Трудной проблемой являлась компенсация потерь торгового флота в сухогрузах и танкерах, а также в портовой технике. Ширшов обратился по этому вопросу в Совнарком СССР и вскоре получил реальную помощь: правительство поставило эту задачу перед союзниками и те наладили конвейерную сборку сухогрузов типа «Либерти», танкеров, портовых кранов, паровозов и железнодорожных платформ. Всё это стало поступать из Америки в дальневосточные порты, где за эти вопросы отвечал заместитель наркома А.А. Афанасьев.
Понятно, что рейсы судов торгового флота были в годы войны сложными и опасными. Им приходилось плыть в зоне молчания, был строгий приказ не выходить в эфир, безмолвствовали и береговые радиопеленгаторы, суда шли с потушенными огнями. Главный морской инспектор Наркомата С.И. Ушаков вспоминал:
«Во время моей совместной работы с Петром Петровичем я убедился, насколько хорошо и квалифицированно он разбирался в навигационных вопросах, как быстро оценивал обстановку, какие правильные предлагал меры. Ширшова отличала высокая культура общения со своими сотрудниками, умение использовать их знания, взять от них как можно больше. Никогда не кичился он своими заслугами, не любил лести, был очень скромным, интеллигентным человеком». (Сузюмов, 1981).
По инициативе министра в 1944 году проводится коренная реорганизация сети учебных заведений отрасли, создаются новые средние и высшие мореходные училища, по-новому организуется учебный процесс.
За большой вклад в дело победы над фашистской Германией около 14 тыс. работников морского транспорта были награждены орденами и медалями. На счету моряков около 100 млн. тонн перевезённых грузов и более 1 млн. человек.
После войны работниками Министерства морского флота, пароходств и портов была проведена колоссальная работа по восстановлению разрушенного хозяйства, увеличению объёмов перевозок. Пока не восстановили судостроительные заводы, пополнение торгового флота шло за счёт трофеев. Одновременно были размещены заказы на постройку новых судов за границей, заложены новые серии на отечественных верфях.
Ширшов, накопивший большой практический опыт, обладающий широким кругозором и глубокой эрудицией, сумел предвидеть генеральные пути дальнейшего развития морского транспорта и направлял на это усилия возглавляемого им коллектива. Большое внимание уделялось оснащению новыми техническими средствами судовождения, обработки грузов в портах, внедрению прогрессивных методов в работу плавсостава и береговых служб.
Ещё в суровое военное время Ширшов обдумывал дальнейшие мирные планы. Он мечтал создать научный центр, где бы изучалась физика, гидрология, биология, геология, химия морей и океанов. Уже в 1943 году он договорился с молодыми тогда учёными В.П. Зенковичем и А.Д. Добровольским о геологическом обследовании берегов Чёрного и Каспийского морей.
В ноябре 1945 года по инициативе Ширшова в Академии наук была создана Комиссия по изучению Каспийского моря, а он стал её председателем. За годы войны Пётр Петрович детально ознакомился с условиями навигации и спецификой природы этого бассейна, хорошо представлял его роль в народном хозяйстве. Вскоре Ширшов обратился в Правительство с предложением о создании специального института широкого океанологического профиля и развитии экспедиционной деятельности в морях и океанах всего Земного шара. 24 декабря 1945 года Совнарком принял постановление об организации в системе Академии наук Института океанологии на базе слияния Лаборатории океанологии и Каспийской комиссии. Директором института утвердили академика П.П. Ширшова.
Деятельность нового института носила комплексный характер. В первые годы его сотрудники изучали географию и природу отечественных морских бассейнов, а с конца 50-х годов, уже после смерти Ширшова, перешли к изучению процессов, происходящих в водах Мирового океана, на его дне и в толще Земной коры под ними.
Послевоенные годы были чрезвычайно плодотворны для Ширшова. Он вторично избирается депутатом Верховного Совета СССР, на этот раз от Новороссийска. Власти города предложили ему выбрать для личной дачи участок земли на берегу моря. Участок он выбрал, но построил там Южное отделение Института океанологии, впоследствии знаменитую «Голубую бухту».
Надо отметить, что ведомственная жилка подталкивала Ширшова и к не совсем продуманным решениям. Так, он задумал передачу Морфлоту всех арктических портов, принадлежавших до войны Главсевморпути, а научную часть предлагал сконцентрировать в Академии наук. Вольно или невольно, но это стало началом распада Главного управления Северного морского пути.
Семейные отношения у Ширшова к тому времени стали сложными и запутанными. Первая его жена с сыном Роальдом и вторая – с дочкой Лерой вернулись в Москву из эвакуации. Третья жена с дочкой Мариной жили с ним. Приходилось налаживать и эту сторону жизни. Но он и не предполагал, какие испытания ждут впереди.
Когда в 1946 году Сталин снял с должности начальника Главсевморпути И.Д. Папанина, Ширшов пригласил его к себе в институт начальником отдела научного флота. При этом надо помнить, что до того Папанин Ширшова особо не жаловал, считая «шмидтовцем», как и Э.Т. Кренкеля. Тем не менее, Пётр Петрович первым протянул руку помощи своему опальному начальнику, хотя это грозило ему крупными неприятностями.
С помощью своего первого заместителя А.А. Афанасьева, возглавлявшего советскую делегацию в Тройственной комиссии по разделу немецкого флота, Ширшов добился выделения институту изъятого в счёт репараций быстроходного грузового судна, ставшего первенцем советского научного флота. По его заданию в «Ленпроекте» разработали схему переоборудования трофейного банановоза «Марс» и отправили его на судоремонтный завод в ГДР. Здесь он превратился в научно-исследовательское судно «Витязь». По итогам первых его рейсов в 1949–1950 годах девяти сотрудникам Института океанологии присудили Государственную премию. Свою фамилию Ширшов из списка вычеркнул.
Дальше в жизни наркома наступил трагический период. О нём, как ни странно, нет ничего в полярной и биографической литературе. Как будто ничего особенного и не было. И это практически до конца века. Только благодаря младшей дочери Ширшова, Марине Петровне, бывшему заместителю по Наркомату морского флота А. А. Афанасьеву и бывшему помощнику Е.Н. Сузюмову кое-что стало известно в последние годы. Правда, в экземпляре, подаренному Г.Д. Буркову, тогда президенту Московской ассоциации полярников, Сузюмов приписал от руки: «К сожалению, при подготовке к печати рукопись была сокращена на треть, главным образом – последние главы». Кому это надо было – выяснить не удалось, так как Сузюмов вскоре после этого скончался.
