При таких обстоятельствах П.С. Абанькин командовал флотилией два года и сдал ее Ф.С. Октябрьскому, которого на время перевели с поста командующего Черноморским флотом. Июнь-август 1943 года контр-адмирал оставался в распоряжении Наркомата ВМФ, а затем его назначили командующим Онежской военной флотилией [487] . Флотилию флагман принял у временного командующего Н.В. Антонова, начальника штаба. Предшествующего командующего, капитана 1-го ранга А.П. Дьяконова, назначили начальником отделения исторического отдела Главного морского штаба.
Командующим Онежской военной флотилией Абанькин состоял с 11 августа 1943 по 25 января 1944 года [488] . Корабли флотилии поддерживали боевые действия 7-й и 32-й армий Карельского фронта, обеспечивали перевозки по Онежскому озеру, вели борьбу с авиацией противника. В период командования Абанькина (1943) на флотилии впервые применили залповый огонь реактивными снарядами по переднему краю противника.
22 августа 1943 года флотилия осуществила огнем поддержку прорыва сухопутными войсками вражеской обороны в районе Важерокса. К началу операции первая группа кораблей незаметно заняла позицию в Онежском обводном канале. На одной из канлодок находился командующий флотилией контр-адмирал П.С. Абанькин. Он не стал вмешиваться в подготовку и ход операции и оставил ее на начальника штаба Н.В. Антонова [489] .
Главные силы, скрытно сосредоточенные в Онежском обводном канале, огнем поддерживали наступление, тогда как прорвавшиеся в Онежское озеро шесть торпедных катеров с реактивными установками должны были ошеломить противника и отвлечь его внимание от места прорыва. Перед началом операции моряки наладили взаимодействие с сухопутными войсками, провели разведку района действий, оборудовали створы, по которым катера должны были направлять свои удары. Тщательно спланированная и подготовленная штабом операция прошла успешно. Рано утром 22 августа 6 торпедных катеров вышли на озеро и по створам дали залпы по позициям противника. Их огонь послужил сигналом для кораблей из обводного канала и сухопутной артиллерии. Операция войск завершилась также успешно. Захваченные пленные на допросе сообщили, что удар «катюшами» со стороны озера оказал ошеломляющее воздействие [490] .
В августе усилились неприятельские перевозки по озеру. В сентябре-октябре корабли флотилии не раз нападали на коммуникации и опорные пункты противника, провели более 20 успешных боев с неприятелем. Так как противник не рисковал нападать на советские суда, флотилия провела около 240 конвоев, более 800 судов с войсками и грузами [491] .
Нарком ВМФ Н.Г. Кузнецов писал позднее: «Абанькин был на флотилии недолго, но оставил заметный след в организации боевой и повседневной службы, в методической и тактической подготовке командиров соединений и кораблей, укрепив основы дальнейших успехов флотилии» [492] .
Осенью 1943 года флотилия уходила с Онежского озера по частям. Большая часть кораблей направилась на зимовку в начале октября; остававшиеся на озере корабли маскировали уход флотилии. Моряки высаживали демонстративные десанты, посты и береговые радиостанции вели оживленные радиопереговоры. Похолодание во второй половине октября заставило поторопиться с выводом оставшихся судов [493] .
В конце 1943 года контр-адмирал сдал флотилию Н.В. Антонову. В январе-марте 1944 года Абанькин находился в распоряжении Наркомата ВМФ. До сентября 1944 года он командовал вновь Амурской Краснознаменной флотилией. 21 июля 1944 года моряка произвели в вице-адмиралы [494] .
В этот период, как и ранее, Краснознаменная Амурская флотилия готовилась к обороне дальневосточных рубежей страны. Пришлось в первую очередь заниматься боевой подготовкой и находиться в готовности отразить неожиданное нападение. О возможности такового свидетельствовали провокации японской военщины.
С сентября 1944 года моряк – начальник Военно-морской академии имени К.Е. Ворошилова; одновременно он исполнял обязанности главного редактора журнала «Морской сборник». С апреля 1945 по март 1946 года П.С. Абанькин – заместитель наркома ВМФ, затем до февраля 1947 года – заместитель главнокомандующего ВМС по кадрам. С февраля 1947 по март 1950 года вице-адмирал состоял заместителем главкома ВМС по кораблестроению, а затем до апреля 1952 года – заместителем военно-морского министра по кораблестроению и вооружению. 27 января 1951 года его произвели в адмиралы. В этот период, с декабря 1947 по февраль 1948 года, Абанькин являлся членом суда чести над группой адмиралов [495] .
Н.Г. Кузнецова, Л.М. Галлера, В.А. Алафузова и Г.А. Степанова на основании доноса капитана 1-го ранга В.А. Алферова обвинили в передаче союзникам чертежей секретного вооружения. После проведения допросов адмиралов было решено предать их суду чести. Очевидно, следователи выполняли заказ свыше, ибо Сталин был недоволен независимостью Н.Г. Кузнецова. Под давлением эксперты поддержали обвинение, и 19 декабря Сталин подписал постановление Совета министров СССР о придании адмиралов суду чести. Состав суда назначили приказом министра Вооруженных сил H.A. Булганина. Очевидно, члены суда имели твердую установку добиться установления виновности адмиралов и старались выполнить эту задачу. Биограф Галлера отмечал: Абанькин пытался доказать, что адмирал недооценивал такое великолепное оружие, как торпеда высотного бомбометания. Ни он, ни другие члены суда не хотели (скорее боялись) учесть, что уже в ходе войны секретность этого оружия была утрачена. Суд чести принял решение предать адмиралов суду Военной коллегии Верховного суда СССР. Высшее командование не вступилось за заслуженных флагманов. Абанькин в аттестации на Л.М. Галлера указал, что тот «в руководстве с подчиненными не имеет твердости, там, где, нужно требовать, приказать или даже наказать, допускает уговоры» и «являясь односторонним специалистом, мало уделял внимания своему политическому образованию» [496] . Видимо, адмирал не смог (или не захотел) предложить более серьезные причины для обвинения. На основании ложных обвинений и аттестаций преданные суду адмиралы получили серьезные наказания.
С апреля 1952 по июнь 1958 года адмирал являлся начальником Гидрографического управления ВМС, которое в 1953 году переименовали в Гидрографическую службу ВМФ. В 1957 году «Географический сборник» опубликовал в номере 12 статью П.С. Абанькина «Ю.М. Шокальский и гидрография». В 1958–1960 годах Абанькин являлся военным консультантом группы генеральных инспекторов МО СССР. С сентября 1960 года моряк находился в отставке. Он был награжден 2 орденами Ленина (1943, 1944), 2 орденами Красного Знамени (1944, 1953), орденом Ушакова I степени (1945), медалями, югославским орденом «Братство и единство» I степени. Скончался П.С. Абанькин 14 августа 1965 года в Ленинграде. Похоронили его на Серафимовском кладбище [497] .
