Выполняя приказание И.Д. Елисеева, полковник Раев организовал из флагманских специалистов штаба отделение для охраны здания штаба. Функции командира отделения выполнял флагманский инженер-механик флота инженер-капитан 2 ранга Б.Я. Красиков; остальные флагманские специалисты флота выполняли функции бойцов отделения. Таким образом, отсутствие заранее подготовленной охраны штаба флота вынудило отвлечь от своих прямых обязанностей опытных специалистов флота[76].
Дальнейшие события очень скоро показали ошибочность предположения о выброске противником парашютного десанта. Налет самолетов, сильный огонь зенитной артиллерии, взрывы мин, упавших в городе, сразу внесли ясность – началась война. Нужно сказать, что вплоть до налета многие военнослужащие, в том числе и руководящие офицеры, а о гражданском населении и говорить не приходится, предполагали, что все события той роковой ночи являются лишь учениями. Впоследствии, по воспоминаниям Н. Рыбалко, он не от одного офицера слышал, что, наблюдая огонь нашей зенитной артиллерии, они восхищались ею и говорили между собой: «До чего хорошо организована внезапная зенитная стрельба и притом сразу же после флотских учений, чтобы проверить бдительность». Следует отметить, что в эту ночь было сбито 2 вражеских самолета. Во всяком случае, днем 22 июня в штаб флота была доставлена часть плоскости одного из сбитых самолетов со свастикой, и Н. Рыбалко лично видел эту плоскость[77].
Немецко-фашистские захватчики рассчитывали внезапной ночной постановкой неконтактных мин закупорить корабли в бухтах главной базы, а затем уничтожить их ударами бомбардировочной авиации. Но внезапный налет не удался. Вражеские самолеты были встречены дружным огнем зенитчиков. Один из них, охваченный пламенем, врезался в море, а другой упал в прибрежной черте Стрелецкой бухты. Остальные были сбиты с курса и, сбросив свой смертоносный груз куда попало, ушли восвояси[78].
Следует отметить, что враг встретил именно активное противодействие советского Военно-морского флота. На рассвете 22 июня моряки Северного, Краснознаменного Балтийского и Черноморского флотов организованным зенитным огнем успешно отразили удары немецкой авиации по военно-морским базам Полярный, Кронштадт и Севастополь. Противнику не удалось нанести им урона в корабельном составе. В тот же день черноморская авиация нанесла ответный удар по военно-морской базе Румынии Констанца. Военно-морской флот с первых часов войны активно поддерживал сухопутные войска, особенно при обороне побережья и военно-морских баз с суши[79].
Был организован специальный поиск вражеских подводных лодок. В районе главной базы три пары самолетов МБР-2 во взаимодействии с тремя ударно-поисковыми группами сторожевых катеров осуществляли его ежедневно. При входе на внутренний рейд базы четыре сторожевых катера вели круглосуточное визуальное наблюдение за перископом подводных лодок. Они же прослушивали район шумопеленгаторами. Кроме того, на внешнем рейде были выставлены противолодочные сигнальные сети. Вход на рейд в Северную бухту был защищен тремя линиями бонового заграждения, а для индивидуальной защиты линкора и крейсеров к утру 23 июня непосредственно в Северной бухте были поставлены противоторпедные сети. Воздушную разведку в районе главной базы осуществляли самолеты МБР-2[80].
В 04 ч. 13. мин над Севастополем начали барражировать наши истребители. В пять часов поступило донесение от Дунайской военной флотилии об открытии огня румынскими береговыми батареями по кораблям флотилии и по Измаилу. Ответный огонь флотилии заставил вскоре замолчать многие румынские огневые точки. После отражения налета вражеской авиации и выяснения его последствий комната оперативного дежурного опустела: начальник штаба флота и другие руководящие офицеры штаба разошлись по своим постам для руководства боевыми действиями флота[81].
