Так отчитался Пирогов перед обществом в связи с полемикой, вызванной его «Правилами». Добролюбов счел излишним снова выступать против Пирогова. В Петербурге было уже известно желание правительства расстаться с знаменитым попечителем, конечно, не по тем причинам, которые вызывали недовольство Добролюбова.
Александр II всегда считал Пирогова человеком вредным во всех отношениях. Затея с воскресными школами, которые поддерживал Пирогов, прямо-таки ужасала царя. Жандармы перехватили письмо революционера Митрофана Муравского, который с группой товарищей преподавал в таких школах. В январе 1861 года Муравский писал из Киева: «У нас все мерзость, кроме Пирогова. Это человек в полном смысле слова». А киевский попечитель, вместо надзора за такими лекторами, предлагал предоставить сыновьям податных классов, в том числе и крестьянам, доступ в университеты.
Император за обедом со своими придворными возмущался этим проектом Пирогова. Один из придворных блюдолизов, Павел Муханов, после этого обеда писал своему брату в Варшаву: «Государь разговаривал о цензуре. Он вовсе не одобряет проект Пирогова о всяческом облегчении доступа в университет, так, чтобы все желающие в него вступить, даже и крестьяне, не подвергались экзамену. Государь оказал, что тогда будет столько же университетов, сколько и кабаков».
Через несколько дней после этого министр просвещения Е. П. Ковалевский просил государя назначить Пирогова товарищем министра, объясняя, что только знаменитый профессор сумеет своим влиянием остановить развивающееся среди студенчества революционное брожение. Царь в ответ на это потребовал немедленного перевода Пирогова из Киева. Ковалевский предложил Пирогову должность члена совета министра, добавив, что надеется вскоре предоставить ему другой руководящий пост.
Пирогов понял, что «наш добрый государь» вовсе не «желает провозглашать в стране царство сути», и решил подать в отставку без перехода в архивный совет министра. 13 марта 1861 года царь с радостью подписал отставку Пирогова. Не желая огорчать своих придворных либеральных друзей, которые так много заботились о нем, Николай Иванович счел нужным объясниться с баронессой Раден. «Зачем я стану упорствовать в моих попытках быть полезным отечеству моею службой? Разве они не убедили меня в том, что во мне не хватает чего-то, чем необходимо обладать, чтобы быть приятным и казаться полезным. Я могу сказать, положа руку на сердце, что, вступив на скользкий путь попечителя округа, я старался всеми силами и со всею, свойственной моей душе энергией, оправдать пред своим отечеством высокое доверие, мне оказанное».
Киевское либеральное общество не знало об этих извинениях Пирогова перед его «высокими доверителями», а если бы знало, не обратило бы на это внимания. Пирогову были устроены грандиозные проводы, описанию которых посвящались отдельные брошюры и статьи в газетах и журналах.
В этих речах и статьях было несколько выпадов против Н. А. Добролюбова. Либералы старались при этом случае показать, что им чужда подчеркиваемая «Современником» реакционная сущность «великой крестьянской реформы». Вместе с тем они пытались представить настоящими врагами народа «журнальных крикунов и мальчишек», мешающих благим намерениям доброго государя и поддерживающих своими дерзкими выступлениями противнике реформ. Добролюбов решил разоблачить либеральных друзей народа и напечатал в восьмой книге «Современника» за 1861 год статью «От дождя да в воду». «Очищая прощальную дорогу знаменитому хирургу и педагогу, — писал Добролюбов, — нашли, что минута триумфального удаления его будет очень удобна для того, чтобы бросить несколько «комков грязи в темного журналиста, осмелившегося когда-то жестоко отозваться об одном из распоряжений г. Пирогова». «Ради самого дела» критик решается «снова поднять старый вопрос».
«Нисколько не интересуясь» ругательствами по его адресу и недобросовестными обвинениями, Добролюбов подчеркивает, что он выступал против Пирогова только во имя принципа. Он увидел, что «напрасно считал возможным для одного человека победу над мрачною средою, окружающею всех нас… Суровый опыт говорит нам постоянно, что под давлением нашей среды не могут устоять самые благородные личности». После выступлений защитников Пирогова Добролюбов видит, что действительно допустил в своей статье об иллюзиях ошибку: «Мне следовало в десять раз усилить ту часть статьи, где говорилось о гибельном влиянии среды». Затем критик переходит к только что совершившемуся освобождению крестьян, отмечая, что это освобождение только «формальное». Вообще же всякое дело реформы «могло бы пойти успешно только тогда, когда бы Пирогов ли или кто другой, направил все свои усилия на решительное и коренное изменение того положения, которое оказалось препятствием для г. Пирогова на пути более широких реформ». В заключение Добролюбов выражает пожелание, чтобы его поняла молодежь: «В людях молодых и свежих все же больше силы, даже для того, чтобы не стыдясь прежних увлечений, перейти к новым требованиям».
Получив отставку, Пирогов уехал в свое имение Вишня, Подольской губернии, приобретенное им незадолго до увольнения из Киева. Превращению Пирогова в помещика содействовал его дерптский приятель князь Н. П. Витгенштейн, всеми родственными, дружескими и идеологическими корнями связанный с придворными либеральными кругами. А эти именно круги, как мы помним, выдвинули знаменитого хирурга на службу правящему классу в начале «эпохи великих реформ» и считали лишним поддержать его при завершении самой главной из этих «реформ» — крестьянской, при переходе помещичьего правительства с пути либеральной видимости на путь откровенной реакции.
Пирогов был устранен от должности попечителя-миссионера в момент решительного поворота помещичьего правительства на путь реакции. Идеологи либеральной буржуазии назвали это время «эпохой великих реформ». Под ними подразумевались все «дарованные» Александром II своему народу «блага», главное из которых выражено в манифесте 19 февраля 1861 года. Вынужденный всеми отношениями, сложившимися для России после севастопольского разгрома, — общественно-политическими, финансовыми и торгово-промышленными, — признать происшедшие в стране перемены, дворянский царь старался оформить новый строй так, чтобы при нем не пострадали интересы первенствующего сословия и могла занять свое место усилившаяся буржуазия.
Стесняться было нечего — можно было отбросить фиговые листки, прикрывавшие наготу стремления правящего класса ограбить крестьян под видом освобождения их от крепостной зависимости, закабалить рабочих под видом введения свободного труда на хозяйских фабриках и заводах, затуманить сознание народа благочестивым воспитанием и религиозно-библейским образованием. Все равно благие начинания государя подвергаются превратному истолкованию со стороны «злостных агитаторов и журнальных крикунов», проповедующих свободу и равенство. Меж тем императору и всем благонамеренным лицам хорошо известно, что за этой проповедью скрывается стремление молодежи к неприкрытому разврату и удовлетворению низменных инстинктов, свойственных демагогам и людям простого состояния. Сторонники перемен указывают на голод и нищету трудового народа, как на следствие присвоения классом собственников всех продуктов производства в земледельческом хозяйстве и в фабрично-заводской промышленности, на вопиющие злоупотребления этого класса своею властью в виду отсутствия гласности. Но, во-первых, право собственности помещиков и фабрикантов не есть присвоение, а есть священное право, установленное божественными законами. Во-вторых, император и его правительство всемерно борются с злоупотреблениями, когда жалобы на них доходят к подножию престола. Что касается отсутствия гласности, то всякие отрицательные факты скрываются властями из присущей благородным людям брезгливости к несчастным людям, забывшим свое божественное происхождение и высокое назначение на земле, с одной стороны, и из вполне понятного желания скрыть грязную сторону жизни, чтобы не делать такие факты примером для подражания — с другой.