1-й Туркестанский батальон, подпоручиком которого он стал, представлял собой хотя и сравнительно молодую часть в армии России, однако имел солидную боевую историю. Будучи сформирован в 1865 году в Оренбурге, он был направлен к Ташкенту, в район боевых действий, и затем участвовал почти во всех походах и боях в Средней Азии, в войнах с Бухарой, Кокандским ханством. Под командованием известного впоследствии генерала М. Д. Скобелева его подразделения преследовали остатки кокандских войск до предгорий Памира. Батальон, как и другие части Туркестанского военного округа, как приграничного и с небольшим сравнительно русским населением, содержался по усиленному штату. Большое внимание уделялось боевой подготовке, особенно стрельбе. Традицией стрелковых частей Туркестана были быстрые и длительные марши, в том числе в горных условиях. Все это было хорошей школой для молодого офицера.
Подпоручик Шапошников, назначенный командиром полуроты, довольно быстро сумел завоевать себе деловой авторитет. Из двадцати офицеров Туркестанского батальона только шестеро относились к числу молодых, остальные и по возрасту были значительно старше, и выслугу лет имели от десяти до двадцати лет, причем служили преимущественно в том же батальоне. Как вспоминает Борис Михайлович, по этой причине он и другие молодые офицеры «ходили в батальоне, как говорится, на цыпочках и, хотя по закону на офицерских собраниях имели право голоса, никогда его не подавали, слушая, что говорят старшие». Зато в вопросах службы Шапошников был не из робких.
Уже через месяц после прибытия Шапошникова в роту, где он был назначен обучать молодых солдат, у него произошло столкновение с фельдфебелем роты Серым, состоявшим на сверхсрочной службе.
Фельдфебели, относившиеся к унтер-офицерскому составу, на котором лежало поддержание внутреннего порядка в подразделениях, в старой русской армии, как известно, были грозой не только для солдат. Иногда они не ставили ни в грош и младших офицеров роты, сплошь и рядом докладывая ротному командиру об ошибках полуротных,
И вот однажды, когда Шапошников пришел на занятия, он увидел, что солдаты делают ружейные приемы не по уставу. Спросил унтер-офицера, почему так делается. Отвечает: «Так приказал фельдфебель». — «Позвать фельдфебеля Серого». Когда тот пришел, Шапошников заставил его прочитать нужные параграфы устава, а затем спросил, понял ли он, как нужно делать. «Понял, — отвечает Серый, — только у нас иначе делается». — «Так вот, фельдфебель Серый, запомни раз и навсегда, что нужно делать так, как написано в уставе, а кунштюки с винтовкой я и сам умею делать!» Взяв в руки винтовку, подпоручик велел Серому командовать, а сам четко проделал прием по-уставному. «Ну а теперь смотри, как можно делать этот прием и иначе». И он от ноги подбросил перед собой винтовку так, что она трижды перевернулась в вертикальном положении, затем быстро поймал ее у середины своей груди, закончив прием. «Видел, как можно делать? Но это не по уставу, и впредь не сметь отменять уставных требований». «Посрамленный фельдфебель удалился, — заключает этот эпизод Борис Михайлович, — жаловался, наверное, ротному командиру, но больше не своевольничал».
Шапошников постепенно начал ломать и так называемую «словесность» — так именовалось на солдатском языке изучение устава внутренней службы в сочетании с обязанностью солдата знать свое начальство, различать чины и т. д. Премудростям «словесности» солдат обучали унтер-офицеры, и сводилась она к механической зубрежке. По вызову отделенного новобранцы вскакивали, ударяли себя ладонями по швам брюк и без ошибки должны были отчеканить ответ на вопрос унтер-офицера. Отвечали скороговоркой и даже какими-то белыми стихами. И стоило только чуть заикнуться, как следовало грозное внушение отделенного новобранцу. Подпоручик Шапошников стал добиваться, чтобы его солдаты не механически заучивали необходимый материал, а прежде всего думали и запоминали осознанно. Такая методика была встречена унтер-офицерами с явным неудовольствием. Но подпоручик настойчиво добивался своего.
Его требовательность по службе была правильно понята подчиненными, так как все они видели, что он строг, но справедлив и если не дает никому послаблений, то это же правило незыблемо распространяет и на самого себя, никогда не относясь безразлично к своим обязанностям. Они всегда видели его в батальоне аккуратно в 8.30 утра подтянутым, замечающим любую неточность в действиях солдат и обучающих их унтер-офицеров и умеющим ровно и спокойно поправить дело. После обеденного перерыва подпоручик ежедневно вновь приходил в свою роту и проводил предусмотренные занятия, контролировал унтер-офицеров. Вскоре полурота, которой командовал Шапошников, стала заметным в батальоне подразделением в выучке и дисциплине.
Летний лагерный период прошел для Шапошникова не менее успешно, чем зима 1903/04 года. В начале сентября Ташкентскому батальону делал смотр прибывший из Петербурга генерал. Экзамен предстоял очень важный, так как результаты смотра шли в приказ по военному ведомству. В день смотра роте, в которой служил Шапошников, досталось сложное упражнение: стрельба по 12-фигурной мишени в рост одиночным огнем из положения лежа с упора на дистанции 1400 шагов. Сложность стрельбы заключалась в том, что на такой большой дистанции нужно было точно учитывать силу ветра и соответственно выносить точку прицеливания, целясь не под мишень, а на две, даже четыре фигуры от нее в сторону, противоположную направлению ветра.
Борис Михайлович так рассказывает о ходе и результатах этой стрельбы:
«Дошла очередь стрелять нашей роте. Запретив унтер-офицерам вмешиваться в дело, дабы не нервировать стрелков, я и ротный командир давали точки прицеливания и наблюдали за каждым выстрелом. Рота дала сверхотличный результат... Сверхотлично стрелял и весь батальон, заняв по стрельбе первое место в лагере».
На деловые качества Шапошникова обратило внимание начальство. В первый же год службы его прикомандировали к штабу округа, предложив наблюдать за печатанием нового мобилизационного расписания, которое было строго секретным документом, и работать с его корректурой, кроме последней, которую вел уже сам генерал-квартирмейстер округа. В роте Шапошникова на время почти двухмесячной командировки замещал другой полуротный командир, штабс-капитан. Подпоручик был благодарен ему за то, что тот не нарушал его методики обучения, и в подразделении все оставалось в порядке.
После лагерного сбора командир батальона предложил подпоручику Шапошникову отправиться в Самарканд в нештатную окружную школу фехтования при 2-м казачьем Уральском полку. После четырехмесячной подготовки офицеры, прошедшие курс, становились инструкторами по фехтованию на рапирах, эспадронах и штыках. Так как занятия в школе занимали всего четыре часа в день, офицеры, собранные в школу, а их было всего восемь человек, попросили расписать их по казачьим сотням, чтобы учиться верховой езде и конному строю. Так Борис Михайлович начал знакомиться с кавалерией, что пригодилось ему в последующей службе.
