В конце 1801 года, случайно узнав, что готовится военная экспедиция на остров Сан-Доминго и возглавить ее поручено знакомому ему генералу Ш. Леклерку, Ней прибывает в Париж с намерением принять участие в этой экспедиции. Военный министр генерал Л. Бертье (будущий маршал Франции) удовлетворил просьбу Нея. Но на следующий день тот неожиданно отказался от нового назначения, сославшись на неотложные личные дела. Истинная же причина отказа Нея от участия в заморской экспедиции, как вскоре выяснилось, заключалась в его женитьбе на близкой подруге падчерицы Наполеона Аглае Луизе Огье, которой только что исполнилось 20 лет. Заключению этого брака усиленно содействовала жена Наполеона Жозефина, да и сам первый консул не скрывал своей заинтересованности в нем, надеясь тем самым приблизить к себе способного генерала.
Свадьба состоялась в августе 1802 года, а уже через месяц Ней получил назначение на должность командира отдельного корпуса, во главе которого осенью того же года оккупировал Швейцарию, раздираемую острыми внутренними противоречиями. Одновременно на него возлагались и обязанности посла Франции в этой стране. Внутриполитический конфликт в Швейцарии Нею удалось быстро разрешить, не прибегая к силовым методам. Когда к нему явилась депутация с ключами от швейцарских городов, Ней отказался их принять, заявив удивленным депутатам: «Мне не нужны ваши ключи, мои пушки в состоянии вышибить все ваши ворота». Затем, заметив обескураженность на лицах депутатов и, вспомнив, что он не только генерал, но еще и посол, примирительно добавил: «Пусть ваши сердца преисполняется покорностью, достойной дружбы Франции».
Вооруженная миссия Нея в Швейцарии завершилась полным успехом. Этому в немалой степени способствовали неожиданно проявленные им политический такт и дипломатические способности. В августе 1803 года Ней возвратился во Францию и получил назначение на должность командующего войсками военного лагеря в Компьене, а затем в Монтрейле. Эти войска предназначались для проведения десантной операции на Британские острова. Командуя около полутора лет войсками в Монтрейле, Ней не терял времени даром, серьезно занявшись изучением военной теории и истории. В то непродолжительное мирное время между двумя очередными войнами он многое узнал и многому научился. Тем более что нашел тогда для себя превосходного учителя. Им стал швейцарец Антуан Анри Жомини, впоследствии снискавший широкую известность как выдающийся военный теоретик и историк. На протяжении 10 лет он сопровождал Нея во всех походах и войнах, стал его ближайшим помощником. К этому времени Наполеон уже окончательно уверовал в незаурядные военные способности Нея и включил его в состав своих ближайших военных соратников. Когда войска, предназначенные для высадки в Англии, сосредоточились в Булонском лагере, Ней получил под свое командование три дивизии, которые с началом в 1805 году войны против 3-й антифранцузской коалиции составили 6-й пехотный корпус. Командование им Наполеон поручил Нею.
После провозглашения в мае 1804 года империи ставший императором Наполеон осыпал Нея разного рода милостями и наградами. Еще до этого, в 1803 году, он наградил Нея в числе других высших военачальников французской армии вновь учрежденным орденом Почетного легиона и почетным оружием (сабля). В 1804 году Ней получает командорский крест ордена Почетного легиона и звание маршала Франции (19 мая 1804 года), а 2 февраля 1805 года Наполеон вручает ему высшую награду Франции того времени — Большой крест ордена Почетного легиона. В первом списке генералов (14 человек), удостоенных высшего воинского звания — маршала Империи, имя Нея стояло 12-м (после Мортье). Необходимо отметить, что это высшее в наполеоновской Франции воинское звание Ней получил от императора, если можно так выразиться, как бы авансом. Дело в том, что в число полководцев революционной, а затем республиканской армий он никогда не входил, армейскими объединениями не командовал (временное исполнение обязанностей не в счет, поскольку оно было слишком кратковременным), оперативно-стратегических задач самостоятельно не решал и, несмотря на ряд выдающихся боевых подвигов, получивших, кстати, довольно широкую известность, являлся всего лишь обычным дивизионным генералом, каковых тогда во французской армии было много. При этом целый ряд генералов, обойденных императором при первом производстве в маршалы, имели по сравнению с Неем не менее весомые заслуги перед Францией и значительное превосходство перед ним в старшинстве. Правда, таких, как Ней, генералов, еще ничем не проявивших себя в качестве крупных военачальников, но получивших в 1804 году по личному усмотрению Наполеона маршальский жезл, было немало (Бессьер, Даву, Ланн, Мортье и др.). Слава знаменитого военачальника для Нея была еще впереди, так же как и для Даву или Ланна. Наполеон продвигал Нея по службе несмотря на то, что имел определенные основания сомневаться в его преданности. Для него не являлись секретом республиканские убеждения Нея, его дружба с опальным в то время генералом Ж. Моро и т. п. Ней был типичным представителем Рейнской армии, которая всегда отличалась от всех остальных своим революционным духом. Поэтому к выходцам из ее рядов Наполеон, за немногим исключением, никогда особых симпатий не питал и всегда относился к ним с известной долей настороженности.
Кампания 1805 года принесла Нею новые лавры. Во главе 6-го корпуса он перешел Рейн, нанес австрийцам поражение при Гунтсбурге и устремился к Дунаю. Громкую боевую славу Ней стяжал на берегах этой реки во время знаменитой Ульмской операции (7—20 октября 1805 года). Тогда его корпус сыграл решающую роль в окружении главных сил австрийской армии в Ульме, завершившемся их капитуляцией. 14 октября Ней в полной парадной форме лично повел 6-й легкий и 39-й линейный пехотные полки на штурм моста через Дунай. Противник встретил наступавших французов ураганным ружейно-артиллерийским огнем. Смертоносная картечь буквально вырывала целые шеренги из рядов атакующих, но те, смыкая ряды, продолжали упорно идти вперед. Накал боя нарастал, австрийцы подтягивали к мосту новые батареи. Так как мост был уже полуразрушен, французским саперам пришлось восстанавливать его под сильнейшим огнем противника. Все это время, пока саперы восстанавливали мост, Ней находился в самом пекле боя, не обращая ни малейшего внимания на смертельную опасность. Вокруг него бушевал огненный смерч, сметая все живое, что встречалось на его пути. Наконец, мост длиной 90 метров был наскоро восстановлен, французские штурмовые колонны, предводимые Неем, мощным броском преодолели его. Сильно укрепленный монастырь и располагавшаяся поблизости от него деревня были взяты практически с ходу. Введенный в бой резерв довершил разгром врага.
