В течение июля-августа 1918 года были изданы распоряжения о денационализации сибирской промышленности, об упразднении «рабочего контроля», о восстановлении права собственности на землю и об отмене хлебной монополии. На предприятиях сохранялся восьмичасовой рабочий день, утверждались положения о больничных кассах, о бирже труда, примирительных камерах (согласительных судах), укреплялось положение профсоюзов (роль которых была сведена при большевиках практически до нуля) — хотя политика из профсоюзной деятельности полностью исключалась (но ведь так было и при власти Советов!). Большое внимание уделялось развитию хозяйства Сибири. Эффективная работа Временного Сибирского правительства создала надежную базу для будущего Российского правительства адмирала Колчака (в котором многие из министров-«областников» сохранили свои портфели и в 1919 году).
Сразу же началась активная работа по формированию Сибирской армии. Последняя (в отличие от поволжской Народной армии Комуча) строилась на началах строжайшей дисциплины, безо всяких солдатских комитетов и митинговщины. Однако сформировать армию исключительно на принципе добровольчества отказалось невозможным и в Сибири. Так же, как и в Поволжье, в Сибири было объявлено об обязательном призыве на военную службу новобранцев 20-21-летнего возраста. Был разработан детальный план набора, определены пункты сбора, размещения и обучения мобилизованных.
Эффективность подобных мер сказалась очень скоро. Сибирская мобилизация дала 200 000 штыков и сабель пополнения для немногочисленных добровольческих белых частей «первого призыва». Тем самым Сибирская (впоследствии — Российская) армия адмирала Колчака стала наиболее многочисленной среди всех Белых армий. Правд, надежность мобилизованных сибиряков во многих случаях оставляла желать лучшего.
Таким образом, если положение Комуча напрямую зависело от военных успехов Народной армии на фронте, то в относительно спокойной Сибири устойчивость белой власти в гораздо большей степени зависела от политической стабильности тыла. Решающее значение для победы над большевиками приобретал принцип твердой государственной власти: «Во имя конечной победы демократии можно временно поступиться демократическими нормами».
8 сентября 1918 года вошло в историю антибольшевицкого Сопротивления в качестве последней попытки организовать «демократическую власть» во всероссийском масштабе, попытки возродить разогнанное большевиками Учредительное Собрание, наделив его правами высшей власти в России. В этот день в Уфе начало работу «Государственное Совещание». В нем участвовало в общей сложности более 200 делегатов. Председателем «Государственного Совещания» стал правый эсер Н.Д. Авксентьев.
Одновременно было заявлено о возобновлении работы старого Учредительного Собрания не ранее 1 января 1919 года при кворуме 250 человек.
Состав избранной Уфимской директории был призван продемонстрировать единство армии, политики и различных регионов России в борьбе с большевизмом. Но члены Директории в действительности представляли лишь противобольшевицкие силы Востока России и уже в силу данной причины оказались не в состоянии претендовать на выражение общероссийских интересов.
Тем временем положение на фронте отнюдь не улучшалось. В сентябре-начале октября 1918 года под ударами красных окончательно развалился Волжский фронт. Остатки поволжской Народной армии с боями отходили на Бугульму (каппелевцы) и Бугуруслан (чехословаки) по линии Самаро-Златоустовской железной дороги. Весь октябрь прошел в кровопролитных арьергардных боях с наседавшими красными. Сопротивление чехословацких частей становилось все более слабым. Связь с уральскими и оренбургскими «белоказаками» (по терминологии большевицких фукидидов) была нарушена. Красные взяли Уральск и Оренбург, и теперь белым приходилось сражаться на два фронта — против красных войск, наступавших с Волги и из Туркестана.
Создалась реальная угроза захвата большевиками Уфы, и Директория была вынуждена 9 октября эвакуироваться в Омск. Когда же 11 ноября 1918 года в Сибирь пришли известия о прекращении Великой войны между Центральными державами и Антантой, удержать чехословаков на фронте оказалось долее невозможным, и легионеров отправили в тыл, на охрану Транссибирской железной дороги. Другие союзники русских белогвардейцев в Сибири — польские, сербские (югославянские) и румынские военные формирования, также сражались с большевиками достаточно вяло (кроме, разве что, поляков). Отныне антибольшевицкому Сопротивлению на Востоке России приходилось рассчитывать только на собственные силы.
Эвакуировавшись в Омск, Директория оказалась в плотном политическом окружении сибирских «областников». Принципиально важным становилось решение об образовании, взамен Директории, «Всероссийского Совета министров». По этому вопросу снова развернулись жаркие политические дебаты. Кандидатура каждого кандидата на министерскую должность подвергалась наитщательнейшему обсуждению. Эсеры, как обычно опасались «крена вправо», в то время как их политические противники не менее внимательно следили за тем, чтобы партийный состав правительства не «сдвинулся влево».
Утвержденный Директорией Совет министров (всего 14 министров) возглавил П.В. Вологодский (единственный член Директории, вошедший в состав нового исполнительного органа общероссийской власти). Военным и морским министром стал будущий Верховный Правитель России адмирал А.В. Колчак (оказавшись в Омске проездом с Дальнего Востока на Юг России, где он собирался возглавить белый Черноморский флот, Колчак, по личному настоянию генерала Болдырева и Авксентьева, остался в Сибири).
Особой Грамотой от 6 ноября 1918 года Директория ликвидировала все областные правительства и органы вышей представительной власти. Отныне на смену «областничеству» вновь приходила Всероссийская власть. А через две недели бывший Командующий Черноморским флотом, знаменитый исследователь Арктики, вице-адмирал Александр Васильевич Колчак стал Верховным Правителем России, олицетворением Белой Идеи, подлинным рыцарем Белой Борьбы и Белой России.
Образование антибольшевицкого Восточного фронта, создание Временного Всероссийского правительства и воссоздание Российской армии сделали необходимыми его имя и популярность именно здесь. В ночь на 18 ноября в Омске произошел военный переворот, выдвинувший Колчака на вершину всероссийской власти. Всероссийский Совет министров настоял на его провозглашении Верховным Правителем России и Верховным Главнокомандующим ее вооруженных сил. Одновременно А.В. Колчак был произведен в полные адмиралы. В феврале 1919 года наступили сильнейшие морозы. Боевые действия замерли на линии Пермь-Уфа-Оренбург-Уральск.
