После почти двухлетнего командования соединением как один из лучших офицеров направляется в Академию Генерального штаба. По ее окончании 03.07.1991 г. назначается начальником внутренних войск МВД СССР по Западной Сибири.
Спустя полтора года генерал-майор А. А. Шкирко отзывается в Москву, где начинается его служба в Главном управлении командующего внутренними войсками: начальник оперативного управления — заместитель начальника штаба ВВ (15.10.1992–31.03.1993), первый заместитель начальника штаба ВВ, с 18.09.1993 г. — заместитель командующего внутренними войсками.
Во время известных событий осенью 1993 г. в Москве генерал Шкирко участвовал в переговорном процессе между представителями Президента Российской Федерации и бывшего Верховного Совета РФ при посредничестве Патриарха Московского и Всея Руси Алексия II. Выступая 3 октября, он сказал: «…Я бы хотел обратиться, убедительно обратиться к членам согласительной комиссии со следующим. Я, как военный эксперт, могу однозначно сказать, что наличие в государстве двух военных противостоящих организаций приведет неминуемо к гражданской войне. Я, как военный человек, повидавший всего уже достаточно, во всех наших горячих точках с 1985 года, убедительно прошу вас принять решение — не создавать параллельных вооруженных структур.
…Наша с вами задача главная, военных, чтобы не пролилась кровь мирных людей…» С ночи на 3 октября генерал Шкирко выполнял поручение по организации совместных действий с Министерством обороны.
С 25.02.1995 г. — заместитель командующего внутренними войсками по чрезвычайным ситуациям, с 26.07.1995 г. — начальник штаба внутренних войск — первый заместитель командующего ВВ. После ранения генерала А. А. Романова возглавил Объединенную группировку федеральных сил на территории Чеченской Республики.
Указом Президента Российской Федерации от 28.12.1995 г. генерал-лейтенант А. А. Шкирко назначен заместителем министра внутренних дел РФ — командующим внутренними войсками МВД России.
Анатолий Афанасьевич — боевой генерал. Особенно напряженным был 1996 г. На долю командующего ВВ выпала тяжелая задача. После президентского Указа от 31 марта 1996 г. «О программе урегулирования кризиса в Чеченской Республике», предусматривавшего прекращение боевых операций и вывод федеральных сил из Чечни, боевые действия продолжались из-за постоянных обстрелов, нападений, диверсий боевиков. Даже последующие мирные инициативы Москвы, приезд Б. Ельцина в Грозный не дали положительного результата. Операции возобновились, с 10 июля на территории Чеченской Республики был введен комендантский час.
Переговорный процесс возобновился после 10-дневных августовских боев 1996 г. в Грозном. Комендантом города был тогда назначен генерал-майор В. В. Овчинников.
События на Северном Кавказе не могли заслонить текущей напряженной работы главка. Об этом говорил генерал А. Шкирко в одном из интервью, подытоживая деятельность войск за 1996 г.
Важным событием в жизни войск было установление Указом Президента от 19 марта 1996 г. Дня внутренних войск, отмечаемого ежегодно 27 марта.
В прошлом неоднократные попытки добиться права иметь свой праздник, как это сделано в отношении других войск, не имели успеха. Инициативы по этому вопросу тонули в верхах. На этот раз, благодаря усилиям генерала А. Шкирко, большой поддержке со стороны министра внутренних дел генерала армии А. Куликова, вопрос был разрешен, учитывая, как говорилось в Указе, «…роль внутренних войск Министерства внутренних дел Российской Федерации в защите интересов личности, общества и государства от преступных и иных противоправных посягательств».
При генерале А. Шкирко была завершена передача охраны ИТУ Министерству юстиции. Стал формироваться новый облик войск, наступила пора сосредоточить «основные усилия на системной, методической работе по повышению качества служебно-боевой деятельности». В прессе распространялись пугающие обывателя утверждения о превращении внутренних войск в некую параллельную силу, «вторую армию». Отвечая на эти измышления, генерал А. Шкирко привел данные о составе войск. В то время войска насчитывали 250 тыс. личного состава, прошло сокращение на 23 с лишним тыс. человек, расформировано 6 управлений дивизий, 6 бригад, 23 полка. Штаты приведены в соответствие с законом «О внутренних войсках Министерства внутренних дел Российской Федерации». Проект закона готовился также при непосредственном участии А. А. Шкирко. Закон был принят Государственной Думой 25.12.1996 г.
Командующий Объединенной группировкой федеральных войск в Чеченской Республике генерал-лейтенант А. А. Шкирко на командном пункте. 24.12.1995 г.
Тяжелые уроки событий на Северном Кавказе, тем не менее, подтвердили правильность выбора приоритетов в строительстве внутренних войск. Были сделаны соответствующие выводы и в части изменения программ боевой подготовки, корректировки учебных программ и перепрофилирования некоторых военно-учебных заведений. Были приняты меры по совершенствованию и повышению эффективности патрульно-постовой службы, вообще служебно-боевой деятельности, учитывая, что ее правоохранительный аспект будет возрастать.
Генерал А. Шкирко считал, что внутренние войска и в будущем, учитывая их предназначение, характер выполняемых задач, «должны оставаться в структуре Министерства внутренних дел Российской Федерации».
24.07.1997 г. в звании генерал-полковника был освобожден от занимаемой должности.
Находясь на пенсии, Анатолий Афанасьевич возглавил Центральное правление Общероссийского союза инвалидов внутренних войск, Вооруженных Сил, погранвойск, служб безопасности, спорта и правоохранительных органов.
Награжден орденами «За службу Родине в Вооруженных Силах СССР» Шст. (1982), Мужества (1995); именным оружием (1994).
Литература и источники
Шкирко А. С нашими людьми — выстоим! (Актуальное интервью) // На боевом посту. — 1996. — № 1. — С. 3, 4.
Шкирко А. Войска остаются гарантом общественной безопасности. (Актуальное интервью) // На боевом посту. — 1997. — № 1. — С. 2–7.
Москва. Осень — 93: Хроника противостояния. — 2-е изд., испр. и доп. — М., 1995. — С. 343, 347, 353.
Португальский Р. М., Рунев В. А. Военная элита России. Российская Федерация. — М.:Вече, 2010. — С. 272, 273.
ЦМВВ МВД РФ, О. 5, Д. 31, П. 44.
Силы правопорядка: и мускулы, и разум / беседа Павла Анохина с А. А. Шкирко/. — // Российские вести. — 1996. — 30 марта.
