Вскоре С. С. Юдин уехал с бригадой медиков на фронт. Он попросился в действующую армию направить его туда, где ожидались большие потери, чтобы помочь хирургам на этом участке с последующим долечиванием раненых в институте.
Под Ленинградом, в Новой Деревне, в одном из госпиталей его бригада врачей работала по 16–20 часов в сутки. Бывшая медсестра Л. С. Седова вспоминала: «работали в подвале с низким потолком и плохим освещением. Иногда сестры от усталости не могли поднять носилки с больным, и Юдин пристально наблюдал за ними. Но это не был взгляд нетерпения или осуждения, он сочувствовал нам и часто приходил на помощь, говорил ободряющие слова, сам перекладывал раненого и снова оперировал… Он всем успевал давать ценные советы…».
Значительным событием в жизни страны в 1944 г. стало создание Академии медицинских наук СССР (АМН СССР). Среди 60 членов академии был и С. С. Юдин. Ее организацию, несмотря на военное время, считали своевременной, потому что основополагающими задачами АМН СССР являлись вопросы лечения травм и травматических последствий, борьба с инфекциями и развитие новых перспективных направлений в медицине. В своей речи на учредительной сессии С. С. Юдин подчеркнул значение передовых методов, важность поиска новых путей в медицине: «… лишь бы отыскать пути, лишь бы первый раз туда (в неизведанное, новое) проникнуть! И в этих поисках – одна из задач академии! И первейшая задача – помочь нашему народу выиграть войну». Говорил он и о задачах хирургии, о том, что, следуя примеру Пирогова, Гирголав, Куприянов, Сперанский и другие хирурги постоянно работали на фронтовых участках или выезжали на передовые, чтобы там оказывать помощь раненым, «выезжали туда, где у русских людей горячая кровь льется из дымящихся ран».
И) наконец, предстоит и уже началась эра восстановительной хирургии для инвалидов войны… Наука интернациональна. Ноу человека науки есть, должна быть родина. И при защите ее он вправе, он даже обязан кипеть, где бы он не находился, хотя бы в стенах академии. Особенно если сам он русский и защищает такую родину и такой народ.
Так думал и жил и сам С. С. Юдин. Слава института, который он возглавлял, была огромной. Многие хирурги хотели работать здесь, и после войны пришли сюда, чтобы стать настоящими специалистами. Познакомиться с опытом работы лечения тяжелобольных приезжали и иностранные делегации. В 1943 г. для изучения результатов военной хирургии в России и расширения сотрудничества в области медицины в Москву прибыла англо-американо-канадская делегация хирургов, в ее официальную часть визита входило вручение дипломов и мантий почетных членов Королевского хирургического общества Англии и почетного члена Американского хирургического общества Н. Н. Бурденко и С. С. Юдину. Делегацию представляли ведущие зарубежные хирурги, оба в звании полковников, Е. Катлер и Девис. В своей приветственной речи Девис подчеркнул, что «до нас никто никогда не выполнял за пределами нашей родины функцию вручения почетных дипломов и мантий».
Летом 1946 г. С. С. Юдин получил официальное письмо-приглашение от профессоров-хирургов Бостонского госпиталя Е. Катлера и К. Эллиотта: «…Мы храним горячее желание и надежду, что Вы приедете из России посетить нашу страну и тогда Вы сможете занять место в качестве главного хирурга Питер Бенд госпиталя. Традицию иметь главного хирурга в этом госпитале учредил Харвей Кушинг, и многие из передовых хирургов занимали этот пост. Понятно, что сменный главный хирург живет в самом госпитале, принимает на себя все руководство, делает обходы, обучает студентов, то есть действует во всем как глава отделения. Если Вы приедете в нашу страну не менее чем на неделю, этим самым Вы добавите свое знаменитое имя к тем, которые значатся в нашем списке». На это приглашение С. С. Юдин не ответил, но оно в дальнейшем пригодилось властям при сборе компромата на ведущего хирурга, сюда же добавятся и его личные контакты с послом Гарриманом, частная переписка с премьер-министром Англии Черчиллем и другими известными зарубежными деятелями.
Следить за С. С. Юдиным начали еще до войны, пытаясь вовлекать его окружение в осведомительскую деятельность. Было даже организовано собрание, на котором сотрудники ГПУ расспрашивали, кто ученики С. С. Юдина. Вероятно, органами проводилась соответствующая обработка, потому что С. С. Юдин был арестован по доносу одного из его учеников. Известно и то, что в квартире Юдиных была установлена «прослушка».
В ночь с 22 на 23 декабря 1948 г. за С. С. Юдиным приехала машина – просили проконсультировать одно высокопоставленное лицо. Это было привычным делом для С. С. Юдина. Он сел в машину и уехал из дома на целых 6 лет. Его доставили на Лубянку и в эту же ночь повели на допрос. Старший следователь полковник Комаров сразу взял быка за рога – С. С. Юдин был жестоко избит, ему выбили почти все зубы, раздели догола, били резиновой палкой. При этом присутствовал заместитель Берии Абакумов. К С. С. Юдину был применен конвейерный метод допроса, при котором круглосуточно без перерыва арестованного допрашивают сменяющиеся следователи. Изуверской была пытка, когда его веки заворачивали в трубочку специальными щипцами – тогда от дикой боли С. С. Юдин кричал и терял сознание.
Его обвиняли во вражеских действиях против СССР и шпионаже в пользу английской разведки, требовали оговорить и дать компрометирующие данные на крупных военачальников, с которыми С. С. Юдин был хорошо знаком и часто встречался, – Г. А. Жукова, И. С. Конева, Ф. И. Толбухина и других. Он не дал ни на кого порочащих показаний, но после трех лет регулярных мучительных допросов «признался» в своей «шпионской деятельности» и подписал обвинение сам на себя.
Пока шло следствие на Лубянке и в Лефортово, а оно длилось свыше трех лет, С. С. Юдин потерял почти все зубы, перенес инфаркт миокарда, но не потерял интеллект. Он продолжал творчески работать и после 19-дневной голодовки получил бумагу и чернила. В своей одиночной камере у него возникают новые идеи о переливании трупной крови, С. С. Юдин сделал наброски к биографии Н. И. Пирогова, написал план работы по пересадке почек, подготовил черновые записи для книги «Психология творчества», которая вышла после его смерти под названием «Размышления хирурга». Как ни хлопотали его родные и друзья об освобождении С. С. Юдина, доказать невиновность без вины виноватого было невозможно. Весной 1952 г. его отправили в ссылку в город Бердск, находящийся в 35 км от Новосибирска.
Через некоторое время к нему приехала его жена Наталья Владимировна, вскоре С. С. Юдину разрешили работать в новосибирской больнице. Он писал своим родным: «Мой домик справа! Два угловых окна на улицу позволяют видеть Обь, протекающую метрах в ста… Два месяца я с жадностью перечитывал хирургические журналы за 3,5 года. Читал часов по 12–14 в сутки… Здесь в Новосибирске меня приняли очень хорошо, даже отлично, учитывая формальное положение мое как ссыльного… незамедлительно доверили мне операции женам первейших здешних политических и советских работников. Разумеется, чисто операционная деятельность моя пошла тут сразу на самых высоких тонах и все больше и больше развивается… Слава Богу, до сих пор дела хирургические идут исключительно удачно, а популярность моя среди врачей и больных все возрастает. А это, несомненно, сможет сыграть немалую роль в моей окончательной судьбе».
