В последующем с расширением зоны военных действий, когда они приобрели долговременный характер, правительство приняло решение о сформировании из пограничников пехотных и кавалерийских частей и соединений и использовании их в оборонительных и наступательных боях. Это привело к растворению пограничных формирований в общей массе войск действующей армии. При этом боевая практика в очередной раз показала нецелесообразность использования пограничников в таком качестве.
К сожалению, дореволюционный опыт использования пограничной стражи в ходе войн и вооруженных конфликтов в советский период учитывался недостаточно.
При назревании вооруженных конфликтов с Китаем (1929) и с Японией (1938 и 1939), а также накануне советско-финляндской войны (1939–1940) пограничные войска в силу служебных задач вели разведку противника, боролись с его агентурой в приграничной полосе, а также отражали нападения вооруженных групп на пограничные объекты. При этом на период военных действий заблаговременно задач им не ставилось. Последние появлялись уже в процессе вооруженной борьбы и сводились к разведке, охране коммуникаций и пунктов управления в тылу действующей армии, прикрытию флангов войсковых группировок, а также к ведению совместно с войсками наступательных и оборонительных боевых действий. Так, например, в ходе советско-китайского вооруженного конфликта (1929) пограничная охрана Дальневосточного края (ДВК), взаимодействуя с частями Особой Краснознаменной Дальневосточной армии (ОКДВА), принимала активное участие в боевых действиях, решая следующие задачи: осуществление разведывательно-диверсионных операций на сопредельной территории по выводу из строя узлов и линий связи, захват и уничтожение штабов, разгром центров белогвардейской эмиграции, блокада китайских судов на морских и речных границах. Кроме того, в советско-финляндскую войну пограничные войска также привлекались к борьбе с вражескими десантами в тылу и на флангах своих войск, а с началом наступления осуществляли ликвидацию финских пограничных кордонов, после чего контролировали пропуск войск через государственную границу.
Решение столь емких и сложных внезапно возникавших задач требовало не только специальной профессиональной подготовки, но и наличия дополнительных сил и средств, которыми пограничное командование не располагало. В результате этого качество выполнявшихся пограничниками задач в ряде случаев было невысоким, а потери в их рядах весьма значительными.
Накануне Великой Отечественной войны пограничные войска вели разведку противника, боролись с его агентурой и отражали нападения с сопредельной стороны на пограничные объекты. Кроме того, они активно участвовали в борьбе с бандформированиями, действовавшими в приграничной полосе. Решение последней задачи значительно усложнялось отсутствием взаимодействия между пограничным и армейским командованием, а также большим удалением основной массы общевойсковых соединений и частей от границы. В результате этого пограничники были вынуждены самостоятельно выполнять ряд непосильных для них задач, а добываемая ими разведывательная информация не доводилась до штабов и войск первого стратегического эшелона.
С началом Великой Отечественной войны пограничным войскам пришлось решать следующие основные задачи: выполнять роль передового охранения частей и соединений первого эшелона армий прикрытия; вести боевые действия с разведывательными подразделениями и передовыми частями противника непосредственно на линии государственной границы; участвовать в боевых действиях в составе частей и соединений войск прикрытия при отступлении; осуществлять разведывательно-диверсионную деятельность в тылу противника и на маршрутах его движения; выявлять и уничтожать диверсионно-разведывательные группы неприятеля, мелкие авиадесанты в боевых порядках и ближайшем тылу отходящих и обороняющихся войск…
На северном участке фронта, кроме того, пограничники прикрывали промежутки между операционными направлениями, на которых зелись активные боевые действия.
В первые дни и часы войны части и подразделения пограничных войск обороняли вверенные им участки границы и опорные пункты. Выполнение этой задачи в условиях внезапного перехода в наступление крупных группировок фашистских войск привело к гибели значительной части пограничных формирований. Их боевые действия, за редким исключением, не оказывали влияния не только на оперативную, но и на тактическую обстановку начального периода войны.
