По данным Дж. Камминса, в августе 1581 года Дрейк покинул арендованный дом в Плимуте, из чего можно предположить, что именно в это время капитан переехал на жительство в Бакленд-Эбби. Впрочем, официальное вступление Дрейка во владение указанным имением документально зафиксировано лишь с ноября 1582 года.
В сентябре 1581 года Дрейка избрали мэром Плимута и «капитаном форта и острова Сент-Николас». Понятно, что исполнение новых обязанностей потребовало от него частых поездок в город (когда верхом на лошади, когда на лодке, спускаясь вниз по реке). Будучи городским головой, сэр Фрэнсис принял деятельное участие в разработке проекта по строительству водовода длиной более 17 миль, который должен был обеспечить жителей Плимута водой из реки Миви. Когда срок исполнения обязанностей мэра истек, Дрейк занял должность главного судьи города. На расходы ему выделяли десять фунтов, из которых один фунт он отдавал на содержание тюрьмы.
Занимая один из высших постов в городском самоуправлении Плимута и располагая огромным состоянием, сэр Фрэнсис начал активно вкладывать деньги в недвижимость. В октябре 1582 года он потратил 1500 фунтов стерлингов на покупку и отчасти аренду сорока земельных участков. Кроме того, он взял в аренду плимутские городские мельницы. В том же году королева подарила Дрейку манор Уэст-Шерфорд, находившийся к востоку от Плимута, и передала ему половину манора Яркомб близ Чарда (в восточной части Девона), а в 1583 году он купил его вторую половину. Наконец, Дрейк приобрел живописный манор Сэмпфорд-Спинни на западной окраине Дартмура, в пяти милях от Бакленда, тем самым окончательно утвердив свой статус крупного регионального землевладельца.
Спокойная семейная жизнь сэра Фрэнсиса продлилась, увы, недолго. Его жена скончалась в начале 1583 года, так и не родив ему наследника. В регистрах церкви Сент-Будо, где она когда-то венчалась с Дрейком, сохранилась следующая запись: «Леди Мэри Дрейк, жена сэра Фрэнсиса Дрейка, рыцаря, погребена 25 января».
В это время «железный пират» находился в Лондоне, при дворе, где на Новый год подарил королеве золотую солонку: она была сделана в форме земного шара, покоящегося на спинах двух атлантов; сверху на земном шаре находилась фигура женщины, которая держала в руке горн. Сэр Джулиус Кейзер и сэр Кристофер Хэттон, по-видимому, помогли ему стать членом Иннер-Темпля — почетного общества столичных адвокатов и судей. Это случилось 28 января 1583 года. У Дрейка тут же появились завистники. В анналах Иннер-Темпля записано, что судьи пытались вычислить и наказать дворецких, позволявших себе оскорбительные высказывания в адрес Дрейка (они за глаза называли его «вором и разбойником»).
Спустя полгода после смерти жены сэр Фрэнсис женился во второй раз. Его новой избранницей стала двадцатилетняя Элизабет Сайденхэм — дочь и единственный ребенок богатого землевладельца сэра Джорджа Сайденхэма из Комб-Сайденхэм-Холла (Монксильвер, Сомерсет). До недавнего времени считалось, что их бракосочетание произошло в феврале 1585 года. Однако архивист Робин Буш установил, что запись регистрации брака сэра Фрэнсиса Дрейка и Элизабет Сайденхэм была сделана в домашней часовне Ол-Сентс-Чёрч в Монксильвере в 1583 году, а затем хранилась в семье Сайденхэм. В 1717 году Филипп Сайденхэм из Комб-Сайденхэма скопировал эту запись и отправил ее в Оксфорд мистеру Ханту, преподавателю из Бэльон-Колледжа. Позже письмо Сайденхэма было опубликовано Оксфордским историческим обществом в «Коллекции Томаса Хирна». В нем записано: «Сэр Фрэнсис Дрейк, рыцарь, и Элизабет Сайденхэм, дочь Джорджа Сайденхэма, вступили в брак 18 июня 1583 года; обряд провел мистер Баррет, архидиакон Экзетера».
Откуда же возникло мнение, что Дрейк вторично женился в 1585 году? Загадка объясняется просто: 9 февраля 1585 года Дрейк подписал завещание, по которому в случае его смерти маноры Яркомб, Шерфорд и Сэмпфорд-Спинни должны были перейти в собственность его жены Элизабет. Данный факт привел многих исследователей к логическому, но ложному выводу, что завещание могло быть подписано Дрейком на следующий день после бракосочетания.
Неизвестно, сколько бы еще времени сэр Фрэнсис провел на суше, скучая по морю, если бы политическая ситуация в стране и Европе не привела к очередному обострению англо-испанских отношений. В январе 1584 года в Лондоне раскрыли католический заговор, направленный против Елизаветы I в пользу шотландской королевы Марии Стюарт. Испанский посол Мендоса, замешанный в заговоре, был арестован и выслан из страны. В июле того же года в Делфте фанатик-католик убил лидера нидерландских патриотов принца Вильгельма Оранского, которому Англия оказывала тайную поддержку. На юге Нидерландов герцог Парма успешно справлялся с подавлением антииспанского восстания, а во Франции смерть от лихорадки герцога Алансонского укрепила позиции ставленника «католической партии» герцога де Гиза — главного претендента на французский престол в борьбе с протестантским королем Наварры Генрихом.
Охлаждение англо-испанских отношений способствовало тому, что королева дала свое согласие на созыв нового парламента и снаряжение нескольких разведывательных, военно-корсарских и колонизационных экспедиций. Еще до открытия сессии парламента сэр Фрэнсис Дрейк был вызван на заседание Тайного совета, где ему предложили возглавить военный поход на Молуккские острова (после того как в 1580 году испанцы захватили Португалию, все ее заморские владения вошли в состав испанской империи). Инвесторами предприятия осенью того же года выступили граф Лейстер, братья Хокинсы, сэр Кристофер Хэттон, сэр Уолтер Рэли, Дрейк и сама королева. Они собрали 40 тысяч фунтов стерлингов, которые пошли на снаряжение одиннадцати кораблей, четырех барков и двадцати пинасов (пай Дрейка составил семь тысяч фунтов стерлингов).
Параллельно с подготовкой экспедиции в Ост-Индию сэр Фрэнсис участвовал в работе парламента, куда был избран от Боссини (Северный Корнуолл). По данным С. Джексон и М. Тёрнера, с 27 ноября по 3 декабря 1584 года, находясь в Сент-Стивенс-Чепеле в Вестминстере, он участвовал в работе комиссии «по обеспечению лучшего проведения воскресных дней», 10 декабря — присутствовал на дебатах по вопросам импорта рыбы, 14 декабря — работал в комиссии по выдаче сэру Уолтеру Рэли патента на колонизацию Виргинии, а 19-го — обсуждал проблемы обеспечения флота необходимым снаряжением. Не забывал он и о проблемах Плимута. Во время заседаний парламента в Миддл-Темпле 19–21 февраля 1585 года на рассмотрение депутатов был подан «Водный билль для Плимута», призванный улучшить водоснабжение города и окрестностей. Строительство водовода должно было обеспечить водой корабли военного и торгового флота; обеспечить город водой для борьбы с пожарами; очистить Саттон-Харбор от ила; улучшить плодородие земель в Дартмуре.
