Торжество реакционных сил в метрополии сопровождалось новым усилением экономического и политического гнета в колонии. Испанское правительство увеличивает налоговые поборы и повинности широких масс колониального населения. Монархи, подхлестываемые развитием рыночных отношении и втягиванием Филиппин в экономические связи с внешним миром, уже совершенно неограниченно выколачивают ренту и арендную плату из своих арендаторов.
Хосе Ризаль родился в годы, когда среди филиппинской интеллигенции критика существующих колониальных порядков и глухое недовольство ими начинали принимать более определенные формы.
Филиппинская интеллигенция воспитывалась монахами в преклонении перед величием Испании. В среде филиппинской молодежи монахи пытались развить патриотизм испанского подданного, хотя не позволяли изучать испанский язык. Но вся практика колониального режима ежечасно разоблачала искусственно прививаемое обожание Испании, короля и «святой католической церкви». Верхушка филиппинского общества и метисы стремились сделать испанскую культуру своим достоянием, но это не мешало им чувствовать все ужасы колониальной эксплуатации. Бичи, свистевшие в жандармских участках, ежедневные унижения и принудительный труд прежде всего падали, конечно, на плечи трудового народа. Но жертвой колониальных чиновников и монахов мог в любой момент стать каждый филиппинец. Ни богатство, ни самый высокий из возможных для туземца чиновничий пост не спасали филиппинца от постоянной угрозы конфискации имущества, ареста и ссылки под любым предлогом.
Все это Ризалю привелось увидеть и испытать на судьбе своей семьи довольно рано, хотя, его детские годы текли сравнительно счастливо. Отец Хосе Ризаля — Франсиско Меркадо и Ризаль считался одним из видных жителей Каламбы. Его двухэтажный дом, лучший в городке, был всегда открыт для друзей и приезжих, находивших в нем ласковый, радушный прием. Франсиско Меркадо ряд лет арендовал землю у монахов-доминиканцев. Труд его издольщиков обеспечивал ему сравнительное благополучие. В доме Меркадо-Ризаля можно было спокойно провести часок-другой, не боясь подслушивания и доноса, потолковать о несправедливостях алькальде и гобернадорсильо, о грубости лейтенанта гражданской гвардии, о злоупотреблениях монахов.
Жена его, Теодора Алонсо, происходила из богатой интеллигентной семьи. Женщина сильного характера и недюжинного ума, она выделялась редкой по тому времени образованностью и начитанностью, очень любила стихи и сама их писала.
Семья Меркадо была смешанного происхождения. Семейные предания упоминали имя отдаленного предка Франсиско — богатого купца китайца Лам-Ко, эмигрировавшего на Филиппины в конце XVII столетия. В церковных книгах города Биньяна сохранилась запись об его обращении в христианство и крещении под именем Доминго в 1697 году. Там же, в Биньяне, он женился на дочери китайца и полуфилиппинки-полуиспанки, имя которой в семейной хронике не упоминается. Среди других предков Хосе Ризаля с отцовской стороны встречаются как китайцы, так и филиппинцы-тагалы. Донья Теодора Алонсо также насчитывала среди своих предков, наряду с тагалами, нескольких китайцев. Сама фамилия Меркадо (по-испански — Mercada — купец, торговец) указывает на купеческое прошлое предков Ризаля.
Франсиско Меркадо и Теодора Алонсо обвенчались в Биньяне в 1847 году и вскоре переехали на жительство в Каламбу. В 1849 году к фамилии Меркадо была прибавлена новая — Ризаль.
Испанские чиновники, не желая затруднять себя непонятными для них тагальскими и другими туземными прозвищами, издавна давали филиппинцам испанские фамилии. Чиновники не отличались большой изобретательностью. Можно было встретить семнадцать Антонио де ла Крус в одном городе, или двенадцать Франсиско де лос Сантос на одной улице — и ни одна из этих семей не была родственна другой. В 1849 году генерал-губернатор Клаверия решил окончательно испанизировать еще сохранившиеся филиппинские фамилии и навести порядок среди бесчисленных тезок. Он велел составить алфавитный список испанских фамилий. Все отцы филиппинских семейств должны были выбрать себе и своим потомкам новые благозвучные для испанского уха и легкие для испанского произношения фамилии.
Дед Хосе Ризаля заупрямился. Он не желал, чтобы ему навязывали имя. Он придумал его сам: Ризаль — испорченное «рисиаль», т. е. луг, пастбище. С тех пор Франсиско и его меньшие братья стали носить двойную фамилию — Меркадо и Ризаль. Старшие же его братья — всех их было двенадцать — остались при старой фамилии, просто Меркадо. Такая же история приключилась с дедом и бабкой Ризаля по матери: к их старой фамилии Алонсо была прибавлена новая: Реалондо. Полное имя Хосе, составленное по испанскому обычаю из отцовской и материнской фамилий, читалось: Хосе Протасио Ризаль Меркадо и Алонсо Реалондо.
Хосе был седьмым из одиннадцати детей Франсиско и Теодоры. Уже в самом раннем возрасте он поражал всех своими способностями и умом. Трех лет он выучил азбуку и, еще не достигнув, пяти, читал, сидя на коленях у матери, испанскую библию. На Филиппинах красивые дети не редкость, и все же ребенок обращал на себя всеобщее внимание. Все восхищались красивым овалом и нежным цветом его лица, оживленного прекрасными глазами, полными пытливости и ума.
В раннем детстве Хосе не отличался крепким здоровьем, рос медленно и казался хрупким. Он не любил бегать и шалить, предпочитая слушать сказки няни и чтение матери. Живые струи филиппинского народного творчества, которых не смогло задушить трехвековое иностранное закабаление, смешивались в восприятии ребенка с образами классической испанской поэзии.
Когда ребенку было шесть лет, в доме поселился дядя с отцовской стороны — Мануэль Меркадо. Он занялся физическим воспитанием маленького Хосе: приохотил мальчику к бегу, прыжкам, фехтованию, к дальним прогулкам пешком и верхом, к играм на открытом воздухе. Благодаря дяде, Хосе окреп, и его физическое развитие перестало отставать от умственного.
С ранних лет задумчивый и любознательный ребенок обнаруживал задатки артистических дарований. Четырех лет он любил рисовать и лепить из глины и воска птиц, бабочек, собак и людей. Особенно привлекали его стихи, и он с удовольствием вслушивался в чтение образцов испанской поэзии. Мать не только знакомила сына с произведениями испанских поэтов, но учила и его самого слагать стихи.
Но в мирную обстановку семейного уюта и благополучия резким контрастом врывались ежедневные впечатления окружающей жизни. За стенами дома царили произвол и жестокость «гражданской гвардии», грубость и чванство чиновников, несправедливость продажных судей, лицемерная святость алчных и развратных монахов.