографа, он как бы совмещал их профессии, в дальнейшем ставшие специальностью различных работников книжных изданий. Новиков сам выбирал художников, сообщал им идеи гравюр, внося определенные мысли в сочетания аллегорий и символов, общеизвестных и модных в те времена.
Так, например, виньетка, принятая Новиковым в качестве издательской марки «Общества, старающегося о напечатании книг», включала изображение пирамиды — символ знания, — освещенной вензелем государыни, и двух соединенных в пожатии рук, в кольце змеи, кусающей хвост, а кроме того, рог изобилия, жезл Меркурия, книги, тюки с товарами. Предметов много, но расположены они так, что не производят впечатления громоздкости и тесноты. А надпись: «Согласием и трудами» — это девиз, объединивший членов Общества вокруг печатания книг, несущих людям знания и любовь к искусству.
Массовое производство книги и стремление приблизить ее к читательским кругам побудили Новикова продумать и установить однотипность изданий. Книга, вышедшие из его типографий, имеют небольшой формат, ширина их примерно вдвое меньше высоты. Титульный лист содержит заглавие, часто настолько подробное, что оно служило и аннотацией книги, иногда эпиграф, затем виньетку, связанную с темой сочинения, сведения о месте и годе издания. Цена книги была невысокой — Новиков считал, что книга не предмет роскоши, ибо чтение составляет одну из потребностей человека, и заботился о том, чтобы книги его могли покупать купцы, чиновники, ремесленники, крестьяне.
Карамзин вспоминал, что до переезда Новикова из Петербурга в Москве было только две книжные лавки, продававшие в год книг едва на десять тысяч рублей. В руках же Новикова оборот достиг сотен тысяч. Вслед за ним в книжную торговлю втянулись купцы Кольчугин, Полежаев, Матушкин, Акохов, Козырев, торговавшие поблизости от университета, в лавках на Никольской улице, у каменной стены Заиконоспасского монастыря.