Консолидация арабского националистического движения, которое возглавил шейх Эль-Касам, заставила назначить и нового энергичного командира Хаганы, профессионала. Им стал Шаул Мееров — кличка Авигур, из Даугавпилса. Клички были в то время обычным явлением, ибо Хагана все время находилась на нелегальном положении.
Авигур добился учреждения постоянного бюджета, создал первый оперативный орган — так называемый Технический отдел, организовал разведку и контрразведку во главе с Реувеном Заслани-Шилоахом. При Авигуре началось и самостоятельное изготовление оружия — ручных гранат, а также ремонт имевшегося оружия.
Новое арабское восстание началось в апреле 1936 года, его возглавил совет во главе с муфтием Амином аль-Хусейни, оно приобрело широкий размах, охватив не только населенные пункты, но и коммуникации Палестины. Это вызвало усиление британских войск, но и Хагана, в свою очередь, увеличила силы сопротивления. В Тель-Авиве, к примеру, ночную службу несли 250 человек, в Иерусалиме — 300. Больше всего бойцов Хаганы было в Хайфе — 2400, в основном студенты Технологического института. Три этих города в то время сосредоточивали более 70 процентов еврейского населения.
Но в них же Хагана имела и резервы, охранявшие и дальние поселения, без чего они бы и не выжили. Ицхак Садэ создал первую мобильную роту, действующую из засад по ночам, что явилось для арабов полной неожиданностью и сковало их до этого преимущественно ночные действия.
Хагана все более превращалась в государственные вооруженные силы, и после возвращения в ее ряды части отколовшегося ЭЦЕЛа в 1937 году она насчитывала более 21 тысячи бойцов в 270 селениях, вооруженных 230 пулеметами, 4500 винтовками и имевших около 10 тысяч пистолетов. В Хагане уже тогда служило около 4 тысяч женщин. Однако приближались времена, когда Хагане предстояло выйти из подполья и совместно с британскими войсками вступить в борьбу с наиболее мощным арабским восстанием. Начавшись в 1936 году, арабский террор достиг своей наивысшей точки в 1938-м. Обострение ситуации и принудило Англию к более тесному сотрудничеству с еврейскими общинами.
В военном смысле это выразилось в создании отрядов добровольных полицейских. Их было более 600, они имели форму и оружие, руководил ими Иешуа Гордон. Но усиление арабского террора вынудило англичан увеличить количество еврейских охранников, и в сентябре 1938 года их было уже три тысячи, действовавших в пяти районах Палестины. Были открыты школы, готовившие еврейских сержантов.
Затем были созданы 10 батальонов полиции еврейских поселений, которыми командовали британские офицеры, имевшие еврейских дублеров. Сформировали также 60 групп подвижных патрулей — 400 бойцов на полубронированных автомобилях, так называемых «тендерах», которые стали ударной силой еврейских батальонов.
Хотя бы коротко следует остановиться на британском офицере, сыгравшем выдающуюся роль в становлении подпольной еврейской армии. Он не был евреем, звали его капитан Чарльз Орд Вингейт; прибывший в Палестину осенью 1936 года, он всей душой стал на сторону евреев. Он помогал чем мог Хагане стать мощной боевой организацией, которая перешла от пассивной обороны в наступление на арабских бандитов. Именно Вингейт создал «ночные роты», организовал подготовку еврейских командиров в лагере Эйн-Харод во главе с Яаковом Достровским (Дори), из их числа потом вышли кадры офицеров Хаганы. Однако в мае 1939 года Вингейта, именно из-за его симпатий к евреям, отзывают из Палестины.
В 1938 году в Хагане появились так называемые полевые роты, предназначенные для поиска и уничтожения арабских банд. Руководили ими Ицхак Садэ и Элияху Кохен. Эффективные действия этих рот сковали передвижения арабских бандитов и еще более сплотили еврейскую армию.
К 1939 году в Палестине были подавлены арабские террористические выступления, и достигнуто это было в основном за счет действий еврейских подразделений. После этого англичане приступили к их расформированию. Однако навыки, практика вооруженной борьбы остались и закрепились в тех бойцах, которые ушли в резерв. А их было немало — 2500 человек прошли обучение и участвовали в боях, 850 окончили курсы, и многие потом смогли действовать в качестве командиров подразделений.
