В Неаполе он оказался в окружении лиц, ненавидевших Наполеона и настаивавших на выступлении против него. Под их влиянием Мюрат вступил в тайные переговоры с врагами Франции, которые завершились заключением 11 января 1814 года его договора с Австрией и Англией против Наполеона. За измену Наполеону эти державы гарантировали Мюрату сохранение за ним неаполитанского престола.
В соответствии с подписанным договором 30-тысячная армия Мюрата заняла всю центральную часть Италии и нанесла удар в тыл войскам Е. Богарне, сражавшимся против австрийцев в Северной Италии. Е. Богарне был вынужден направить значительные силы против Мюрата. Когда Наполеон 6 февраля 1814 года получил донесение из Италии об измене Мюрата и его выступлении против Франции на стороне ее врагов, то он просто отказывался в это поверить. «Нет, нет, — кричал он, — не может этого быть! Мюрат, кому я отдал свою сестру! Мюрат, кому я дал трон! Евгений ошибается! Не может Мюрат выступить против меня!» Но уже через несколько дней наступило горькое прозрение. Новые сведения, поступившие из Италии, сомнений не вызывали. Но, кроме измены зятя, Наполеону пришлось испытать в эти дни еще одно тяжкое разочарование. Оказалось, что его родная сестра, которую он сделал королевой, заодно со своим мужем-предателем. Император был в буквальном смысле сражен такой черной неблагодарностью своих близких родственников, которые все, что имели, приобрели и получили только благодаря ему. Для Наполеона с его патриархальным корсиканским менталитетом семья считалась понятием святым, и лишь ради одного этого он не только многое терпел от своих алчных и сварливых родственников, но и многое им прощал.
После падения империи Наполеона (апрель 1814 года) державы-победительницы первое время не трогали Мюрата, и он продолжал спокойно царствовать в своем королевстве. Однако это продолжалось недолго, до тех пор, пока на Венском конгрессе, решавшем вопросы послевоенного устройства Европы, не выступил с пространным заявлением представитель Франции князь Ш. Талейран (такой же предатель, изменивший Наполеону, как и Мюрат). «О каком это неаполитанском короле идет речь? Мы совершенно не знаем человека, о котором здесь говорят», — цинично говорил перед европейскими монархами этот представитель Бурбонов. По его мнению, такой «монарх» для Европы просто не существует. Европейские монархи, немало натерпевшиеся в свое время от Наполеона и его маршалов, с удовлетворением восприняли речь французского представителя, которого Наполеон, подозревая в предательстве, как-то назвал «дерьмом в шелковых чулках» и угрожал повесить на решетке Тюильрийского сада. После такого демарша Талейрана положение Мюрата стало незавидным; все его политические расчеты, еще вчера казавшиеся многообещающими, в одно мгновение рассыпались и превратились в фикцию. Его судьба была предрешена. Уяснив, что обстановка на конгрессе складывается не в его пользу, Мюрат покинул австрийскую столицу и поспешил в Неаполь, где срочно приступил к укреплению своей армии.
Возвращение Наполеона с острова Эльба и его первые успехи на французской земле подтолкнули неаполитанского короля к решительным действиям. Он объявляет себя сторонником императора и 15 марта 1815 года начинает военные действия против Австрии. Чтобы привлечь на свою сторону итальянцев, Мюрат провозглашает себя освободителем итальянского народа от австрийского ига и обещает ему конституцию. Поскольку силы австрийцев в Италии были незначительны, Мюрату на первых порах удалось добиться значительных успехов.
К концу марта его войска (до 80 тыс. человек) заняли Папскую область и Тоскану, отбросили отряды австрийцев к Модене. Итальянцы повсюду встречали войска Мюрата с восторгом. Бывший якобинец вспомнил революционную риторику более чем 20-летней давности и умело использовал ее в своих интересах. 4 апреля Мюрат овладел Моденой. Но к этому времени австрийцы уже довели численность своих войск в Италии до 100 тыс. человек (генерал И. Фримон). У берегов Неаполитанского королевства появился английский флот. 8 апреля Мюрат взял Феррару, но штурм цитадели этого города окончился неудачей. Ничего не дал и повторный штурм, и Феррару пришлось оставить. Также неудачей закончилась и попытка неаполитанцев овладеть переправой через реку По у Оккиобелло (8—9 апреля 1815 года).
10 апреля австрийская армия в Италии перешла в контрнаступление, нанеся главный удар по левому флангу армии Мюрата у Крапи. Два крупных отряда неаполитанцев были разбиты близ Пистои (35 км северо-западнее Флоренции) и в беспорядке отступили на юг. К 12 апреля был разбит и правый фланг неаполитанской армии, после чего Мюрат отступил к Болонье, а затем вынужден был оставить и Флоренцию.
После всех этих неудач неаполитанская армия заняла сильную позицию на реке Ронко, но обойденная с фланга корпусом генерала Нейперга и атакованная с фронта главными силами австрийской армии не смогла отразить противника, несмотря на отчаянную кавалерийскую атаку, которую возглавил лично Мюрат.
После непродолжительной обороны Римини и Савиньяно войско Мюрата обратилось в беспорядочное бегство. Предложение Мюрата о заключении перемирия было отклонено австрийским командованием. Остатки армии Мюрата поспешно отступили к Анконе, но ее блокировал с моря английский флот, что заставило Мюрата продолжить отступление дальше на юг. В Фолиньо ему удалось собрать до 25 тыс. человек, с которыми он попытался остановить наступление преследующего его по пятам противника. В результате 2—3 мая при Толентино произошло решающее сражение между войсками Мюрата и австрийским корпусом генерала Бианки. Мюрат сражался с отчаянной храбростью и первоначально имел некоторый успех. Но подход на помощь Бианки корпуса генерала Нейперга решил исход сражения. Неаполитанская армия была окончательно разгромлена и начала поспешное отступление, которое вскоре превратилось в беспорядочное бегство. В ходе его большая часть неаполитанских солдат разбежалась, дезертировав из армии.
Тем временем австрийский генерал Нюжан занял Рим и двинулся на Неаполь. Мюрат еще раз с остатками своей армии (свыше 15 тыс. человек) попытался остановить противника, но был наголову разбит австрийцами при Сен-Джермано. При Ланзиано противник разгромил последние еще сохранившие боеспособность части неаполитанской армии и захватил всю артиллерию Мюрата. На реке Волтурно к австрийцам присоединился крупный отряд сицилийских войск. Передав командование уже несуществующей армией генералу Караскозе, Мюрат поспешил в Неаполь, где попытался воодушевить народ на продолжение борьбы и даже провозгласил конституцию. Но все его усилия оказались тщетными. Английская эскадра бросила якорь в гавани Неаполя, угрожая бомбардировкой. Основная масса неаполитанцев не желала проливать кровь за своего короля Джоакино (так они называли Мюрата) и предпочла капитулировать. Генерал Колетти заключил перемирие с австрийцами, в соответствии с условиями которого они занимали все основные города Неаполитанского королевства, в том числе и Неаполь.