С утра 22 июня начались действия флота по совершенствованию противовоздушной и противоминной обороны флота. Посты службы наблюдения и связи Главной базы могли доложить только приблизительные места падения мин, да и то далеко не всех. Началось траление севастопольских бухт, главным образом Северной и входа в нее. В тралении, помимо средств охраны водного района Главной базы, принимали участие корабельные катера и моторные баркасы. Траление производилось табельными тралами для траления контактных якорных мин. Необходимо отметить, что опыт первой военной ночи очень быстро был учтен Черноморским флотом. Уже днем 22 июня командир охраны водного района Главной базы флота контр-адмирал В.Г. Фаддеев организовал и выставил посты противоминного наблюдения. В дальнейшем при минных постановках противника с самолетов почти ни одна мина не оставалась незамеченной. На карту наносились точные места их падения, что значительно облегчало траление и уничтожение мин. Одновременно с тралением велись поиски средств и способов, обеспечивающих надежную борьбу с неконтактными минами. С утра же началось и рассредоточение кораблей флота, которое к вечеру было закончено[82].
24 июня при очередном налете на Севастополь фашистам удалось сбросить несколько мин на фарватер. Корабли ОВР протралили фарватер контактными тралами, но безрезультатно. Через несколько часов на этом месте подорвался 25-тонный плавучий кран. Учитывая вероятные маршруты прохождения наших кораблей и судов, противник ставил донные неконтактные мины в мелководных районах, в узкостях, базах и на фарватерах[83].
Во второй половине дня командование и руководящие работники штаба флота перешли на флагманский командный пункт командующего флотом, организованный в базовой автоматической телефонной станции на Телефонной пристани. Там он и оставался до конца обороны Севастополя. Вскоре после отражения налета авиации противника к командующему флотом был вызван командующий авиацией флота В.А. Русаков. Авиация флота 23 июня нанесла ответный удар по базе флота противника Констанце и в дальнейшем вела активные боевые действия. Таким образом, попытка противника застать Черноморский флот врасплох не удалась. От налета вражеской авиации флот не понес никаких потерь и сохранил свободу маневра. Это было достигнуто высокой боевой подготовкой и боевой готовностью кораблей, частей и соединений флота. Элемент внезапности нападения на Черноморский флот не дал врагу ожидаемого эффекта[84].
Военным советом Черноморского флота были предприняты срочные меры по усилению обороны побережья и военно-морских баз, особенно в морском секторе. В первые же дни войны были усилены дозоры надводных и подводных кораблей на подходах к военно-морским базам[85].
Следует отметить, что наши флоты к началу Великой Отечественной войны имели отработанную систему противовоздушной обороны, которая находилась в высокой степени боевой готовности. Несмотря на то что многие военно-морские базы подвергались ударам вражеской авиации в первые же часы войны, мы не потеряли ни одного боевого корабля или самолета от первого удара противника. Не удалось гитлеровцам достичь и другой цели – постановкой магнитных мин с воздуха в районах наших баз воспретить кораблям выход в море. Истребительная авиация, корабельная и береговая зенитная артиллерия, части и подразделения ВНОС, зенитные прожекторные части и подразделения Севастополя, Кронштадта и других ВМБ флота встретили врага во всеоружии и успешно отразили его первые удары[86].
Согласно данным войсковой службы ВНОС, в первой половине 1942 года в границах фронтов было отмечено 85 % самолето-пролетов вражеской авиации. В июле – декабре того же года количество самолето-пролетов над боевыми порядками войск составляло 46 %[87].
В 1942 году 66 % всех самолето-пролетов немецкая авиация совершила на высотах до 3000 м, 19 % – на высотах от 3000 до 4000 м и 15 % – до 7000 м. Эти данные свидетельствуют о том, что авиация противника действовала в основном в границах фронтов. Немецкие самолеты летали на высотах, которые были доступны для зенитной артиллерии, но ее количество и организация далеко не полностью обеспечивали прикрытие частей и соединений от ударов с воздуха[88].
Наряду с ПВО военно-морских баз на ЧФ, как и на других флотах, большое внимание уделялось защите конвоев на переходе морем. Весьма эффективным являлось включение в состав конвоев крейсеров и эсминцев, которые во взаимодействии с истребительной авиацией успешно отражали атаки противника. Например, шедшие в марте 1942 года из Поти в Севастополь танкеры «Серго» и «Передовик» находились в охранении крейсера «Красный Кавказ» и эсминца «Незаможник». С воздуха конвой прикрывался истребителями. За время перехода морем бомбардировщики и торпедоносцы противника 13 раз атаковали конвой, сбросив 43 бомбы и две торпеды. Однако все атаки были безрезультатны[89].