1 июля 1942 года командующий с разрешения Ставки последним самолетом эвакуировался из города, который не было возможности оборонять. Оборона Севастополя связала значительные силы противника, не позволяя ему наступать на Кавказе.
После эвакуации из Севастополя Октябрьский руководил операциями Черноморского флота из командных пунктов на Кавказе. Флот поддерживал фланг войск, бившихся за Кавказ, обеспечивал перевозки, действия на неприятельских коммуникациях и против занятых противником берегов.
В дни, когда гитлеровцы прорывались к Черному морю, намереваясь взять Новороссийск и Туапсе, командующий записывал:
«Противник стремится к наибольшему развитию успеха, имея главное направление Армавир – Майкоп. Отсюда вывод: он может, заняв Майкоп, продолжить свое движение на Туапсе, тем самым окружить и отрезать всю нашу кубанскую группировку, нашу Азовскую флотилию, Новороссийск, Керченскую ВМБ.
В Туапсе войск нет, оборона почти отсутствует. Дело очень опасное. В телеграмме Буденному, Кузнецову прошу учесть намечающуюся катастрофу» [360] .
Октябрьский утверждал, что упорно доказывал 5–6 августа адмиралу Исакову необходимость отвести часть сил Азовской флотилии для обороны Туапсе. 11 августа поступила директива Сталина, возлагающая оборону Тамани на Черноморский флот и требующая ни в коем случае не допускать врага к Туапсе. Для объединения сил фронта и флота, обороняющих Таманский полуостров и Новороссийск, 17 августа создали Новороссийский оборонительный район (НОР). Когда гитлеровские войска взяли Анапу и отрезали Таманский полуостров, 6 сентября было решено все силы стянуть к Новороссийску. 10 сентября противнику удалось взять большую часть города, но гитлеровцы так и не смогли использовать порт. 17 октября немецкие войска вышли к Туапсе, однако при поддержке флота город оборонялся до 20 декабря 1942 года.
В начале октября Октябрьский перенес флагманский командный пункт в Сухуми. Именно там, в портах Грузии, базировались боевые корабли и суда, откуда выходили в походы вплоть до берегов Румынии и Болгарии. Южная часть побережья Кавказа стала основной ремонтной базой и тылом флота.
Крупнейшей операцией этого времени была высадка десанта под Новороссийском в феврале 1943 года. План был разработан в штабе флота еще в декабре. 1 февраля 1943 года командующего вызвали в Туапсе для подготовки освобождения Новороссийска. Флот высадил десант у Южной Озерейки и Станички 4 февраля. Первый пункт должен был стать основным, но из-за шторма была высажена небольшая часть десанта, а основной плацдарм основали под Станичкой. Именно здесь образовалась Малая Земля, которую 18-я десантная армия обороняла при поддержке моряков Черноморского флота, обеспечивавших линию морских коммуникаций. Так как сухопутные войска под Новороссийском не смогли продвинуться, оборона продолжалась долго, но уже без участия Октябрьского.
В апреле 1943 года в Краснодар прибыли маршал Жуков и нарком ВМФ Кузнецов. 23 апреля Кузнецов сообщил, что решением ГКО Октябрьский освобожден от командования флотом. Сталин был недоволен, что десантная операция у Южной Озерейки прошла не по заранее составленным планам и, хотя моряки и сухопутные войска заняли плацдарм, вернуть город не удалось. Эта неудача, а скорее принципиальность адмирала-коммуниста, не стеснявшегося высказывать мнение вразрез со взглядами начальства, привела к тому, что Ф.С. Октябрьского освободили от командования Черноморским флотом. Сдал он дела Л.А. Владимирскому. Некоторое время вице-адмирал был не у дел, а 1 июля стараниями наркома Н.Г. Кузнецова уже выезжал из Москвы вновь командовать Амурской флотилией [361] .
Командовал Амурской флотилией Октябрьский с 29 июня 1943 по 25 марта 1944 года [362] .
Несмотря на то что войны с Китаем и Японией не было, нельзя было надеяться, что это положение будет длиться всегда. 12 июля 1943 года Октябрьский прибыл в Хабаровск, а уже через неделю провел первые учения, показавшие, что флотилия не готова к действиям по опыту войны. Началась напряженная работа. Вице-адмирал писал наркому, прося должность командира главной базы, чтобы освободить командующего от лишних забот для боевой подготовки. 31 июля он записал в дневнике:
«1. Многие задают вопрос, когда и будем ли мы вообще воевать на ДВ. Надо думать не о том, когда будем воевать, а о том, готовы ли мы к войне.
2. Учредил на рейде штаб… опердежурство там во главе с пом. нач. штаба, он же нач. ОБП т. Цейсис. Думаю сам больше быть на рейде, учить людей там» [363] .
В августе Октябрьскому удалось получить разрешение на использование персонального флага комфлота, на введение должности командира главной базы. Завершалась подготовка плана развертывания флотилии во время войны. Командующий проверял различные степени готовности флотилии. Зимой на флотилии продолжались ремонт и учеба моряков. В декабре вице-адмирал сетовал, что от наркомата не знает, как идут дела на флотах. Сведения поступали частным порядком. В частности, прибывший с Черного моря начальником штаба флотилии Гущин рассказал о гибели трех эсминцев от немецкой авиации, что явилось черным пятном на фоне наступления советских войск и союзников. Октябрьский еще не знал, что это событие повлияет на его судьбу.
Анализируя обстановку, 2 января 1944 года вице-адмирал записывал в дневнике:
«1. Зимнее наступление идет хорошо. 2. 1944 год будет безусловно решающим в войне, но, анализируя дополнительно ряд международных факторов, я думаю, что вообще война на западе, т. е. по разгрому Германии, в 1944 году не закончится. Больше шансов за то, что нам придется весь 1944 год вести жестокие бои, потерять много крови, но мира мы добьемся только в следующем, 45-м.
3. Война на Д. Востоке в 1945-м только начнет принимать решающие формы. Здесь еще предстоит пережить много событий.
4. Все дело не только в том, что эта война особая, она ведется на истребление, но и в том, что наш союзник тоже особый – союз капиталиста с рабочим против бандита. Наши союзники еще очень много будут тянуть.
5. Чем для меня будет 44-й год – не могу сказать, не хочу предсказывать. Одного хочу – чтобы дали отдохнуть моей душе… Дали бы мне поработать на флотилии, довести дело до конца, устранить недочеты, которых очень много» [364] .
Поражает, насколько верно и точно флотоводец, несмотря на удаленность от столицы, оценил стратегическую обстановку и ход войны. Однако довести дело с флотилией ему не удалось. В январе 1944 года Филипп Сергеевич участвовал в сессии Верховного Совета СССР и пленуме ЦК, 6 февраля выехал из Москвы в Хабаровск, а вскоре после возвращения его вновь вызвали в Москву. 13 марта он узнал, что снова будет командовать Черноморским флотом, которому теперь предстояло возвращать свои базы. На заседании ГКО 14 марта Октябрьский был утвержден командующим, ответил на ряд вопросов Сталина и получил указания заниматься ремонтом кораблей и их перебазированием в Крым; вице-адмирал доказывал, что особенно недостает эсминцев [365] .