В 1918 г. мобилизован в Красную Армию и занимал должность командира эскадрона 3-го Петроградского кавалерийского полка. Узнав о формировании Северной армии, 26 октября перешел с эскадроном и двумя орудиями на сторону белых в Пскове.
В начале ноября 1918 г. в Псков прибыла делегация рыбаков с Талабских островов с просьбой освободить их от занявшего острова отряда Красной Армии. Б.С. Пермикин предложил занять Талабские острова, учитывая благоприятное отношение их населения к белым. Командовавший Псковским отдельным корпусом генерал А.Е. Вандам не дал своего согласия на эту операцию.
Тогда, согласно рассказу участника этой операции капитана барона Кистера, Пермикин собрал офицерскую группу из 17 добровольцев и на небольшом пароходе отплыл на Псковское озеро, где ночью на лодках бесшумно высадился на главном острове, захватив в плен около полусотни красноармейцев с двумя комиссарами. Выступив перед собравшимся населением — талабскими рыбаками, — Б.С. Пермикин призвал всех мужчин с 18-летнего возраста к поступлению в добровольческую Северную армию.
Как вспоминает капитан барон Г. Кистер: «Всех желающих разбили сразу по ротам и взводам, во главе которых встали офицеры из нашего отряда»{~3~}. Так возник Талабский батальон, вскоре развернувшийся в полк, ставший одним из лучших в Северо-Западной армии. Его командиром стал произведенный в ротмистры Б.С. Пермикин.
Зимой 1918-1919 гг. Талабский батальон занимал остров Перрисар и при посещении генералом Родзянко произвел на него «самое хорошее впечатление»{~4~}. При переформировании добровольческих отрядов, находившихся на Псковском направлении в самом начале марта 1919 г. во 2-ю бригаду, генерал Родзянко приказал Талабский батальон переименовать в Талабский полк{~5~}. В конце апреля полк вместе с другими частями 2-й бригады был переброшен в Нарву и расположен на Кремгольмской мануфактуре.
Перед началом наступления Северного корпуса 13 мая 1919г. ротмистр Пермикин с Талабским полком был подчинен полковнику Ветренко и в составе отряда последнего захватил переправы через реку Плюсса. Затем, будучи подчинен полковнику графу Палену, вышел на Балтийскую железную дорогу и занял позиции восточнее и севернее станции Кикерино, где генерал Родзянко решил приостановить наступление.
Здесь в Кикерино, 28 мая 1919 г., Пермикин получил спешный приказ выступить форсированным маршем в деревню Большое Заречье и далее в село Выру, с тем чтобы обеспечить переход 3-го Петроградского стрелкового полка (бывшего гвардии Семеновского) на сторону белых (см. биографию полковника В.А. Зайцова).
«Ротмистр Пермикин, — пишет генерал Родзянко, — блестяще выполнил возложенную на него задачу: Семеновский полк был окружен и перешел на нашу сторону»{~6~}.
Другой полк красной бригады, в которую входил Семеновский полк, был разбит Талабским и Семеновским полками под общим командованием ротмистра Пермикина. Мост у станции Сиверской был подорван и, как продолжает генерал Родзянко, «талабчане не дошли до Гатчины всего 8-ми верст, после чего повернули... и отошли на станцию Кикерино»{~7~}.
30 мая 1919 г. ротмистр Б.С. Пермикин был произведен в полковники «За отличное руководство в боях». Тогда же, в самом конце мая, когда дивизия генерала графа Палена была развернута в 1-й стрелковый корпус, 6-й Талабский полк полковника Пермикина вошел в состав 2-й дивизии генерала Ярославцева, образовав вместе с 8-м Семеновским полком 2-ю бригаду.
После упорных оборонительных боев в июле, к 5 августа 2-я дивизия отошла и заняла позиции на реке Луге, что дало возможность отдохнуть войскам и выделить некоторые части в резерв.
Неожиданно 22 августа полковник Пермикин получил приказ возглавить отряд в составе его и Семеновского полков с приданными частями и отбыть срочно в Псков для ареста генерала Балаховича и его штаба, обвиненных в убийствах, грабежах и печатании фальшивых денег. 23 августа полковник Пермикин прибыл в Псков, где навел порядок. Начальник штаба генерала Булак-Балаховича, именовавший себя полковником Стоякиным, был убит при попытке к бегству, а сам Булак-Бала-
- зпп хович, нарушив данное им офицерское слово, бежал из-под ареста к эстонцам (см. биографию Булак-Балаховича).
По возвращении на Лужский фронт бригада в составе Талабского и Семеновского полков под командованием полковника Пермикина ликвидировала прорыв на фронте 3-й дивизии и, разбив 1-ю бригаду 2-й советской стрелковой дивизии у Красных Гор, вернулась на рубеж рек Луги и Сабы.
В начале октябрьского наступления на Петроград, когда 2-я дивизия была нацелена на Гатчину, под вечер 9 октября Талабский полк во главе с полковником Пермикиным переправился с боем через реку Лугу у деревни Хилка и уже на следующий день подошел к станции Волосово. 14 октября полковник Пермикин взял станцию Елизаветино, и 16 октября вечером Талабский полк подошел к южной окраине Гатчины. В ночь на 17 октября Талабский полк подавил последнее сопротивление красных у Варшавского вокзала, захватив 5 паровозов и 200 вагонов с военным имуществом{~8~}.
После краткого отдыха Талабский полк взял деревню Новый Бугор на шоссе, ведущем в Царское Село, а затем, после упорного боя с курсантами, поселок Онтолово, после того как прибывший на передовую генерал Родзянко приказал выкатить орудия на прямую наводку{~9~}.
18 октября 1919 г. за успешные действия Талабского полка во время осеннего наступления на Петроград и захват Варшавского вокзала в Гатчине полковник Б.С. Пермикин был произведен в генерал-майоры.
При помощи прибывших из Ямбурга трех танков 21 октября 2-я дивизия генерала Ярославцева подошла к станции Александровская, и командир дивизии намерен был атаковать обеими бригадами Пулково. 2-я бригада, согласно его приказу, должна была действовать вдоль железной дороги, «но, — как пишет генерал Ярославцев, — притяжение городов продолжает действовать и полковник Пермикин, забыв про главное направление, бросает всю 2-ю бригаду против Царского Села»{~10~}.
Этим воспользовалось красное командование, направив бронепоезда с пехотой по железной дороге на Александровскую, что привело к разрыву между 2-й и 1-й бригадами 2-й дивизии. Генералу Ярославцеву удалось восстановить положение, но время для внезапной атаки на Пулково было упущено.
В Царском Селе генерал-майор Пермикин соединился с подошедшими войсками 3-й дивизии генерала Ветренко, заняв позицию по северной опушке Царкосельского парка.
Вечером 23 октября красные курсанты внезапно атаковали и прорвали фронт на опушке парка у Царской Славянки, на участке 11-го Вятского полка 3-й дивизии. Полк, едва насчитывавший 300 штыков, обратился в бегство.
