Результатом поездки Орлова и Трифонова в Царское Село явилось учреждение императрицей Секретной комиссии по поимке Пугачева, в состав которой вошли два человека: капитан Преображенского полка Галахов и сам Остафий Трифонов. Правда, впоследствии к ним присоединился майор Рунич, тяжело контуженный во время турецкой компании и находившийся в то время в Москве на излечении.
Секретной комиссии были даны самые широкие полномочия. Галахов получил право требовать выдачи паспортов на любое имя, он мог останавливать курьеров штабов любого уровня и знакомиться с перепиской должностных лиц. Члены Комиссии могли требовать выделения в их полное распоряжение любых сил, необходимых для организации вооруженного конвоя; в местах боевых действий они могли перемещаться сообразно своим планам, не подчиняясь воинским командирам. О хозяйственных полномочиях — получении корма для лошадей, внеочередном проезде почтовых станций, получении у местных властей лошадей, размещении на постой и т. п. — и говорить нечего: все это Секретная комиссия получила сполна.
Одновременно для организации похищения Пугачева и оплаты накладных расходов Галахову выделили 25 тысяч рублей.
Вечером 19 июля 1774 года Галахов и Трифонов выехали сначала из Петербурга в Москву, где Галахов поменял бумажные ассигнации на 15 тысяч золотом. По расчетам, этих денег должно было хватить на аванс казакам. После этого, три члена Секретной комиссии с двенадцатью Преображенскими гренадерами 5 августа 1774 года выехали из Москвы.
Наконец, после многодневных блужданий по степи, в конце августа 1774 года Секретная комиссия прибыла в Саратов и разместилась в пустовавшем архиерейском доме.
Здесь же было проведено и итоговое совещание членов комиссии. После продолжительного обсуждения сошлись на следующем: Галахов и Рунич с деньгами и конвоем отправляются в Сызрань, где ждут сигнала от Трифонова о поимке Пугачева. Сам Трифонов в сопровождении трех сотников переправляется через Волгу в районе Сызрани; в районе переправы он оставляет первого казака. С двумя другими он отправляется вглубь заволжской степи и примерно через 70 верст оставляет второго казака. Продолжая свой путь, он еще через 50 верст оставляет третьего и далее движется один, пока не найдет свой отряд. Встретившись сними поймав Пугачева, Трифонов отправит на встречу с третьим казаком своего посыльного, который условной фразой известит о происшедшем. Далее, казаки по эстафете передадут информацию в Сызрань. Галахов с Руничем немедленно выедут из города и отправятся к тому месту в степи, где Трифонов расстанется с третьим казаком: именно туда будет привезен плененный Пугачев, и там необходимо будет произвести окончательный расчет с отрядом захвативших его казаков. Для авансирования казаков Трифонову было выделено три тысячи рублей, хотя он требовал всю причитающуюся казакам сумму. Остановившись на таком решении, комиссия разъехалась: Галахов отправился в Сызрань, Трифонов — вглубь степи, а Рунич — в Пензу, на доклад графу Панину о принятом решении.
Рунич, после доклада Панину, направился в Сызрань. И к своему немалому удивлению столкнулся в дороге с Галаховым и его охраной. От него он узнал самую актуальную на тот момент новость: 14 сентября 1774 года Емельян Пугачев был пойман и передан на руки Суворову. С этого момента нужды ни в Остафии Трифонове, ни в самой Секретной комиссии не было. Чтобы вернуть с дороги Трифонова Галахов послал поручика Дидриха.
Поручик догнал Трифонова на симбирской дороге в 90 километрах от Казани. После этого все пятеро отправились в Симбирск. Но, не доезжая до него 50 километров, остановились на ночлег в оказавшейся на их пути деревне.
Проснувшись утром, поручик Дидрих с ужасом увидел, что Остафий Трифонов исчез. Хотя лошадь его осталась на месте. Этот факт навел на мысль, что Трифонов ушел пешком. Поэтому было потрачено несколько часов на поиски Трифонова в деревне и ее окрестностях.
Убедившись, что того в деревне нет, бросились на тракт. Для поисков беглеца по приказу Дидриха деревенский староста отрядил сотских и десятских старшин с крестьянами. Однако поиски успехом не увенчались. Трифонов исчез. А вместе с ним и три тысячи казенных денег. Но дело было даже не в деньгах. Этот человек воспользовался доверием высочайших лиц государства и фактически украл деньги. Но история на этом не завершилась…
При расследовании преступлений Пугачева значительное внимание членов сыскных комиссий было обращено на связи бунтовщиков со столицами и с иностранцами.
