Эту работу поручили специальной комиссии, получившей название Уложенной. Екатерина II разработала руководство, получившее название «Наказ императрицы Екатерины II, данный комиссии о сочинении проекта нового уложения». Два первых пункта «Наказа» гласили:
«1. Закон Христианский научает нас взаимно делати друг другу добро, сколько возможно.
2. Полагая сие, законом веры предписанное, правило за вкоренившееся, или за долженствующее вкорениться в сердцах целого народа, не можем иначе кроме сего сделать положения, что всякого честного человека в обществе желание есть или будет видети все Отечество свое на самой высшей степени благополучия, славы, блаженства и спокойствия».
В состав Уложенной комиссии вошли «выборные» — 573 депутата от всех сословий Российского государства: дворянства, купечества, мещанства, казачества, инородцев и даже лично свободных государственных крестьян. Право участвовать в составлении уложения было лишено только крепостное крестьянство, составлявшее большинство населения страны. Выборные привезли с собой 1465 наказов от избирателей.
Общее руководство работой комиссии осуществлял генерал-прокурор Сената князь A.A. Вяземский, а ее председателем стал известный военачальник и дипломат генерал-поручик А.И. Бибиков. Им потребовалось немалое число сотрудников, людей образованных, деятельных и ответственных. Так в аппарате Уложенной комиссии оказался капитан М.И. Голенищев-Кутузов. Высочайшим указом он переводится из полка в распоряжение генерал-прокурора князя Вяземского (в составе специально отобранной группы офицеров в количестве 22 человек, в основном из гвардейских полков).
Работа в штате Уложенной комиссии стала для М.И. Кутузова серьезной жизненной школой, расширила его кругозор, дав широкие познания в области права, экономики, социологии. Все это ему весьма пригодилось в будущей военно-административной, дипломатической и педагогической деятельности.
Молодому офицеру пришлось соприкоснуться с такими людьми, как всесильные в то время братья Григорий и Алексей Орловы, будущий светлейший князь Г.А. Потемкин, доверенное лицо императрицы граф П.И. Панин, известные литераторы И.П. Елагин и Г.В. Козицкий, историки академик Г.Ф. Миллер и князь М.М. Щербатов, другими влиятельными людьми екатерининского времени. Среди депутатов оказалось немало и родственников по линии дяди Ивана Логиновича — Бибиковых.
Для разработки проектов по отдельным вопросам создавались специальные депутатские комиссии (всего 19), называвшиеся «частными». Они состояли из пяти депутатов: трое избирались, а еще двое назначались Вяземским и Бибиковым. М.И. Кутузов был включен в состав секретариата «частной» Юстицкой комиссии, переименованной позже в Комиссию о правосудии вообще.
В его обязанности входило ведение протоколов заседаний, составление реестров наказов, выписок и сводок из существующего законодательства, формулирование статей проектов законов. Протоколы заседаний затем сводились в одну официальную дневную записку, которая утверждалась на следующем заседании комиссии. Ее краткое изложение — экстракт — ежедневно направлялось императрице.
Уложенная комиссия действовала до декабря 1768 года: началась война с Турцией, и многие депутаты, будучи людьми военными, должны были возвратиться к местам службы или сразу отправиться на театр военных действий. (Больше комиссия по составлению нового свода законов Российской империи Екатериной II не собиралась. Огромный труд многих сотен людей так и остался незавершенным.)
Капитан М.И. Голенищев-Кутузов вскоре вновь оказался в хорошо знакомой ему Польше, где принял участие в начавшейся войне с польскими конфедератами. Она стала следствием событий 1764–1765 годов, связанных с возведением на королевский трон приверженца России Станислава Понятовского.
Его противники из числа польской вольной шляхты, собравшись в феврале 1768 года в украинском городке Баре, образовали «конфедерацию», объявили сейм Польши низложенным и принялись за создание собственной армии. Варшавское правительство оказалось бессильным в противодействии барским конфедератам. Те, окрепнув, в октябре издали манифест, в котором призвали население к повсеместному восстанию против короля Станислава Понятовского и потребовали от России вывода своих войск с польских территорий.
Русские войска, стоявшие в Польше, были немногочисленны: всего до 15 тысяч человек. Они состояли из шести карабинерных, тринадцати пехотных и четырех гусарских полков под командованием генерал-аншефа Петра Ивановича Олица. Эти малые военные силы составили обсервационную (наблюдательную) армию, разбросанную на большой территории.
России пришлось вновь вмешаться во внутренние беспорядки своего западного соседа. 8 ноября 1768 года императрица Екатерина II издает высочайший манифест, в котором указывалось на нарушения прав диссидентов — православных жителей католической Польши (преимущественно белорусов и украинцев). Диссиденты подвергались прежде всего политической и религиозной дискриминации. Эти события в Польском королевстве заставили Российскую империю вновь «принять участие» в делах Польши.
Польское посольство в Санкт-Петербурге от имени нации запросило у Екатерины II военной помощи. В Польшу на усиление обсервационной армии направляются новые войска, составившие особый корпус генерал-майора И.И. Веймарна. Корпус состоял из трех карабинерных (Нарвского, Новгородского и Санкт-Петербургского) и четырех пехотных (Казанского, Нарвского, Новгородского и Углицкого) полков при 10 орудиях.
При корпусе Веймарна был и капитан М.И. Голенищев-Кутузов. Корпусной командир помнил молодого пехотного офицера еще по первому польскому походу и высоко оценил его способности вести борьбу с мятежными «партиями», воевавшими разрозненно, без общей связи между собой, на свой страх и риск.
Отряды барских конфедератов, в своей основе состоявшие из многочисленной польской шляхты, занимались откровенным грабежом местного населения, особенно малороссов. Это побудило жителей двух воеводств — Киевского и Брацлавского — обратиться к русскому командованию с просьбой о защите от грабежей и насилия со стороны гайдамаков. Капитан М.И. Кутузов получает назначения для руководства то одним, то другим небольшим русским отрядом.
Войска генерала Олица без труда одерживали верх над силами барских конфедератов. Но те, рассеявшись в одном месте, вновь собирались в других местах. В конце 1769 года большое число конфедератов бежало за Днестр. Под городом Люблином отличился Суздальский пехотный полк под командованием A.B. Суворова, разгромивший крупный отряд пана Пулавского.