Но и помимо этого подразделения Хаганы, ЭЦЕЛа, военизированные отряды молодежного движения Бейтар в то время обеспечивали начавшуюся большую алию из европейских стран, где фашисты развернули массовые преследования евреев. При этом еврейским бойцам нередко приходилось вступать в вооруженные стычки с береговой охраной.
Большое значение и развитие в предвоенные годы приобрели закупка и производство оружия. Хотя во время арабских нападений англичане и давали оружие евреям, но руководители Хаганы понимали, что это временное явление, и направили свои усилия на его закупку. В основном это удавалось делать в Польше.
Кроме того, с 1937 года приобрело размах изготовление оружия в ишуве. Производились ручные и винтовочные гранаты, взрывчатка. В Тель-Авиве делали минометы. В 1941 году наладили изготовление патронов. К началу Второй мировой войны на вооружении Хаганы имелось 6 тысяч винтовок, 400 автоматов, станковые пулеметы, минометы собственного производства и 24 тысячи гранат — это все было нелегальное оружие. В сочетании с легальным, английским, оно составляло уже определенную силу.
События арабского мятежа поставили задачу повышения боевой эффективности Хаганы, координации ее действий с легальными подразделениями и их подчинения единому руководству. Был назначен глава Центрального командования Хаганы. Для этой должности Бен-Гурион выбрал Йохана Ратнера, командира, имевшего военное образование и боевой опыт. В 1938 году в Центральное командование были включены два бывших австрийских офицера — капитан Рафаэль Лев и Зигмунд фон Фридман (Эйтан Ависар), бывший сотрудник австрийского Министерства обороны. Они создали оперативную службу в штабе Хаганы. Яаков Дори возглавил службу подготовки командиров секторов и районов, на которые была разбита страна. Эти люди через десять лет стали командирами армии Израиля.
В результате арабского восстания англичане были вынуждены признать право евреев на свои легальные вооруженные формирования. К зиме 1939 года они насчитывали 14 тысяч человек, разбитых на 10 батальонов и 60 подвижных патрулей, которые официально просуществовали еще 9 лет, при создании армии Израиля влились в нее и были активными участниками Войны за независимость. Благодаря этим подразделениям и бойцам, имевшим опыт борьбы с намного превосходящими по численности арабами, в значительной мере и выстоял Израиль в войне с армиями пяти арабских государств.
Выход в 1939 году так называемой «Белой книги», ограничивавшей приток легальных эмигрантов, вынудил руководство ишува к содействию нелегальной эмиграции, в котором Хагана приняла самое деятельное участие. В основном для этой цели началось формирование специальных подразделений, куда отбирали лучших бойцов и готовили по программе «коммандос» разведчиков-диверсантов. Они были разбиты на группы минеров-подрывников, морских и сухопутных диверсантов и на контрразведывательные подразделения.
Руководил этими спецназовцами Ицхак Садэ. Они совершали карательные акции против арабских террористов, но также и против британских властей, противившихся алие.
Наконец, был в определенной мере решен вопрос единоначалия на всех уровнях Хаганы. В сентябре 1939 года был создан Генеральный штаб во главе с Яаковом Достровским (Дори). В нем были отделы: организационный — начальник Фридман, тренировочный — Лев, технический — Иерушалайми, контрольный — Авнер.
С началом Второй мировой войны Бен-Гурион приказал прекратить борьбу с англичанами, но они по-прежнему стремились уничтожить Хагану и сотрудничать с ней начали только тогда, когда фронт приблизился к Палестине. Однако в 1943 году англичане снова возобновили конфронтацию.
В 1941 году Центральное командование Хаганы возглавил Моше Клейнбойм. Согласно уставу, Хагана состояла из трех основных формирований: полевых частей — для активной обороны и специальных операций, укомплектованных молодыми людьми, разбитыми на батальоны и роты. Затем шли сторожевые части, укомплектованные мужчинами до 40 лет и женщинами до 35. Все остальные входили в народное ополчение.