Именно в Серпухове расцвел его талант хирурга, ученого и организатора. Как он писал в своей монографии «Этюды желудочной хирургии»: «Я довольно рано встал на тот путь желудочной хирургии, который стал общепризнанным и в развитии коего в нашей стране на мою долю выпала роль все же заметная». В Серпуховской земской больнице он получил возможность работать самостоятельно. «Уже давно видя многочисленные недостатки гастроэнтеростомии, я стремился делать резекции не только при язвах желудка, но и особенно при язвах двенадцатиперстной кишки…» В Серпухове им было произведено 99 резекций желудка среди 400 различных оперативных вмешательств.
В соответствии с условиями земской больницы, помимо плановой дневной работы с 8 часов утра, С. С. Юдин вел амбулаторный прием, часто оперировал и ночью. Слава о нем как хорошем хирурге росла, страждущие приезжали не только со всей округи, но и из Москвы. Росло и количество операций: в 1922 г. оперировано ЗбО человек, в 1927 г. – 530. Но не обходилось и без конфликтов со своими коллегами. Так при лечении язвенной болезни С. С. Юдин стал внедрять резекцию желудка, а доктор А. Г. Залога был противником этого метода. С. С. Юдин часто оперировал больных, от которых отказывались другие хирурги. Кроме того, он нетерпимо относился к головотяпству и безграмотности, врачебные ошибки и оплошности обсуждал публично и в резкой форме. Многие хирурги приезжали к С. С. Юдину, чтобы познакомится с его работой, среди них П. А. Герцен, С. И. Спосокукоцкий, П. Д. Соловьев. После посещения Серпуховской больницы бывший учитель, профессор А. П. Губарев писал ему: «Не скрою от Вас, что я до сих пор нахожусь под обаянием впечатлений, которые вынес из пребывания в Серпухове, и той хорошей и бодрой хирургической работы, которую я у Вас видел. Дорогой мой, мы беседовали с Крашенниновым, и оба пришли к заключению, что Вас действительно надо одернуть: нельзя жечь свечу с обоих концов».
С. С. Юдин действительно работал не покладая рук, всецело отдавая себя хирургии, работал без отпусков. За шесть лет на месяц был командирован в Германию, затем в США. Таков был его своеобразный отдых.
Его монография «Спинномозговая анестезия», которую он посвятил своей матери Екатерине Петровне, была признана лучшей книгой по медицине в СССР, и С. С. Юдин был удостоен премии им. Ф. А. Рейна. Денежную часть премии он использовал для поездки в США на шесть месяцев для посещения лучших хирургических клиник. Американская хирургия произвела на Юдина неизгладимое впечатление своей организацией, техническим оснащением и блестящей оперативной техникой. После возвращения он написал серию очерков «В гостях у американских хирургов», опубликованных в нескольких номерах журнала «Новый хирургический архив» за 1927–1928 гг.
За 6-летний период работы в Серпухове были опубликованы 33 статьи по самым разнообразным проблемам, они были напечатаны не только у нас в стране, но и за рубежом. С. С. Юдин стал известен всем врачам России. Ему было уже тесно в Серпухове, он чувствовал, что может работать с большим масштабом и размахом, и его желание осуществилось: в 1928 г. С. С. Юдин получил назначение в Институт им. Н. В. Склифосовского заведующим хирургическим отделением.
Здесь началась кипучая организаторская деятельность С. С. Юдина. Это медицинское учреждение за год превратилось во Всесоюзный центр по изучению острых заболеваний и травм и неотложной хирургической помощи. Здесь он продолжил работу по изучению язвенной болезни, улучшению методов диагностики и результатов радикального лечения при этом заболевании. «Все дни и ночи проводил С. С. Юдин в институте, отдыхая у себя дома лишь с 4 до 7 часов дня», – отмечал его ученик Д. А. Арапов. Он стал известен как хирург с безграничной работоспособностью, и так С. С. Юдин работал на протяжении 20 лет.
Какой болью проникнуты его строки о том, что «в жизни врача смерть больного от кровотечения настолько драматическое событие, что такие случаи нельзя забыть, забывать долго; почему мы должны пассивно наблюдать, как умирают от кровотечения из язвы, когда остановка кровотечения – исходная задача хирургии… Хирургическое сознание не может мириться с тем, что больные гибнут на наших глазах от неостановленного кровотечения».
С. С. Юдин был всегда в творческом поиске, искал пути, как помочь больным, облегчить их страдания, спасти от трагического исхода. В первое десятилетие коллектив института работал над проблемой по переливанию крови. В 1930 г. С. С. Юдиным была осуществлена операция по переливанию консервированной крови. Таким образом были решены многие проблемы лечения тяжелых травм.
С. С. Юдин не терпел праздность, кроме хирургической работы писал и редактировал книги и статьи, участвовал в съездах, конференциях, семинарах. Еще до переезда в Москву был приглашен Н. Н. Бурденко на должность приват-доцента на кафедру и читал лекции студентам и врачам. У него были лекции, которые он называл «покаянными» – на них разбирал собственные и диагностические ошибки.
Внешне С. С. Юдин выглядел не импозантно: высокий, несколько сутулый человек, очень подвижный, что создавало ложное впечатление некоторой рисовки и манерности. Но это представление рассеивалось при более длительном общении. Больные, сотрудники, знакомые и друзья относились к Сергею Сергеевичу с большим уважением и любовью. Подкупало его милосердие, уважительное отношение к рядовым труженикам. Человек талантливый, увлекающийся, он не всегда был достаточно сдержан в дискуссиях и служебных взаимоотношениях, но это никогда не мешало ему оставаться добрым и внимательным к людям, попавшим в беду.
Не терпел небрежного отношения к своему делу и мог даже перейти рамки дозволенных отношений, если это касалось здоровья или жизни больного. Горячился в силу своего характера, при этом говорил громко и горячо и даже топал ногами: «Что стоите как столбы, что стоишь как статуй». Иногда просто смотрел в упор и переставал оперировать. И все сотрудники замирали, подтягивались, старались лучше делать свою работу. Известно, что он в резкой форме добился увольнения сотрудника, бравшего взятки. В любое время мог прийти в институт, часто ночью, подключиться к оперирующим, посмотрть послеоперационных больных. Когда зимой 1942–1943 года в связи с ранением вернулся с фронта его сын, С. С. Юдин посчитал, что он воспользовался его именем и выгнал его из дома со словами: «У меня нет больше сына». И до конца жизни уклонялся от общения с ним. Сын в их доме не жил и приходил только тогда к матери, когда не было дома отца.
В короткие часы отдыха С. С. Юдин заводил патефон, любил слушать музыку П. И. Чайковского, особенно 6-ю симфонию, прекрасно разбирался в нотах, даже читал партитуру с листа. Любил и знал изобразительное искусство, дружил с художниками. М. В. Нестеров, А. И. Лактионов, В. И. Мухина, О. П. Козлова – художники и скульпторы, создавшие его портреты. Известно и о большой дружбе С. С. Юдина с Кукрыниксами.