Афанасий Перфильев, ближайший помощник Пугачева, на первом же допросе в Яицком городке, сообщил о том, что к восставшим приезжал гонец от Великого князя Павла Петровича (будущего Императора Павла I) и заверял Пугачева в полной поддержке его мятежа. Перфильев дал описание этого человека: «…башкирец привез к Пугачеву какого-то купца-старика: росту он был среднего, лицом сухощав и рябоват, волосы — темно-русые с сединою, говоря пришамкивает, а лет ему около шестидесяти. Пред всем войском Пугачев заявил, что этот старик прислан от Великого князя Павла Петровича к нему с письмом».
Информация эта, разумеется, была воспринята как чрезвычайно важная. Императрица имела все основания сомневаться в преданности сына: взошедшая на престол в результате заговора, эта женщина не питала иллюзий в прочности родственных отношений и преданности гвардии. Следователи прекрасно понимали, что информация о гонце от цесаревича вызовет огромный интерес императрицы. А раз так, то гонца этого следовало отыскать и добиться от него истины: действительно ли посылал его Павел Петрович к мятежникам?
Примечательно, что к этому моменту следователи уже располагали информацией о том, что Пугачев встречался с кем-то, кто выдавал себя за гонца от цесаревича. Дело в том, что упомянутый в показаниях Перфильева башкирец был ни кто иной, как плененный еще в августе 1774 году Канзафар Усаев — один из самых жестоких сподвижников мятежника. Канзафар, стремясь избежать допроса под пыткой, не пытался запираться и всячески сотрудничал со следствием. Он рассказал о том, что действительно привозил в лагерь Емельяна Пугачева некоего петербургского купца, который по его словам, лично знал Петра III, поскольку занимался поставкой сена в дворцовые конюшни. Купец этот, якобы, был уполномочен цесаревичем съездить на Урал и познакомиться с главарем восставших, дабы убедиться в том, что это именно Петр III.
За разъяснениями обратились и к самому информированному участнику событий — Емельяну Пугачеву. Тот запираться не стал и рассказал, что действительно в его лагерь являлся таковой, был им обласкан и впоследствии отпущен обратно в столицу. Мятежник всерьез предполагал привлечь на свою сторону наследника и, чтобы произвести своей щедростью впечатление на гонца, вручил тому при отъезде 3 тысячи рублей. Пугачев назвал имя и фамилию человека, приехавшего от наследника — Осташка Долгополов, из ржевских купцов.
И вдруг, совершенно неожиданно, выяснилось, что гонец цесаревича был опознан рядовыми мятежниками, сидевшими в Казанской тюрьме. Кордоны на дорогах еще недавно мятежного края бдительно проверяли всех подозрительных; лица без паспортов вызывали подозрение и тотчас задерживались для выяснения личности. Один из таких яицких казаков, задержанный в окрестностях Казани без паспорта, и оказался тем самым Остафием Долгополовым, с которым так хотели пообщаться члены Секретной Следственной комиссии.
И можно понять их изумление, когда в доставленном для допроса Долгополове они узнали… того самого Трифонова, что убежал с казенными деньгами от поручика Дидриха. Задержанный 12 ноября 1774 года дал развернутые показания перед следственной комиссией в Москве, в которых исчерпывающе объяснил скрытую подоплеку собственных интриг.
Звали его Остафий Трифонович Долгополов и он действительно происходил из купцов города Ржева. С торговыми караванами много путешествовал по России, неоднократно бывал и подолгу жил в Санкт-Петербурге. Брался за разнообразные подряды, одно время действительно поставлял овес для конюшни будущего императора Петра, но денег больших не нажил, видимо, в силу непостоянства характера или иных черт, мешавших ему добиваться расположения людей. Сильно прогорел на винных откупах и, не погасив долгов, скрылся. Торговых махинаций не оставил, но в Петербург после 1768 года носа не казал, а больше работал в городах Центральной России. Весть о мятеже Пугачева окрылила Долгополова: он решил податься к мятежникам, дабы посмотреть, на самом ли деле их главарь — император Петр III.
В подобном объяснении Долгополова скрыто определенное лукавство. Скорее всего, он точно знал, что Пугачев — никакой не император, поскольку жители северной столицы после смерти низложенного Петра III имели возможность видеть его тело, выставленное для всеобщего обозрения. А значит, по Яицкой степи бродит какой-то шарлатан.
