Конфликт в верхах разрастался, и современники склонны были приписать беду пагубному влиянию на великого князя «греков».
Московское боярство постоянно пополнялось знатными выходцами из соседних государств: царевичами из Орды, членами литовской великокняжеской династии и прочее. Как правило, они получали щедрые земельные пожалования от московских государей. Члены византийской императорской семьи появились на Руси впервые. По своей знатности они далеко превосходили прочих пришельцев из-за рубежа. Тем не менее им пришлось познать немало унижений, когда они пытались укорениться в Москве.
В Италии у Софьи оставались брат Андрей и племянница Мария Палеолог. Великая княгиня выписала Марию в Москву и выдала ее замуж за Василия, сына белозерского князя Михаила Верейского. Согласно византийским обычаям византийские императрицы держали личную канцелярию, могли распоряжаться своими драгоценностями и прочее. Выдавая племянницу замуж, Софья передала ей в приданое свое украшение — «саженье» с каменьями и жемчугом. Как повествуют московские официальные летописи, Иван III вздумал одарить «саженьем» Елену Волошанку по случаю рождения внука. До Софьи «саженье» носила первая жена государя Мария Тверская, и украшение должно было остаться в собственности старшей тверской ветви династии. Не найдя «саженья» в кремлевской казне, Иван III якобы пришел в страшный гнев и велел провести дознание. После розыска московские власти арестовали итальянского финансиста, объявленного пособником Софьи, а заодно взяли под стражу двух ювелиров, по-видимому, переделавших «саженье» для Марии Палеолог. Семье Василия и Марии Верейских грозила опала, и они поспешно бежали за рубеж в Литву. История с «саженьем» поражает своей несообразностью. Женское украшение не имело значения княжеской регалии и не принадлежало к числу самых ценных вещей великокняжеской сокровищницы. «Саженье» было не более чем поводом к фактическому изгнанию из страны Василия Верейского и Марии Палеолог.
Удельный князь Михаил Верейский сохранял преданность Василию II Темному на протяжении всей смуты. Но это не оградило его от произвола Ивана III. По договору 1482 г. удельный князь «уступил» самую ценную свою отчину Белоозеро «и грамоту свою на то ему дал». Наследник княжич Василий Верейский имел все основания негодовать на государя. Его бегство в Литву отвечало целям Ивана III, как и изгнание из страны Марии Палеолог.
Боярская дума не желала усиливать позиции Софьи и ее сына, будущего Василия III.
Софья выписала из Рима и своего брата Андрея Палеолога. Как член византийской императорской семьи, шурин Ивана III Андрей рассчитывал получить обширные владения на Руси. Но его надежды не оправдались. Не получив желаемого, Андрей Палеолог покинул Москву. Осколки византийской императорской фамилии были отторгнуты московской правящей элитой по причине сугубо династического характера.
После казней 1497 г. Софья и ее греческое окружение окончательно утратили доверие к верхам московского боярства.
К XIV–XV вв. боярское землевладение заметно выросло, что упрочило могущество знати. Но одновременно с образованием крупных земельных богатств происходил интенсивный процесс дробления вотчин. Пока старшая дружина — бояре — получала основной доход от кормлений, пожалованных князем, дробление земель не грозило ей катастрофой. Положение изменилось, когда доходы с вотчин стали основными, а кормления отступили на задний план. Боярские семьи были многодетными, из-за чего даже крупные вотчины могли измельчать в течение полувека. Превращение боярства в землевладельческий слой повлекло за собой кризис.
Приметой кризиса было разделение старого боярства на собственно бояр и «детей боярских». Термин «сын боярский» указывал прежде всего на несамостоятельное, зависимое положение человека в качестве младшего члена семьи, поскольку при традиционном строе русской семьи власть родителя в отношении сына была исключительно велика. Власть отца опиралась еще и на то, что из его рук сын получал наследственные земельные владения — «отчину». Браки заключались в раннем возрасте (в пятнадцать лет и ранее), а потому в боярской семье появлялось несколько взрослых сыновей до того, как глава семьи достигал старости. «Дети боярские» не обязательно были безземельными. Они в любой момент могли получить долю в наследственной вотчине, пожалование от князя, могли, наконец, сами купить землю. Однако при наличии многих детей в боярских семьях и многократных разделах вотчин недостаточная обеспеченность землей стала самой характерной чертой для новой социальной группы.
Кризис московского служилого сословия явился одной из главных причин новгородских экспроприаций. Образовавшийся в Новгороде фонд государственных земель был использован Иваном III и его сыном Василием для обеспечения государственными имениями (поместьями) московских детей боярских, переселенных в Новгород. Помещик владел поместьем, пока нес службу в армии московского великого князя. Как только он переставал служить и не мог определить на службу сына, земля подлежала перераспределению. Поместье не должно было выходить «из службы».
Наделение детей боярских новгородскими поместьями заложило основу дворянского поместного ополчения и помогло преодолению кризиса старого боярства. Образование государственного поместного фонда оказало глубокое влияние на структуру высшего сословия. В литературе этот факт получил неодинаковую оценку. Отметив, что различия между вотчиной и поместьем были несущественными, а состав помещиков и вотчинников был близок, если не идентичен, В. Кобрин предложил «пересмотреть традиционное противопоставление помещиков и вотчинников как разных социальных категорий господствующего класса» и сделал вывод о том, что «историческое значение возникновения поместной системы состояло… не столько в создании новых кадров землевладельцев, сколько в обеспечении землей растущих старых феодальных семей». Такая интерпретация вступает в противоречие с фактами. Различия между вотчиной и поместьем носили принципиальный характер. Боярин владел вотчиной на праве частной собственности и был достаточно независим от монарха. Поместье было государственной собственностью, переданной во временное владение дворянину на условии обязательной службы. Прекращение службы вело к отчуждению поместья в казну. Среди новгородских помещиков было немало отпрысков «старых феодальных семей», но их реальное положение определялось не генеалогическими воспоминаниями, а малоземельем. Историческое значение поместной системы определялось тем, что с ее организацией в России утвердилась всеобъемлющая государственная собственность. Развитие государственной собственности трансформировало старое боярство периода раздробленности в военно-служилое сословие XVI в. Перестройка системы землевладения была вызвана не пресловутой «борьбой дворянства и боярства», а кризисом боярства, связанным с обнищанием его низших прослоек. Бояре и дворяне принадлежали к одному и тому же «чину» (формирующемуся сословию), но различия в положении крупных вотчинников и мелкопоместных детей боярских были огромны.