В последующем уцелевшие пограничные части и подразделения, как и во многих предыдущих войнах и вооруженных конфликтах, использовались для охраны границы, ведения разведки противника, борьбы с его агентурой и десантами в тылу действующей армии, охраны открытых флангов войсковых группировок, тыловых коммуникаций и командных пунктов, а также для решения совместно с войсками оборонительных и наступательных задач. Кроме того, в качестве новых, перед пограничными войсками встали задачи по разведывательно-диверсионной деятельности в тылу врага, борьбе с дезертирами и мародерами в тылу своих войск, формированию и подготовке партизанских отрядов и истребительных батальонов для борьбы с фашистскими десантами, охране военнопленных и сбору трофеев. После освобождения территории страны и восстановления государственной границы они кроме ее охраны и организации пропуска своих войск были вынуждены включиться на приграничной территории в борьбу, предпринятую органами НКВД против бандитских формирований. Особой страницей участия пограничных войск в войне явилась их служебная и боевая деятельность по охране тыла действующей армии, а также формирование из состава пограничных войск общевойсковых частей, соединений и оперативных объединений.
Накопленный исторический опыт широко был использован при подготовке и в ходе советско-японской войны в 1945 г. До начала военных действий пограничники вели разведку врага не только в приграничной территории, но и на глубину до 130 км от линии границы. Кроме того, они обеспечили скрытность выдвижения и развертывания армейских группировок в исходных районах для наступления. С началом войны непосредственное использование пограничников в боевых действиях было определено участием их в ликвидации вражеских кордонов и опорных пунктов вблизи границы. В дальнейшем же они использовались почти исключительно для решения специфических служебно-боевых задач, что обеспечило высокую эффективность их действий и сократило потери личного состава и вооружения.
Широкое использование пограничных войск в совместных операциях с органами безопасности и внутренними войсками наблюдается и во время борьбы с бандитскими формированиями в северо-западных районах СССР в период с 1944 по 1953 г.
Они приняли на себя основную тяжесть защиты государственной границы в период советско-китайских конфликтов 1969 г. Тогда пограничники, предотвращая перерастание пограничного столкновения в широкомасштабные военные действия, участвовали в активных боевых действиях как самостоятельно (в большинстве случаев), так и совместно с армейскими частями и подразделениями. В ходе боевых действий пограничные части вели разведку противника в интересах армейского командования и обеспечивали развертывание войск военного округа (конфликт в районе Дулаты).
В ходе гражданской войны в Афганистане пограничные войска, защищая советскую и афганскую границу, вели совместно с войсковыми частями и соединениями (советскими и афганскими) и органами госбезопасности борьбу с вооруженными формированиями оппозиции, применяя как общевойсковые действия (оборону, наступление и др.), так и самостоятельные, специфические для погранвойск. Приоритетными задачами в деятельности пограничных войск в войне в Афганистане являлись разведка, борьба с агентурой противника и бандформированиями. Погранвойска осуществляли пропуск соединений и частей Советской Армии через государственную границу при их вводе и выводе из Афганистана, обеспечивали их развертывание и охрану коммуникаций и важных объектов в тылу действующих войск, участвовали в проведении операций.
Являясь решающей силой, локализующей гражданскую войну в Таджикистане, пограничники России охраняли и обороняли участки таджикско-афганской границы, проводили совместно с органами и войсками МВД, КНБ, МО Таджикистана, Коллективными миротворческими силами пограничные операции по ликвидации бандформирований, нарушающих границу.
В вооруженном конфликте в Чечне пограничники Кавказского особого пограничного округа ФПС России, охраняя границу бывшего СССР с Турцией и Ираном, России с Грузией и Азербайджаном и прикрывая административную границу Чечни с Ингушетией и Дагестаном на участках с интенсивным движением транспорта, применяли оборонительные, засадные и разведывательно-поисковые действия. Находясь в составе федеральных сил России в Чечне, пограничники во взаимодействии с подразделениями и частями МО, ВВ, МВД России принимали участие в операциях по разоружению чеченских бандформирований.