Не дожидаясь дальнейшего развития событий, ранним утром Караваджо в сопровождении верного друга Лонги спешно покидает Рим, который больше никогда не увидит. Его друг нанял крытую карету и вместе со старшим сыном Мартином проводил художника до ворот Сан-Себастьяно, где друзья попрощались. Это была их последняя встреча, после которой им не довелось больше свидеться. Караваджо без помех проследовал дальше по античной Аппиевой дороге. В целях предосторожности он сменил во Фраскати карету и нанял другую. Ближе к закату беглец добрался до Пальяно, родового имения Колонна в пятидесяти километрах юго-восточнее Рима.
Вот когда ему пригодилось приглашение маркизы Костанцы! В Пальяно он застал её брата кардинала Асканио Колонна, только что назначенного архиепископом соседнего городка Палестрина, испокон веков являвшегося феодальной вотчиной семейства Колонна. По совету осторожного кардинала Караваджо перебрался затем в Дзагароло, принадлежавшее племяннику Филиппу Колонна, который пошёл по стопам знаменитого деда-адмирала, проводя большую часть времени на флоте. Лежащее в стороне от главных дорог Дзагароло было глухим и более безопасным местом с хорошо укреплённым замком и надёжной охраной. Вскоре туда прибыли Спада и Чекко, доставившие художнику всё необходимое для работы. Личный врач кардинала, милый чудаковатый старикан, наведывался к художнику через день, и благодаря его усилиям рана на голове вскоре зарубцевалась.
Так неожиданно и драматично закончился римский период жизни и творчества Караваджо. Придя немного в себя и осмотревшись на новом месте, он вскоре засел за работу. Обычно в трудные минуты жизни его спасением всегда были кисть и палитра, и тогда чёрные мысли покидали его. Атрофированное по молодости чувство греха неожиданно пробудилось в нём, и по ночам его стали мучить кошмары. Мысленно перелистывая отдельные страницы своей жизни, он всё острее стал испытывать душевную боль и чувство раскаяния за резкость и нетерпимость в общении с людьми. Он вспомнил отвергнутых им брата и сестру, сознавая, что во многом виноват перед ними, а главное перед матерью, память о которой была для него свята. Его охватило страстное желание переделать жизнь и начать всё сызнова.
Обуреваемый такими настроениями, он взялся за написание «Трапезы в Эммаусе» (141x175). Ему были памятны многие критические замечания, высказанные десятью годами ранее по поводу первого варианта одноимённой картины, изобиловавшего деталями. Удалось договориться с местными крестьянами и найти общий язык. Зная, что щедрый барин является важным гостем их господ, они безропотно и терпеливо позировали ему.
В новой картине даётся иное решение темы и чётко прослеживается, как далеко ушёл за последние годы Караваджо в настойчивых поисках новых изобразительных средств. Ожидание чуда осталось, но в более сдержанных и приглушённых тонах. Несколько изменилась композиция — к постаревшему хозяину харчевни добавлена жена старушка, напоминающая Анну из «Мадонны со змеёй». Оба стоят справа от стола. У женщины в руках поднос с угощением, предлагаемым сотрапезникам. По-иному выглядят и сами путники, сидящие за скромно накрытым столом. За их спинами нет полуосвещённой стены с бегающими тенями, и все персонажи словно выплыли из кромешной тьмы. Стиль Караваджо становится всё более tenebroso (мрачным), а некоторые современники обозначили его как «подвальный». Никаких резких движений и ярких пятен. Идущий снизу вверх по диагонали луч света мягко высвечивает лица, руки и отдельные элементы до предела скупой композиции. Всё внимание приковано к полуосвещённому вдохновенному лику незнакомца в центре стола, который перстом благословляет хлеб перед трапезой. Напряжение усиливается — ещё мгновение, и Он будет узнан. Его фигура напоминает Христа на фреске «Тайная вечеря» Леонардо да Винчи, которую видел и копировал в Милане юный Микеланджело Меризи, будущий Караваджо.
Через месяц по пути в Неаполь в Пальяно остановилась маркиза Колонна, которая встретилась с приехавшим на встречу с ней Караваджо. Она привезла тревожные вести из Рима. Несмотря на все шаги, предпринятые друзьями, мстительный папа Павел V не оставил никакой надежды на помилование, и римский суд оставил в силе заочно вынесенный художнику смертный приговор за совершённое убийство. Поэтому дальнейшее пребывание в имении, как считала маркиза, становилось небезопасным. Она отдавала себе отчёт в том, что за укрывательство государственного преступника и её семейство могут ждать большие неприятности.
— Вам, мой друг, необходимо уехать, — решительно заявила она Караваджо. — Дня через два-три я буду в Неаполе у моего брата дона Марцио Колонна, где всё будет приготовлено для вашего безопасного там пребывания. Не засиживайтесь здесь и поторопитесь!
На следующий день маркиза проследовала дальше, отдав нужные распоряжения управляющему имением для подготовки отъезда художника при соблюдении всех мер предосторожности. При встрече с ней у Караваджо возникло желание запечатлеть её на холсте, как когда-то сделал его великий тёзка, написав портрет двоюродной тётки маркизы, знаменитой поэтессы Виттории Колонна. Но Костанца Колонна торопилась и была чем-то опечалена — такой он её видел впервые. В тот раз она не сочла нужным посвящать художника в семейные дела, но позднее выяснилось, что причиной её скоропалительной поездки были похороны старшего сына Муцио, друга детства Караваджо. Не выдержавший тягот военной службы и доведённый до отчаяния неизлечимым недугом, он, как говорили, наложил на себя руки, и его тело было доставлено морем из Испании в Неаполь.
После отъезда маркизы Караваджо не переставал корить себя за то, что явно переборщил с портретом папы, добиваясь максимального сходства. Сдалось ему это сходство да ещё с неприятным взглядом глаз-щёлочек, полных подозрительности! Надо было изобразить величие и значительность личности понтифика, для чего его и пригласили писать портрет, а вовсе не из-за громкого имени, как он наивно полагал. Если бы не папский племянник, которого он тоже подвёл, не видать бы ему заказа как своих ушей. Отныне его возвращение в Рим под большим вопросом.
Почти четыре месяца он провёл на лоне природы среди оливковых рощ, виноградников и поросших лесами Сабинских гор. Живя, как затравленный зверь, и страдая от жары, которая в то лето была невыносимой, Караваджо опасался показываться днём на глаза и только под вечер садился на коня и выезжал в поле немного развеяться. Всякий раз его сопровождал один из стражей замка — так распорядился управляющий. Но художник боялся не папских агентов, которые не посмели бы сунуться во владения Колонна, — его страшили рыскающие в округе охотники, любой из которых мог бы польститься на обещанное вознаграждение за его голову. Иногда его охватывал панический страх, и он, пришпорив коня, скакал по полям, пока не падал в изнеможении из седла. Боясь быть узнанным, он не расставался с широкополой шляпой, надвинутой на глаза и прикрывающей оставшийся на лбу глубокий шрам.
