В начале 1813 года русский главнокомандующий главной своей задачей считал освобождение Восточной Пруссии. Он обратился с воззванием к местным жителям, которое было опубликовано на немецком и французском языках. Вскоре прусский корпус генерала Йорка отделился от корпуса Макдональда и объявил себя нейтральным в идущей войне.
Огромное значение для всей кампании 1813 года имело заключение в середине февраля Калишского трактата, подписанного М.И. Голенищевым-Кутузовым и прусским канцлером К.А. фон Гарденбергом. Этот трактат сделал Пруссию союзницей России в войне с Францией. Уже через три недели королевство выставило армию в 128 тысяч человек вместо 80 тысяч, как было условлено ранее. В подчинение русскому полководцу поступило три союзных корпуса — генералов фон Йорка, фон Бюлова и генерала от кавалерии фон Блюхера.
Наступая от Вислы до Одера, русские войска за месяц прошли расстояние более 300 километров. Из лучших казачьих полков был создан передовой армейский летучий отряд под командованием генерал-адъютанта А.И. Чернышева. Вперед были высланы и другие маневренные отряды.
Эти далеко выдвинутые вперед русские войска 5 февраля заставили Ожеро сдать Берлин, затем был взят Гамбург, что позволило прорвать континентальную блокаду Англии. Южнее армейские летучие отряды вынудили маршала Даву отступить от Дрездена к Магдебургу. Русские и прусские войска, освободив от французов Северную Германию, вышли к Эльбе. В тылу антинаполеоновских войск продолжалась блокада крепостей с французскими гарнизонами.
Руководя боевыми операциями русско-прусских войск, Михаил Илларионович, кроме того, «употребляет все способы, дабы привлечь народ» Варшавского герцогства на сторону России. На польских землях налаживается мирная жизнь. Главнокомандующий строго следил за тем, чтобы русские войска не причиняли местному населению никаких обид.
Одновременно улаживались дела в Пруссии, король которой Фридрих-Вильгельм III без особого восторга отнесся к тому, что его генерал Йорк самолично подписал с русской стороной конвенцию о нейтралитете. Кутузовское воззвание к населению Восточной Пруссии имело широкий положительный резонанс. Захваченный в Мемеле прусский гарнизон передается в состав войск Йорка. Королю Фридриху-Вильгельму III помогают покинуть еще занятый французами Берлин.
Успехом увенчались дипломатические усилия М.И. Голенищева-Кутузова по выведению из войны Австрии. С командованием корпуса Шварценберга, оборонявшим польскую столицу, заключается секретная конвенция о бессрочном перемирии. В результате боевые действия с австрийскими войсками были фактически прекращены. Хотя Австрия формально оставалась союзницей Франции, ее армия уже не вела военных действий с русской. Шварценберг сдает противнику Варшаву без единого выстрела.
Секретное соглашение с австрийским командованием позволило русскому главнокомандующему на время вывести из войны польский корпус Понятовского, сосредоточившийся у Кракова. Австрийцы сперва оставили его без своего прикрытия, а затем согласились пропустить через свою территорию на соединение с французской армией только при условии его разоружения. Маршал Франции князь Понятовский пошел на это.
И хотя при жизни М.И. Голенищева-Кутузова Австрия еще не стала союзницей России в борьбе с Наполеоном, тем не менее политическая деятельность генерал-фельдмаршала по нейтрализации австрийских войск во многом облегчила положение русской армии в заграничном походе.
Прусский король Фридрих-Вильгельм III вскоре по достоинству оценил уровень командования Кутузова союзными русско-прусскими войсками в войне с Наполеоном на немецкой земле. Он был награжден сразу двумя высшими орденами союзного теперь королевства — Черного и Белого Орла, а также драгоценной табакеркой.
Одновременно Фридрих-Вильгельм III предложил русскому полководцу принять второе гражданство и имение в его королевстве, от чего Михаил Илларионович вежливо отказался. Однако прусский монарх смог уговорить генерал-фельдмаршала принять в его свиту сына-наследника, будущего короля Фридриха-Вильгельма IV.
В последние дни своей жизни полководец много занимался административной и государственной деятельностью. Согласно положению о большой действующей армии, он «ответствовал за порядок управления союзных, неприятельских земель», которые занимались подчиненными ему войсками. Он лично разработал Положение об образовании высшего органа государственной власти в Варшавском герцогстве — Верховного временного совета. Император Александр I утвердил его, написав на проекте: «Быть по сему». В Польше был создан специальный совет правосудия.
От имени Верховного временного совета Варшавского герцогства по распоряжению М.И. Голенищева-Кутузова польским воинским частям, воевавшим в составе французской армии, было направлено предложение о прекращении сопротивления русским войскам.
Кутузов учреждает Административный совет союзных государств Северной Германии и разрабатывает Положение о его деятельности. По замыслу русского главнокомандующего, совет должен был прийти на смену наполеоновскому Рейнскому союзу и ведать всеми вопросами вооружения, финансов и продовольствия. М.И. Голенищев-Кутузов назначил президентом этого руководящего органа прусского барона Штейна.
Особенно много хлопот генерал-фельдмаршалу доставляли финансовые и экономические вопросы. Он вел интенсивную переписку с российским министром финансов графом Д.А. Гурьевым по вводу в оборот на занимаемой русскими войсками территории ассигнаций, серебряных и медных монет России. Своим приказом по армии главнокомандующий определил соотношение одного серебряного рубля к четырем ассигнациям. Этот же приказ разрешал воинским начальникам вести расчеты с местным населением в русской валюте.
Главнокомандующему пришлось бороться и с фальшивыми российскими ассигнациями. Наполеон оставил несколько миллионов таких «российских рублей» во время своего бегства из Варшавы для уплаты императорских долгов. Фальшивые ассигнации были выпущены Наполеоном в начале 1812 года в Польше, чтобы подорвать финансовую систему России. Бумажные деньги были привезены в Москву. При отступлении французской армии фальшивки оказались в Вильно, где министр иностранных дел Франции Г.Б. Маре не смог выполнить требование императора об их уничтожении.
Приходилось решать самые разнообразные вопросы: заботиться об устройстве госпиталей и организовывать работы по починке Бромбергского канала, спасать от уничтожения войсками Понятовского чугунные и пушечные заводы в Тарновице и Глейвице, добиваться у императора Александра I отмены запрещения на ввоз в прусские владения хлеба из России, освобождать от эмбарго корабли Соединенных Американских Штатов на Балтике, разрешать таможенные проблемы…