После выздоровления в марте 1922 г. переведен в г. Уфу на должность члена Коллегии Башкирского губотдела ГПУ.
В мае 1923 г. отозван в Москву и назначен уполномоченным, а затем заместителем начальника отделения Восточного отдела ОГПУ. Одновременно приступил к учебе на восточном факультете ВА РККА.
В октябре 1925 г. после завершения учебы зачислен в ИНО ОГПУ и в том же году направлен резидентом внешней разведки в Шанхай.
С 1926 г. под прикрытием консула СССР возглавлял резидентуры в Пекине, а с 1927 г. и в Харбине. Во время работы в Китае Эйтингону удалось добиться освобождения группы советских военных советников, захваченных китайскими националистами в Маньчжурии, сорвать попытку захвата советского консульства в Шанхае агентами Чан Кайши. В 1928 г. совместно с резидентом разведупра РККА в Шанхае X. Салнынем организовал устранение фактического диктатора пекинского правительства маршала Чжан Цзолиня.
Весной 1929 г. после разгрома китайской полицией советского консульства в Харбине отозван в Москву и направлен в Турцию на должность легального резидента в Стамбуле под прикрытием атташе консульства СССР Леонида Александровича Наумова. Резидентура ОГПУ в Турции не работала против страны пребывания, а сосредоточила усилия на добывании информации в иностранных посольствах в Константинополе. Большое количество секретных документов добывалось в японском, французском и автрийском посольствах. С середины 1928 г. в Стамбуле существовала нелегальная резидентура, работавшая по всему Ближневосточному региону. Во главе ее сначала был Я. Г. Блюмкин, а после его ареста в 1929 г. за связь с Троцким — Г. Агабеков. В задачу Эйтингона в т. ч. входила организация связи Агабекова с Центром. Помимо этого, в декабре 1929 г. он по поручению ИНО принял агентуру в Греции после ареста там нелегального резидента ОГПУ.
В июне 1930 г. Агабеков бежал на Запад. Опасаясь провала, Центр в срочном порядке отозвал Эйтингона в Москву.
По возвращении в Центр Эйтингон, сделавший псевдоним «Леонид Александрович Наумов» своим именем, был назначен заместителем у Я. И. Серебрянского — начальником Особой группы при Председателе ОГПУ (Группа «Яши»).
В период работы в ОГ Эйтингон несколько раз выезжал за рубеж, вт. ч. в Калифорнию, где руководил созданием там глубоко законспирированной нелегальной агентурной сети.
Однако сработаться с «Яшей» Эйтингону не удалось, и в 1931 г. он перешел на должность начальника 8–го отделения ИНО ОГПУ и в скором времени был командирован во Францию, а затем в Бельгию.
По возвращении в Москву, с марта 1933 г. — нач. 1–го отделения (нелегальная разведка) ИНО, и во второй половине 1933 г. вновь направлен за рубеж для работы в нелегальных резидентурах в США.
В 1936 г. после начала Гражданской войны в Испании Наумов — Эйтингон под именем Леонида Александровича Котова направлен в Мадрид в качестве заместителя A. M. Орлова («Швед») — резидента НКВД и главного советника по безопасности при республиканском правительстве. В задачи «генерала Котова» входила подготовка испанских сил госбезопасности, руководство партизанскими операциями республиканцев в тылу противника. Он также участвовал в ликвидации руководителей испанской Рабочей партии марксистского единства (ПОУМ).
После побега на Запад «Шведа» в июле 1938 г. «Котов» возглавил резидентуру. Центр поручил ему восстановить связь с одним из членов «кембриджской пятерки» Гаем Берджесом («Медхен»).
После поражения республиканцев в 1939 г. Эйтингон руководил эвакуацией советских специалистов и добровольцев из Испании.
Осенью 1941 г. Л. А. Эйтингон вместе с разведчиками Г. Мордвиновым, И. Винаровым и группой боевиков выехал в Турцию, где по заданию Сталина должен был организовать ликвидацию германского посла в Анкаре Франца фон Папена. Покушение сорвалось, и в августе 1942 г. Эйтингон вернулся в Москву.
С 20.08.42 г. — заместитель начальника 4–го Управления НКВД — НКГБ СССР. Наряду с П. А. Судоплатовым, Эйтингон являлся одним из организаторов партизанского движения и разведывательно—диверсионной работы на оккупированной территории СССР, а позже — в Польше, Чехословакии, Болгарии и Румынии, сыграл ведущую роль в проведении ставших легендарными оперативных радиоигр против немецкой разведки «Монастырь» и «Березина». За выполнение специальных заданий в годы Великой Отечественной войны Л. А. Эйтингон был награжден полководческими орденами Суворова 2–й степени и Александра Невского.
С 27.09.45 г. заместитель начальника отдела «С» НКВД СССР (по совместительству), занимавшегося координацией разведывательной работы по созданию атомного оружия.
После окончания войны принимал активное участие в разработке и осуществлении агентурных комбинаций по ликвидации польских и литовских националистических бандформирований.
В конце 1946 г. специальным решением И. В. Сталина на Эйтингона было возложено проведение операции по оказанию помощи органам безопасности КП Китая в подавлении сепаратистского движения мусульман—уйгуров в провинции Синьцзян (Восточный Туркестан). Совместно с китайскими коммунистами были образованы диверсионные группы под руководством Героя Советского Союза Н. Прокопюка, которым удалось организовать эффективное противодействие мятежникам, финансируемым и снабжаемым оружием режимом Чан Кайши. В итоге к 1949 г. уйгурские сепаратисты потерпели полное поражение.
С 15.02.47 заместитель начальника отдела «ДР» (диверсии), а с 9.09.50 г. — Бюро № 1 МГБ СССР по диверсионной работе за границей (у П. А. Судоплатова).
В октябре 1951 г. Эйтингон, как и многие другие работники МГБ, был арестован по так называемому «делу о сионистском заговоре в МГБ». За решеткой оказалась и его родная сестра Соня Исааковна, врач по профессии. Ее приговорили к 10 годам тюремного заключения «за отказ лечить русских пациентов и содействие сионистскому заговору».
После смерти Сталина, в марте 1953 г. по распоряжению Л. П. Берия освобожден из тюрьмы и восстановлен в органах госбезопасности. В мае 1953 назначен заместителем начальника 9–го (Разведывательно—диверсионного) отдела МВД СССР.
21.07.53 г. арестован по «делу Берия». В 1957 г. он был осужден к 12 годам лишения свободы. С марта 1957 отбывал срок во Владимирской тюрьме.
В 1964 г. вышел на свободу. С 1965 г. старший редактор издательства «Международные отношения».
В 1981 г. скончался в Московской ЦКБ от язвы желудка, и только в апреле 1992 г. последовала его посмертная реабилитация.
Награжден орденами: Ленина (1941), Суворова 2–й степени (1944), Александра Невского, двумя — Красного Знамени (1927 — за работу в Китае; 1936 — в Испании), медалями.
