В то время как иракские баасисты и их соратники в Сирии настаивали на быстром слиянии с Египтом, считая это важным шагом на пути к конечному объединению «Арабской нации», Касем яростно выступал против такого объединения. Его позиция была прежде всего прагматичной. Он не хотел превращать Ирак в еще одну часть большого государства под владычеством Египта, подчинившись Насеру, которого он не любил и боялся. Он также предвидел, что этот союз укрепит положение второго человека в государстве, полковника Абдель Салам Арефа, стремившегося к руководству страной. Его опасения были абсолютно оправданы. На встрече с Насером в Дамаске через неделю после июльского переворота 1958 года Ареф пообещал Насеру, что Ирак скоро присоединится к ОАР и что Касем будет смещен со своего поста. Сведения об этом разговоре вскоре стали известны Касему. Стремясь укрепить свои позиции и устранить угрозу своему лидерству, Касем быстро расправился с «юнионистами» (сторонниками союза). Ареф и Рашид Али аль-Кайлани, ветеран арабского национализма и бывший премьер-министр, были отданы под суд и приговорены к смерти (их приговоры были позже изменены на пожизненное заключение). Одновременно, в результате их поддержки союза, партия Баас быстро потеряла недавно приобретенное влияние на военные и политические организации, а многие из членов партии были брошены в переполненные узниками тюрьмы. В борьбе против «юнионистов» Касем решил опереться на коммунистов. В отчаянной попытке сдержать нарастающее влияние левых сил в марте 1959 г. арабские офицеры-националисты, не принадлежащие к Баас, подняли неудачное восстание в северном городе Мосул. Возмездие Касема было мгновенным и ужасным. Последовал один из самых кровавых эпизодов в современной политической истории Ирака. Коммунистическим боевикам предоставили свободу действий в Мосуле, чтобы они смогли всласть отомстить. Последовали изнасилования, убийства, грабежи, групповые суды и казни в присутствии ликующих толп. Жизни лишились сотни людей, в большинстве арабские националисты.
Ужасы бойни в Мосуле заставили Баас уйти в подполье. Теперь они были уверены, что для спасения Ирака следует убить Касема. Несмотря на прогрессирующее ухудшение отношений Касема с коммунистами вследствие еще одной бойни, устроенной теми в Киркуке, решение баасистов осталось неизменным. В начале вечера 7 октября 1959 года группа молодых активистов Баас, включая Саддама, устроила засаду на машину Касема, ехавшего домой, и обстреляла его с близкого расстояния. Раненый, едва избежавший смерти, потрясенный диктатор буквально с больничной койки приказал запретить партию Баас по всему Ираку. Хотя последующая чистка жестоко подорвала партийную организацию и пресекла ее деятельность, вызывающее поведение многих баасистов на открытых судебных процессах обратило на них внимание всей страны и принесло все еще небольшой партии повсеместное признание и уважение.
Неудачная попытка убийства Касема стала важной вехой в истории иракской партии Баас и в жизни Саддама Хусейна. Неожиданно он выбился из полной безвестности и стал одним из самых нужных людей в стране. Рассказывали фантастическую историю, приукрашивающую его роль в покушении на Касема. Саддам, юный идеалист, ждет ненавистного диктатора с пистолетом в руке, готовый принести себя в жертву ради общенародного дела. Скрывающемуся раненому революционеру отказывают в медицинской помощи. Тогда он бестрепетно извлекает с помощью ножа пулю из тела и мчится на своем скакуне через пустыню, хитроумно избегая бесчисленные военные патрули, преследующие его по пятам. Отважный воин-беглец уплывает к свободе по ледяным водам Тигра, зажав нож в тесно стиснутых зубах. Покушение на Касема и последующее бегство стало важным элементом в легенде иракского президента — она была восславлена в многочисленных публикациях, телевизионных программах и даже в кино. Легенда эта воспевает черты типичного национального героя: патриотизм, бесстрашие, железную волю.
Правда о роли Саддама в покушении на убийство гораздо менее эффектна. Первоначальное его задание было второстепенным: обеспечить прикрытие своих напарников во время покушения на Касема. Однако, согласно его полуофициальной биографии, «когда он оказался лицом к лицу с диктатором, он не смог сдержаться. Он забыл о полученных инструкциях и тотчас открыл огонь». В то время как эта лестная версия пытается прославить поведение Саддама, подчеркивая его инициативу и стремление избавить страну от ненавистного диктатора, она, тем не менее, дает понять, что Хусейн поставил под удар всю операцию, если не провалил ее полностью, своими преждевременными действиями. Не выполнив первоначальный план и действуя самостоятельно, он привел в замешательство своих соратников и дал возможность телохранителям Касема оправиться от первоначального шока и действовать более эффективно. В последовавшем смятении один член «ударного взвода» был убит своими же, а сам Саддам был ранен одним из товарищей. Так или иначе, а этот рассказ об опрометчивом поведении Саддама является одним из немногих документированных свидетельств о том, что Саддам терял самообладание, сталкиваясь с серьезной опасностью. Несмотря на множество публикаций и последующее прославление этого эпизода, молодого Саддама, должно быть, расстраивала его роль в срыве самого важного к тому времени политического мероприятия Баас. Да и необходимость бежать из родной страны на неопределенное время не была желанным шагом для молодого человека, никогда прежде не выезжавшего из Ирака и не имевшего таких планов на ближайшее будущее. Неудавшееся покушение не только явилось важной вехой в его политической карьере, но оказало отрезвляющее воздействие на Саддама, научив его самоконтролю, терпению и осторожности.
Саддаму удалось перейти сирийскую границу, и он был тепло встречен руководством Баас, тогда еще участвующим в правительстве Объединенной Арабской Республики. Мишель Афляк, отец-основатель партии и ее главный идеолог, как говорят, лично заинтересовался молодым политэмигрантом и продвинул его до высшего партийного ранга, сделав действительным членом партии. Хотя Афляк впоследствии вспоминал, что он познакомился с Саддамом только после 1963 года, вряд ли можно сомневаться, что между ними быстро возникло взаимопонимание. Их дружба оказалась очень выгодной для Саддама Хусейна. В 1964 году, во многом благодаря хлопотам Афляка, он был избран в высшей орган по принятию решений в иракской партии — Региональное управление. Позже Хусейн использовал престарелого духовного вождя, чтобы укрепить свои собственные идеологические посылки и узаконить свой режим. Как и у советского диктатора Иосифа Сталина, использовавшего имя Ленина как основание законности своего личного правления, у Саддама был живой Ленин, которого он мог достать в подходящих случаях, чтобы узаконить свои решения и прежде всего свое положение хранителя правильности партийного курса в противовес иным партийным группировкам. Даже смерть Афляка в 1989 году была использована для достижения политических целей Саддама. Иракский лидер распространил среди своих подданных сведения, что он лично оплатил сооружение гробницы для отца-основателя партии Баас.
