А что же великий князь Иван? Ответить на этот вопрос сложно. Дело в том, что после смерти Василия источники без малого десять лет не упоминали о мальчике. Можно предположить, что детские годы Ивана проходили под присмотром его мамки Челядниной. Не забывала о нем и Елена. У Ивана завязалась дружба с временщиком Телепневым. По крайней мере, когда бояре пришли забирать Овчину, мальчик просил не трогать его.
О последующих годах детства мы узнаем со слов самого Ивана. Государь в письме Андрею Курбскому пишет: «Когда же суждено было по божьему предначертанию родительнице нашей, благочестивой царице Елене, переселиться из земного царства в небесное, остались мы с почившим в бозе братом Георгием [Юрием] круглыми сиротами – никто нам не помогал; оставалась нам надежда только на Бога, и на пречистую Богородицу, и на всех святых молитвы, и на благословение родителей наших. Было мне в это время восемь лет; и так подданные наши достигли осуществления своих желаний – получили царство без правителя, об нас же, государях своих, никакой заботы сердечной не проявляли, сами же ринулись к богатству и славе и перессорились при этом друг с другом». Ивану приходилось со страданием наблюдать, как через полгода после смерти его матери и восстановления боярского регентства Шуйские упрятали в тюрьму Ивана Бельского. Затем, продолжает Иван, «князь Василий Шуйский поселился на дворе нашего дяди, князя Андрея, и на этом дворе его люди, собравшись, подобно иудейскому сонмищу, на этом дворе захватили Федора Мишурина, ближнего дьяка при нашем отце и при нас, и, опозорив его, убили. Потом (в начале 1539 г.) вынудили митрополита Даниила оставить сан и уйти в монастырь «за то, что он был в едином совете с князем Иваном Вельским». Благодаря этому диктатура Шуйских прекратилась, и как будто бы восстановилась деятельность регентства. Набеги татар на московские границы в 1539 и 1541 годах вроде бы погасили боярские ссоры и направили энергию московского правительства на защиту государства. Но когда опасность миновала, Шуйские принялись за старое. Князь Иван Васильевич Шуйский всю вторую половину 1541 года находился с войсками во Владимире, противостоял казанским татарам. Там он и подготовил переворот, опираясь на преданные ему отряды войск. Его отряд в ночь на 3 января 1542 года ворвался в Москву. Там сторонники Шуйского схватили князя Ивана Вельского и сослали его на Белоозеро, где посадили в тюрьму. Здесь он вскоре был убит. Его друзей сослали в отдаленные города. Митрополит Иоасаф со страху прибежал ночью в покои великого князя, но Шуйский со своими сторонниками и там нашел его. Митрополита при князе подвергли оскорблениям и сослали в Кириллов (Белоозеро) монастырь. Вместо него митрополитом нарекли новгородского архиепископа Макария. В Москве опять настало засилье Шуйских; но самый видный из них – князь Иван Васильевич – теперь сошел со сцены, по-видимому, сраженный болезнью. Вместо него действовали Шуйские старшей линии этого рода – князья Андрей и Иван Михайловичи и князь Федор Иванович Скопин-Шуйский. Первенствовал Андрей (дед будущего московского царя Василия Шуйского). Это правление ярко описал в своем письме к Курбскому Иван. «Нас же с единородным братом моим, в бозе почившем Георгием, – пишет Иван, – начали воспитывать как чужеземцев или последних бедняков. Тогда натерпелись мы лишений и в одежде и в пище. Ни в чем нам воли не было, но все делали не по своей воле, и не так, как обычно поступают дети. Припомню одно: бывало мы играем в детские игры, а князь Иван Васильевич Шуйский сидит на лавке, опершись локтем о постель нашего отца и положив ногу на стул, а на нас и не взглянет – ни как родитель, ни как опекун и уж совсем не как раб на господ».
После свержения и смерти Вельского у Шуйских не могло быть сильного соперника. Однако опасность для их власти назревала с другой стороны: великий князь подрастал, и около него появлялись преданные люди. Одним из них стал Федор Семенович Воронцов – брат уже известного нам Михаила Семеновича. Шуйские решили его устранить. 9 сентября 1543 года «Андрей Шуйский и его сторонники, – пишет Иван, – явились к нам в столовую палату, неистовствуя, захватили на наших глазах нашего боярина Федора Семеновича Воронцова, обесчестили его, оборвали на нем одежду, вытащили из нашей столовой палаты и хотели убить – “за то, что его великий князь жалует и бережет”». Иван послал митрополита и бояр Морозовых уговорить Шуйских, чтобы они не убивали Воронцова. Те послушались, но повезли князя из дворцовых сеней с позором: били, толкали и отдали под стражу. Государь опять прислал митрополита и бояр к Шуйским сказать, что если уж Воронцову и сыну его нельзя оставаться в Москве, то пусть пошлют их на службу в Коломну. Но Шуйским это показалось очень близко и опасно. Они сослали Воронцовых в Кострому. «И когда, – говорит летописец, – митрополит ходил от государя к Шуйским, Фома Головин у него на мантию наступил и разодрал ее». Насилие над Воронцовым переполнило чашу терпения Ивана. Ему было уже 13 лет. Он быстро развивался физически и в свои годы выглядел сущим верзилой. Посольский приказ официально объявил за рубежом, что великий государь «в мужеский возраст входит, а ростом совершенного человека уже есть, и з божьею волею помышляет ужо брачный закон приняти». Подросток мало напоминал прежнего мальчика, росшего в неволе и строгости. За годы регентства, по словам А. Курбского, Ивана воспитывали великие и гордые бояре, стараясь друг перед другом угодить ему во всяком наследовании и сладострастии. Когда ему было лет двенадцать, он стал прежде всего проливать кровь бессловесных (собак и кошек), бросая их на землю с высоких теремов, а пестуны позволяли ему это и даже хвалили, уча отрока на свою беду. Когда Иван начал приближаться к пятнадцатилетнему возрасту, то принялся и за людей: собрал вокруг себя толпу знатной молодежи и стал скакать с нею верхом по улицам и площадям, бить, грабить встречавшихся мужчин и женщин, поистине в самых разбойничьих делах упражнялся, а ласкатели все это хвалили, говоря: «О! Храбр будет этот царь и мужествен!». Иван ненавидел Шуйских как своих постоянных обидчиков и решился на мщение за их обиды, возможно, подстрекаемый боярами. Прошло три-четыре месяца после случая с Воронцовым, и 29 декабря 1543 года Иван вдруг «велел схватить первосоветника их» князя Андрея Михайловича Шуйского, «и велел отдать его псарям, – и псари взяли и убили его, таща к тюрьме». Сподвижников Шуйского – князя Федора Шуйского, князя Юрия Темкина, Фому Головина, который позволил себе известный нам поступок с митрополитом, – сослали в отдаленные города. Люди, которые не верили, чтобы такое деяние могло исходить от малолетнего государя, говорили о князе Андрее, что «убили его псари у Куретных ворот повелением боярским, и лежал наг в воротах два часа».