Функционирование правительственного аппарата стоило недешево. Чтобы контролировать расходы на его содержание, в 1807 году была учреждена Счетная палата, которую возглавил бывший министр государственного казначейства Барбе-Марбуа, подвергнутый опале после банкротства Союза объединенных коммерсантов. Наполеон рассчитывал получить необходимые ему средства путем взимания косвенных налогов. Так, с 1804 по 1810 год были восстановлены пошлины на алкогольные напитки. Непопулярный в народе налог на соль был в 1806 году заменен пошлиной. С 1810 года введена государственная монополия на табак.
Главное управление сводных налогов передается в ведение «Анакреона фискальной политики» Франсе де Нанта. На этот раз нотабли и народ объединились в своем недовольстве; вновь начинают взиматься налоги на продовольственные товары и соль, что вызвало волну возмущения, едва не захлестнувшую деревню. Эти меры правительства свидетельствовали о том, что война перестала себя окупать. После кампании 1805 года Наполеон учредил кассу чрезвычайных расходов. Ее администратором был назначен Ла Буйри, а директором — генерал-интендант оккупированных территорий Дарю. С 1805 по 1809 год в кассу чрезвычайных расходов поступило 734 миллиона. Сенатус-консультом 30 января 1810 года была создана государственная казна чрезвычайных расходов во главе с Дефермоном. Император обладал единоличным правом на основании издаваемых им же самим декретов финансировать из этого резерва армию, крупные гражданские и военные мероприятия, общественные работы и культуру. Государственная казна чрезвычайных расходов пополнялась за счет контрибуций и прибыли от выгодного размещения капитала. Однако со времени начала испанской кампании война из доходной превратилась в разорительную. Победа над Австрией в 1809 году стала последней финансовой «инъекцией» при не вполне ясных обстоятельствах, после чего разразилась катастрофа, предсказанная экономистом Франсисом д'Ивернуа.
Система образования
По замыслу Наполеона кузницей профессиональных кадров Империи должен был стать Университет. «Без преподавательского корпуса, сплоченного на основе единого принципа, невозможно единое политическое государство», — говорил император. Закон от 11 флореаля X года, введший систему лицейского образования, не оправдал возлагавшихся на него надежд. Разношерстный преподавательский состав не отвечал предъявляемым требованиям, обучение было чрезмерно милитаризованным, финансирование — недостаточным. Буржуазия бойкотировала эту новую форму образования. Лицеи не выдерживали конкуренции с частными учебными заведениями. 10 мая 1806 года был принят закон о создании «Университета — образовательного и просветительского учебного заведения Империи». Профессорско-преподавательскому составу предписывалось взять на себя «гражданские, профессиональные и договорные обязательства». Фуркруа взялся за разработку практической стороны закона. На рассмотрение поступило 20 проектов, после чего 17 марта 1808 года вышел декрет, содержащий 144 статьи, закладывавшие «основы образования в учебных заведениях Университета». Декрет закреплял за Университетом монополию на образование. Университет Империи во главе с магистром, ученым советом и корпусом генеральных инспекторов был разделен на академии; каждая академия, в свою очередь, возглавлялась ректором, советом и инспекторами. Магистр выдавал разрешительные лицензии преподавателям и учебным заведениям, каждое из которых выплачивало Университету ежегодную дань. Образование включало три ступени: начальное, руководство которым Наполеон поручил монахам конгрегации «Христианское вероучение»; среднее, получаемое в лицеях и коммунальных школах, и высшее — на факультетах филологии, естественных наук, права, медицины и теологии Университета. Именно в эпоху Империи стала престижной степень бакалавра, обладание которой открывало путь в высший свет. Преподавателей по-прежнему готовила реорганизованная в 1810 году Эколь Нормаль. Посредством системы образования Наполеон утверждал свою волю в деле формирования новой профессиональной элиты. Нотабли мгновенно раскусили намерение Наполеона. В целом создание Университета Империи вызвало негативную реакцию общества; в итоге он не выполнил возложенной на него задачи.
Поэт Луи де Фонтан сменил на посту магистра Университета автора проекта декрета Фуркруа, который, не пережив этой опалы, скончался. Он был смещен в наказание за свое революционное прошлое. Что же касается Фонтана, то, возможно, соглашаясь на эту должность, он рассчитывал на теплое местечко, но, вероятнее всего, надеялся обеспечить собственное будущее, отстаивая интересы церкви, для которой создание Университета означало потерю контроля над образованием. Он ввел в состав совета Университета таких католиков-ультрамонтанов, как Бональд и аббат Эмери, и утвердил на должности директоров, надзирателей и преподавателей лицеев множество священнослужителей. Этим он предал императора и поддержал католицизм.
И все же государственная монополия на образование не была такой уж безграничной: наряду с духовными семинария-ми функционировали частные школы и пансионы. Правда, и они, номинально входившие в корпус учебных заведений Университета, контролировались инспекторами. Несмотря на это, частные заведения, прежде всего духовные училища и семинарии, успешно конкурировали с лицеями.
Скандал, разразившийся в 1810 году в Сен-Поль-де-Леоне в связи с преобразованием средней школы в духовное училище, вызвал гнев Наполеона: «Передайте магистру Университета, что ему пристало иметь дело с префектами, а не епископами и не превращать народное образование в дело о котериях и происках церковников». 17 июля 1809 года министр полиции направил префектам циркуляр с требованием представить сведения о положении дел в системе лицейского образования. Полученные данные подтвердили авторитет духовных учебных заведений и растущую популярность церкви в молодежной среде. Будущие представители элиты явно не хотели попадать в расставленные Наполеоном сети. Декрет от 15 ноября 1811 года внес изменения и дополнения в декрет от 17 марта 1808 года: духовные училища переводились в подчинение Университету. Каждому департаменту разрешалось иметь не более одной духовной школы, а ее ученики были обязаны носить сутану. В этих школах и пансионах обучение сводилось к элементарной зубрежке. С другой стороны, даже студентам духовных училищ надлежало пройти лицейский курс. По данным на 1813 год, приведенным в трактате Монталиве «О положении в Империи», в лицеях и коллежах должно было учиться 68 тысяч, а в частных учебных заведениях — 47 тысяч школьников. Однако, не без пособничества Фонтана и его инспекторов, епископам удавалось обходить данный декрет. Гизо писал в 1816 году, что администрация Университета Империи «неустанно пропагандировала религиозные принципы, набожность, благочестие». Все это делалось в угоду нотаблям.