В этих условиях неожиданное объявление властей о том, что в ночь с 16 на 17 июля 1918 года царь, вся его семья и все люди из его свиты были расстреляны, выглядит странным даже сегодня, а в те дни в Екатеринбурге было встречено откровенным недоверием. Зная настроения в городе, власти, что было бы совершенно в духе времени, получив приказ из Москвы или решив самостоятельно вопрос о необходимости уничтожения царской семьи, должны были предупредить о предстоящей казни рабочие комитеты, предложить им выбрать «рабочую контрольную комиссию» для присутствия при указанной акции. Даже если по каким-то непонятным причинам власти считали невозможным присутствие данной комиссии при самом расстреле, им следовало сразу после приведения приговора в исполнение предъявить комиссии (а то и всем желающим) трупы жертв, чтобы избежать дальнейших обвинений в свой адрес, распространения слухов и уменьшения общей напряженности в городе, тем более что к нему приближались войска директории, превращая его в прифронтовой. Однако ничего подобного сделано не было. Более того, для объяснения случившегося была выдвинута не очень правдоподобная версия о растворении трупов в соляной (по другим версиям — в серной) кислоте, в распиливании и сожжении останков, расчленении их топорами и т.п. с последующим захоронением всего, что осталось, в каком-то тайном месте. В доказательство содеянного предъявлялась только бумага — требование на получение товарищем Белобородовым на одном из промышленных предприятий города бочки с серной кислотой. Эксперты-криминалисты, однако, считают, что для растворения 11 трупов необходима была не бочка, а, как минимум, железнодорожная цистерна с кислотой. Все это было рассказано рабочим комитетам, требовавшим предъявить им трупы расстрелянных, и, естественно, не вызывало совершенно никакого доверия. В Екатеринбурге все были уверены, что царя и сопровождающих его лиц куда-то вывезли из прифронтового города. Именно то обстоятельство, что к Екатеринбургу подходили войска противника, помешало рабочим самостоятельно разобраться со столь грубым и откровенным обманом со стороны властей.
Последние абсолютно ничего не могли ответить на самые простые вопросы, а именно: почему саму казнь необходимо было совершать в обстановке такой секретности, если наутро о ней объявили всенародно? Почему было необходимо так срочно уничтожать трупы казненных, если сам факт их сокрытия приводил к осложнениям между властями и их главной социальной базой — революционными рабочими? Как им удалось столь быстро уничтожить все 11 трупов?
На вопрос о том, как удалось уничтожить 11 трупов с помощью средств, декларированных властями, Войков и Голощекин отвечали: «Может быть, для кого-то это было невозможно, но нам это, представьте, удалось».
На просьбу предъявить то, что осталось от трупов, следовал ответ: «Ничего не осталось, товарищи. Ровным счетом ничего. И показывать нечего, потому что от них не осталось ничего ».
Все это выглядело в высшей степени малоубедительно даже для малограмотных рабочих. Многие вернулись с фронтов мировой войны и могли убедиться, что никакой взрыв или пожар не в состоянии уничтожить человека так, чтобы от него не осталось «ровным счетом ничего».
После того, как в город вошли части белой армии и мятежного чехословацкого корпуса, была назначена следственная комиссия для расследования обстоятельств происшедшего в Доме Ипатьева в ночь с 16 на 17 июля 1918 года. Руководить следствием назначили следователя по важнейшим делам Екатеринбургского окружного суда Наметкина. Будучи опытнейшим следователем, Наметкин, сразу после беглого осмотра места происшествия, заявил, что в Ипатьевском Доме произошла имитация казни и что ни один из членов царской семьи там расстрелян не был. Поскольку подобное мнение Наметкина не разделяли другие члены комиссии, в частности, председатель комиссии полковник Шереховский и председатель Екатеринбургского окружного суда Кутузов, Наметкин подал в отставку, но остался при своем твердом убеждении. Свою точку зрения он официально повторил в Томске, где дал несколько интервью на эту тему иностранным, главным образом, американским, корреспондентам. Наметкин заявил, что будто у него имеются доказательства того, что царская семья не была убита в ночь с 16 на 17 июля; и собирался эти доказательства обнародовать в скором времени. Однако через неделю после этого заявления Наметкина убили, а дом, где он снимал помещение, сожгли, что привело к гибели всего следовательского архива.
После ухода Наметкина, следственную группу возглавил следователь Сергеев, который пришел совершенно к тем же выводам, что и Наметкин. Сергеев также был отстранен от руководства следствием и вскоре погиб при невыясненных до конца обстоятельств. Третьим следователем, возглавившим комиссию по расследованию обстоятельств гибели царской семьи, стал Соколов, назначенный уже режимом адмирала Колчака.
По причинам скорее политическим, адмирал Колчак и возглавлявший следственную комиссию генерал Дитерихс проинструктировали следователя Соколова сконцентрировать свое внимание на факте убийства царской семьи и вести следствие именно в этом русле, то есть отталкиваться от факта убийства как от свершившегося.
Следователь Соколов в течение того недолгого времени, которое было в его распоряжении, проделал гигантскую по объему работу, продемонстрировав свои блестящие способности судебного криминалиста старой русской школы. Подробности о проделанном можно почерпнуть в написанной им позднее книге «Убийство царской семьи». Однако, несмотря на все усилия, Соколову не удалось найти ни одного трупа.
В настоящее время стало известно, что следователь Соколов, зная о выводах своих предшественников и будучи не менее опытным следователем, чем они, вел два параллельных следствия: одно по факту убийства царской семьи, как было приказано адмиралом Колчаком и генералом Дитерихсом, второе — по факту исчезновения царской семьи из Екатеринбурга, как ему диктовали профессиональный опыт и долг. Позднее, эмигрировав во Францию, следователь Соколов пытался обобщить результаты своего параллельного расследования и обнародовать их в специальной работе. Однако 23 ноября 1924 года он был обнаружен мертвым у себя в доме во французском городке Сальбри. Хотя официальная версия гласит, что Соколов умер от разрыва сердца в возрасте 42 лет, существует мнение, что его убили. При этом многие важные документы, подготовленные Соколовым к публикации, исчезли.
Эти документы были обнаружены совсем недавно в библиотеке рукописей Калифорнийского университета Беркли. Как они туда попали, не ясно. Первичная обработка этих документов американскими историками показала, что следователю Соколову удалось проследить и задокументировать факт эвакуации царской семьи из Екатеринбурга в Пермь, а оттуда в Казань.
