С 1904 года Шапошников был избран заведующим этой библиотекой и приложил немало сил, чтобы увеличить ее книжный фонд. Приобрел сочинения Максима Горького, роман Н. Г. Чернышевского «Что делать?», повесть А. И. Куприна «Поединок», вызвавшую бурные дискуссии в армии. Выписал ряд журналов, в том числе и такие, в которых появлялись иногда наряду с другими статьи и социал-демократического направления.
Однако, горячо взявшись за выполнение общественного поручения, он с горечью отмечал, что круг читателей библиотеки был весьма невелик. Теперь же, после возвращения из Самарканда, большинству офицеров, как он заметил, уже трудно было жить одними уставными положениями. После царского манифеста 17 октября 1905 года, возвещавшего о «даровании свободы» и создании Государственной думы, офицеры все чаще стали спорить о происходящих в стране событиях. Их внимание привлекли программы различных политических партий, не исключая и социал-демократической.
Шапошников стремился к тому, чтобы библиотека могла удовлетворить запросы офицеров и предоставить в их распоряжение литературу всех направлений. И хотя вскоре, как он вспоминал, некоторые книги ему пришлось изъять из общих шкафов, он продолжал давать их всем желающим.
По возвращении из Самарканда произошло изменение и в служебном положении Шапошникова — 31 января 1905 года он был назначен начальником учебной команды батальона с правами ротного командира. Молодой офицер был ошеломлен таким повышением в должности, так как обычно ее занимали офицеры, прослужившие достаточно долго и имевшие чин не меньше штабс-капитана. Вплоть до осени 1905 года исполнял он свои новые обязанности, относясь к ним, как и всегда, с полной отдачей сил. Затем, когда в батальон возвратились несколько офицеров из Маньчжурии, вновь стал полуротным командиром и получил чин поручика. С января 1907 года Борису Михайловичу разрешили начать подготовку к сдаче экзаменов в Академию Генерального штаба, и он, по собственному выражению, превратился в затворника: днем нес службу в батальоне, ночью упорно занимался. Предварительные испытания в округе прошел весьма успешно. Не менее успешно сдав вступительные экзамены, поручик Б. М. Шапошников в числе 124 офицеров приказом от 16 октября 1907 года был зачислен на младший курс академии. Она размещалась в специально построенном для Академии Генерального штаба двухэтажном здании в форме буквы П на Суворовском проспекте в Петербурге и стала местом учебы Шапошникова на целых три года.
В течение первого года слушатели академии изучали тактику пехоты, конницы, артиллерии, полевую фортификацию, устройство вооруженных сил вообще и армий важнейших европейских государств в частности, а также и США, историю военного искусства с древнейших времен и до войн Наполеона включительно, историю военного искусства России, общую историю XIX века и русскую историю, геодезию и т. д. Изучение иностранных языков проводилось по вечерам для желающих. Зато верховая езда как на вступительных экзаменах, так и в процессе обучения рассматривалась как ведущая дисциплина в подготовке офицеров Генерального штаба — занятия в манеже проводились практически без перерывов на всех курсах. Подобное пристрастие к этому делу в то время Борис Михайлович объяснял опытом русско-японской войны.
— В русской армии так было принято: коли учитывать опыт, так учитывать, — с иронией говорил он.
А опыт этот заключался, по его словам, в том, что в бою под Яньтайскимл копями одна из дивизий русской армии, попав в высокий гаолян, рассыпалась, и управление ею в бою было потеряно. Начальника дивизии генерала Орлова ранило, а начальника штаба Глобачева конь занес в тыл, и подполковник справиться с ним не смог. Так вот и было решено: чтобы впредь верховые лошади не заносили офицеров, потребовать от офицеров Генштаба хорошей верховой езды.
На втором курсе академии чисто военные дисциплины занимали еще больший удельный вес, чем на первом: стратегия, общая тактика, история новейших войн, общая военная статистика, представлявшая, по существу, обзор пограничных с Россией стран на западе и востоке, инженерная оборона государства, военные сообщения, военно-морское дело и т. д. Помимо работы в академии, к практическим занятиям по тактике приходилось много готовиться дома.
После завершения учебы на втором курсе и сдачи экзаменов офицеры уходили в войска, считаясь окончившими академию по второму разряду. И только те, кто имел успеваемость свыше 10 баллов, оставались еще на год для учебы на дополнительном курсе. Шапошников закончил оба основных курса по успеваемости седьмым. Поэтому он и был оставлен для учебы в академии на дополнительном курсе. Офицеры, оканчивавшие его, предназначались для службы в Генеральном штабе. Программа дополнительного курса состояла преимущественно из практических занятий.
Академию возглавлял в период учебы в ней Шапошникова генерал Щербачев. По словам Бориса Михайловича, на этот пост Щербачев попал только потому, что активно участвовал в подавлении революции 1905 года. Под стать начальнику был и правитель дел академии полковник А. К. Баиов. По своему служебному положению правитель дел имел большой вес в постановке учебного процесса. Сам он читал лекции по истории военного искусства, читал скучно и нудно. Полной бездарностью был преподаватель тактики конницы профессор Елчанинов, который к тому же плохо ездил на лошади и потому приходил иногда на лекции с забинтованной головой. За это и за его ум офицеры окрестили Елчанинова «всадником без головы».
Но были и другие профессора в академии, о которых с уважением отзывался Шапошников: военный инженер Иппатович-Горанский, артиллерийский специалист полковник Дельвиг, отличный лектор по тактике пехоты Данилов, блестящий сказитель русской истории профессор Платонов, впоследствии действительный член Академии наук СССР. Преподавал общую тактику в академии и генерал-лейтенант Бонч-Бруевич, одним из первых среди военных специалистов старой русской армии перешедший после Октября на сторону Советской власти. Лекции по стратегии читал профессор, полковник Незнамов, в июне 1918 года ставший начальником Управления военных сообщений Красной Армии, затем преподаватель советских военных академий в Ленинграде, автор военно-научных трудов и многих военно-публицистических статей.
Вне стен академии слушатели распоряжались временем всяк на свой лад. Одних манила «светская» жизнь, и они предпочитали балы и увеселения, уповая на то, что возникающие осложнения при сдаче зачетов и экзаменов будут улажены с помощью различных связей в высокопоставленных сферах. К их числу Борис Михайлович относил своего сокурсника поручика лейб-гвардии конного полка Врангеля, того самого Врангеля, который в годы гражданской войны стал одним из руководителей контрреволюции на Юге России. «Академия, — писал Шапошников о Врангеле, — ему была нужна, чтобы скорее получить чин ротмистра гвардии, приравнивавшийся в случае ухода в армию к полковнику». Другие слушатели, «не отягощенные упорной любовью к знаниям», заботились только о том, чтобы обеспечить себе переходной балл. Сам же Шапошников оставался верным себе, относясь к учебе всерьез, с полной отдачей сил.
