Возвратившись на «Мосфильм», Пырьев в сотрудничестве с Помещиковым и Ладыниной принялся за новую комедию — «Трактористы» (1939). Её сюжет во многом повторял «Богатую невесту». Только по сравнению с весёлой Маринкой новая героиня Ладыниной, бригадир трактористок Марьяна Бажан, отличалась более волевым характером, современными манерами. В этой картине блистали также молодые актёры Николай Крючков, Борис Андреев, Пётр Алейников.
Песня о трёх танкистах и марш братьев Покрасс из «Трактористов» популярны в народе до сих пор.
Разработанная Пырьевым в «Богатой невесте» и «Трактористах» поэтика бесконфликтной лирической комедии, воспевающей труд, стала своеобразным эталоном советской комедии 1930-х годов.
Одну из лучших своих картин, «Свинарка и пастух», Пырьев заканчивал в осенние месяцы 1941 года, когда на Москву падали фашистские бомбы. Это была жизнерадостная комедия в стихах (сценарий Виктора Гусева) с превосходной музыкой Тихона Хренникова. Любовь юной свинарки Глаши (Ладынина) из Вологды и лихого чабана Мусаиба (Зельдин) из Дагестана родилась на московской Сельскохозяйственной выставке.
Казалось бы, война и комедия, — вещи несовместимые. Но успех фильма превзошёл все ожидания.
Во время войны Пырьев поставил фильм «Секретарь райкома» (1942) — о действиях партизан. Образ командира партизанского отряда Кочет (актёр Ванин) был первым и одним из лучших образов героев войны, народных мстителей.
Когда советские войска перешли в наступление, Пырьев решил вернуться к жанру музыкальной лирической комедии, поставив «В шесть часов вечера после войны» (1944), где он представил, какой будет радость победы, — с салютом, с народом, вышедшим на ярко освещённые площади Москвы. К счастью, творческое предсказание режиссёра сбылось.
Тогда кинематограф ещё не знал термина «мюзикл». Но именно мюзиклом следует назвать и «В шесть часов вечера после войны», и следующую работу Пырьева «Сказание о земле Сибирской» (1948). Музыка стала темой и сюжетной основой картины, рассказывающей о том, как раненый пианист уезжает в Сибирь, где становится композитором. Рядом с Ладыниной, Андреевым, Зельдиным выразительно играли молодые артисты Владимир Дружников и Вера Васильева.
Фильм был очень хорошо оценён прессой, премирован, продан в восемьдесят шесть зарубежных стран, но особенно большим успехом почему-то пользовался в Японии. Пырьев получил звание народного артиста СССР.
Драматург Николай Погодин написал для Пырьева сценарий фильма «Весёлая ярмарка», где соперничающие женихи стремились завоевать невесту победой на колхозных скачках, и в соревнование председателей колхозов вмешивалась любовь. Роль Пересветовой стала лучшей работой Марины Ладыниной, а Сергей Лукьянов убедительно сыграл Гордея Ворона, «орла степного, казака лихого». Песню «Каким ты был» на стихи Матусовского написал Исаак Дунаевский.
Перед выходом на экраны фильм посмотрел Сталин и предложил вместо «Весёлой ярмарки» новое название — «Кубанские казаки» (1949).
Вначале картина была восторженно принята и зрителями и прессой. Её мелодии звучали повсюду, её персонажи входили в поговорки, в быт. Пырьев получил свою шестую (!) Государственную премию.
После смерти Сталина фильм начали критиковать, обвинять в «лакировке действительности», чуть ли не в дезориентации общественного мнения.
Трудно сказать отчего — от несправедливой ли критики «Кубанских казаков», или по какой другой причине, но Пырьев отошёл от комедии. Неожиданно для всех он устремился в документальное кино, сделав три фильма о молодёжи: «Мы за мир!» (совместно с И. Ивенсом) о молодёжном фестивале в Берлине, «Песня молодости» и «Спортивный праздник молодёжи».
Бытовые драматические современные картины Пырьева «Испытание верности» (1954), «Наш общий друг» (1962), «Свет далёкой звезды» (1965) трудно отнести к творческим удачам режиссёра прежде всего из-за слабости сценариев.
В «Испытании верности» в последний раз у него играет Марина Ладынина. Нет, они ещё не расстались. В 1955 году Ладынина и Пырьев официально зарегистрировали свои отношения, а в следующем году в ресторане «Арагви» отметили 20-летний юбилей совместной жизни…
Пырьев любил русскую литературу. После каждой комедии он упорно добивался постановки «Мёртвых душ», «Ревизора». Задумывался о «Капитанской дочке» и об «Анне Карениной». Особо восхищался Достоевским: «Какие характеры, какие страсти!» Готовил киноварианты чуть ли не всех романов и повестей великого писателя!
В конце 1950-х годов Пырьев приступил к экранизации романа «Идиот».
Успех первой серии «Идиота» («Настасья Филипповна», 1958) был несомненен. Юрий Яковлев (князь Мышкин) и Юлия Борисова (Настасья Филипповна) создали незабываемые образы. Трагические сцены, особенно сцена торга и сожжения денег, были подлинными, по Достоевскому. Режиссёр показывал сильные, яркие характеры, бурные столкновения страстей.
Пырьев экранизировал другое произведение Достоевского — «Белые ночи» (1960) и потерпел неудачу. Как пишет Р. Юренев, в этой картине «не было завораживающего волшебства пустынного ночного Петербурга, не было щемящего ощущения неосуществимости мечты, недосягаемости счастья…»
Весь последний период творчества Пырьев занимался общественной деятельностью. Он избирался депутатом в Верховный Совет СССР, осуществлял культурные связи с зарубежными странами, долгие годы был заместителем председателя Большого художественного совета Министерства кинематографии СССР, художественным руководителем «Мосфильма». Несколько лет проработал он и директором «Мосфильма» (1954–1957).
«Иваном Грозным» называли Пырьева между собой кинематографисты, уважая, боясь, восхищаясь. Иван Александрович был человеком огромного темперамента и эмоциональности, но с большим обаянием и умением привлекать людей. Скольких руководителей он посетил и убедил, чтобы появился Союз кинематографистов СССР — истинное детище Пырьева.
Однако, получив должности и посты, Иван Александрович стал превращаться из художника в чиновника. Марина Ладынина не могла с этим смириться. Разрыв усугубили его увлечения на стороне. Пырьев женился на молодой актрисе Лионелле Скирде, воспитаннице Юрия Завадского. После развода родителей и размена квартиры в высотке на Котельнической набережной сын Андрей ушёл с отцом…
Когда Союз кинематографистов получил всеобщее признание, Пырьев уступил руководящее кресло другому, а сам приступил к экранизации «Братьев Карамазовых» (1967–1968). По мнению киноведов, режиссёр проявил и смелость, и вкус, и очень глубокое и тонкое понимание индивидуальных особенностей несхожих между собой актёров. И старый мхатовец, игравший Фёдора Карамазова на сцене, М. Прудкин, и вахтанговец М. Ульянов, и товстоноговец К. Лавров, и молодые артисты театра «Современник» А. Мягков и В. Никулин, и Л. Скирда-Пырьева сделали всё возможное, чтобы воплотить сложнейшие характеры романа.
