Но в отставку выходить не пришлось, служебное положение генерала Сухомлинова внезапно решительно поменялось, его карьера снова начала развиваться стремительно. В 1908 году в военном ведомстве произошли решительные преобразования.
В 1905 году, когда неудача в войне с Японией стала всем очевидна, управление вооруженными силами России перестроили. И армию, и флот подчинили Совету государственной обороны, главой которого император назначил своего двоюродного дядю – великого князя Николая Николаевича, человека властного, мстительного, склонного к интриге. При этом Николай Николаевич оставался командующим войсками гвардии и Петербургского военного округа.
Роль военного министра (им стал Александр Редигер) резко снизилась. Генштаб теперь подчинялся не ему, а непосредственно императору. Но фактически – Николаю Николаевичу, потому что во главе Генерального штаба встал его протеже – генерал Федор Палицын. Не подчинялись Редигеру и генерал-инспекторы родов войск, среди которых были великие князья: генерал-инспектор по инженерной части – Петр Николаевич (брат председателя Совета обороны), генерал-инспектор артиллерии – Сергей Михайлович. Военными учебными заведениями руководил Константин Константинович.
По единодушному мнению мемуаристов и историков, реформа оказалась неудачной. Увеличилась переписка в канцеляриях. Распыление власти, в прошлом принадлежавшей министру, привела к безответственности на местах. Генералы стали роптать.
Между тем доверие и любовь Николая II к своему дяде поубавилось. Если прежде великий князь Николай Николаевич был частым гостем у императора, то с 1908 года его почти не принимали.
В ухудшении отношений, вероятно, виновна прежде всего императрица Александра Федоровна, всегда чутко относившаяся ко всем, кто «заслонял» мужа. А Николай Николаевич (и это подтвердила история) при случае мог сыграть самостоятельную политическую роль. В руках его была сосредоточена огромная власть. Как писал хорошо осведомленный начальник канцелярии министерства императорского двора Александр Мосолов, «Николай Николаевич Младший был, вероятно, единственным из великих князей, кто пытался играть важную роль в политической жизни государства. Он был также единственным, кто при определенных обстоятельствах мог бы возглавить оппозицию Николаю II».
27 мая 1908 года в Государственной думе выступил лидер партии октябристов, председатель комиссии по государственной обороне Александр Гучков. В своей речи он указал на некомплект офицеров, потребовал строительства новых военных заводов. Касаясь состояния высшего военного управления, Гучков сказал: «Если до войны высшее управление нашей армии сосредоточивалось в руках военного министра, который облечен был обширной властью, со времени войны в этом отношении пошли по ложной дороге». О Совете государственной обороны во главе с великим князем Николаем Николаевичем депутат выразился так: «Этот Совет является серьезным тормозом в деле реформы и улучшения нашей государственной обороны». Наибольший фурор произвел выпад против великих князей, которых он называл «безответственными лицами» (так как критиковать их запрещалось) и намекнул на их коррумпированность: «Постановка их во главе ответственных важных отраслей военного дела является делом совершенно ненормальным… Мы должны потребовать только всего – отказа от некоторых земных благ и некоторых радостей тщеславия, которые связаны с теми постами, которые они занимают».
26 июля 1908 года последовал Высочайший рескрипт на имя великого князя Николая Николаевича об отставке того от должности председателя Совета государственной обороны. Соответственно, и на место его ставленника, начальника Генерального штаба генерала Палицына, требовался новый человек.
Генерал Редигер вспоминал: «Я остановился на Сухомлинове: человек способный; быстро схватывает всякий вопрос и разрешает его просто и ясно. Службу Генерального штаба знал отлично, так как долго был начальником штаба округа. Сам он не работник, но умеет задать подчиненным работу, руководить ими, и в результате оказывалось, что работы, выполнявшиеся под его руководством, получались очень хорошие. Сухомлинов отлично знал множество офицеров Генерального штаба и умел выбирать среди них лиц, которые хорошо выполняли его поручения».
Сухомлинова вызвали в Петербург. Вот его воспоминания: «На вокзале меня встретил адъютант военного министра, генерала Редигера, с просьбой последнего сейчас же отправиться к нему. Редигер передал, что государь ждет меня на другой же день. Я был поражен, узнав, что мне предложено будет принять должность начальника Генерального штаба.
На следующий день я был в Царском Селе. Государь встретил меня исключительно ласково и, глядя в упор своими добрыми глазами, сказал: «Как я рад, что вы приехали. Я прошу вас принять должность начальника Генерального штаба».
Из хозяина самостоятельного приходилось переходить в работника, зависимого от военного министра. Дело, налаженное и для меня симпатичное, в прекрасных климатических условиях Юго-Западного края, предстояло променять на работу среди придворных интриг человеку, за 10 лет отсутствия в Петербурге утратившему всякую связь с жизнью столицы».
«Я знаю, – говорил мне государь, – что это для вас из попов в дьяконы, но я прошу все-таки вас на это согласиться, а во мне вы найдете во всем поддержку. Ваше трудное положение я вполне понимаю, но здесь, в столице, можно добиться того, чего не сделаешь в провинции».
Я ответил на это его величеству, что перемену, мне предстоящую, считаю переходом даже из попов в дьячки, а не в дьяконы, но не могу допустить, чтобы государь меня просил, а повеление высочайшее не исполнить считал бы для себя преступлением».
В декабре 1908 года на имя генерала от кавалерии В. А. Сухомлинова последовал высочайший рескрипт: «Владимир Александрович. Высоко ценя ваш обширный служебный и боевой опыт по прежней вашей деятельности на должностях Генерального штаба, я признал необходимым, для пользы дела, поручить вам ответственный пост начальника Генерального штаба.
Вместе с тем изъявляю вам искреннюю мою признательность за труды ваши по командованию и боевой подготовке войск Киевского военного округа и по управлению Юго-Западным краем в должностях командующего войсками сего округа и Киевского, Подольского и Волынского генерал-губернатора. Пребываю к вам неизменно благосклонный и благодарный Николай».
В декабре 1908 года Владимир Сухомлинов и Екатерина Бутович перебираются в столицу. Жить вместе официально они не могут. Начальник Генерального штаба занимает служебную квартиру на Дворцовой площади в построенном Карлом Росси здании, а неподалеку, на Большой Морской, располагается квартира Екатерины Викторовны.