Деятельность Управления особых отделов в основном концентрировалась на следующих задачах:
1. Предотвращение проникновения агентурных сетей противника в войска и на объекты Советской армии, Военно-морского флота, войска КГБ и Министерства охраны общественного порядка.
2. Идентификация и разоблачение агентов, внедрившихся в вооруженные силы.
3. Поиск империалистических агентов в вооруженных силах и в непосредственном их окружении (со сведениями об обнаруженных случаях, фактах, выяснение данных о родственниках).
4. Предотвращение случаев измены Родине со стороны отдельных военнослужащих, рабочих и служащих вооруженных сил и военных объектов.
5. Защита государственной и военной тайны, предотвращение возможной утечки секретной информации за рубеж.
(…)
9. Контрразведывательная деятельность по защите специальных и особо важных сооружений и защита транспортного сообщения.
10. Подавление враждебных устремлений врагов Советской власти и националистических сил.
При выполнении этих задач Управление особых отделов находилось под жесточайшим контролем руководящих органов КГБ и Коммунистической партии в Москве. Даже мелочи — вроде того случая, когда начальник штаба ГСВГ в качестве сувенира подарил гвардейский значок представителю одной из западных военных миссий связи — вызывали немедленное вмешательство Центра, что отражалось в донесениях, приказах, отчетах и командировках особых комиссий, что офицерами на местах частенько расценивалась как раздражающая мелочная опека.
Отделы военной контрразведки в армиях, дивизиях и бригадах должны были защищать входящие в состав этих соединений военные объекты и войска от попыток шпионажа изнутри и в максимально возможной мере обеспечивать их контрразведывательную безопасность снаружи. В сотрудничестве с МГБ они занимались также наймом на работу или увольнением восточногерманских гражданских служащих в советских военных учреждениях и объектах. Все контакты войск и учреждений ГСВГ с восточногерманским обществом тоже подвергались полному совместному контролю КГБ и МГБ. Офицеры контрразведки должны были информировать службы немецкого Министерства госбезопасности о запланированных учениях и маневрах, чтобы предотвратить возможность наблюдения за этими мероприятиями со стороны западных спецслужб. В полках, батальонах и ротах оперуполномоченные Третьего главного управления КГБ решали эти же задачи.
Хотя в феврале 1960 года Третье главное управление формально было понижено в статусе, превратившись из главного просто в Третье управление КГБ, диапазон его задач еще больше расширился. С того момента контрразведчики отвечали не только за контрразведку в вооруженных силах, включая флот, но также и за контрразведку в пограничных и внутренних войсках, а также в «Аэрофлоте». Для этого Третье управление располагало более чем одиннадцатью разными отделами, обеспечивавшими контрразведывательную работу в разных видах вооруженных сил. Например, второй отдел отвечал за сухопутные войска, третий — за ВВС, четвертый за Ракетные войска стратегического назначения, а контрразведка флота была в руках шестого отдела.
Вскоре стало абсолютно понятно, что советская военная контрразведка в ГСВГ не могла обеспечить контрразведывательную защиту всех своих многочисленных гарнизонов и военных баз в ГДР. Поэтому ей пришлось обратиться за помощью к МГБ, и аппарат Мильке не мог увернуться от этой задачи, пусть даже КГБ еще во второй половине пятидесятых годов в своих оценках утверждал, что «агентура контрразведывательных органов ГДР, внедренная в разведслужбы и подпольные организации противника все еще очень слаба и не в состоянии своевременно раскрывать вражеские планы и намерения». В середине 1963 года Мильке издал служебную инструкцию, касавшуюся деятельности, прежде всего, Второй линии и Линии F (предшественницы Третьего главного отдела, отвечавшего за радиоперехват). Внешняя защита объектов ГСВГ теперь, как и ранее внешняя защита ННА и пограничных войск ГДР теперь тоже перешла в руки Второго главного отдела и вторых отделов в окружных управлениях МГБ. Кроме того, вторая линия должна была контролировать немецких поставщиков и предприятия, оказывающие услуги войскам ГСВГ, например, пекарни и прачечные. Сведения о шпионах, «действовавших исключительно против советских объектов» должны были передаваться советской военной контрразведке, чтобы осуществлять совместные мероприятия по противодействию таким агентам. Если подозреваемые в шпионаже не были военными или гражданскими служащими ГСВГ или гражданами ГДР, имевшими доступ на советские объекты, то есть возможными внутренними источниками противника, то МГБ в одиночку продолжало вести расследование шпионажа. Это касалось как восточных немцев, использовавшихся в качестве внешних наблюдателей за гарнизонами и объектами, то есть собиравших сведения исключительно «снаружи», так и западных немцев, западных берлинцев и прочих иностранцев. Отделу F МГБ было поручено осуществлять «борьбу с использованием радиотехнических средств против радистов империалистических секретных служб в целях их выявления, расследования и ареста». Ведущим в этом тандеме оставался, однако, Второй главный отдел, которого специалисты радиоперехвата из отдела F обязаны были информировать о добытых ими результатах. Кроме того, отдел F должен был согласовывать свои действия со спецгруппой радиоперехвата и радиоразведки ГСВГ. Такое положение с одной стороны приводило к существенной перегруженности восточногерманской контрразведки и службы радиоперехвата, так как они не могли уклониться от выполнения требований советских коллег. С другой стороны его можно было интерпретировать и как в некотором смысле доказательство завоеванной самостоятельности МГБ. Офицеры связи КГБ все еще оставались в МГБ и в его окружных управлениях. Но уже было ясно, что на смену полному контролю со стороны русских пришло сотрудничество, при котором обе стороны должны были делиться с партнерами полученной информацией, если подозреваемыми не были советские граждане. В МГБ также понимали, что передаваемый им советскими органами материал был обычно довольно беден и часто исчерпывался одной фразой: «Х является агентом американской разведки». В дополнении к служебной инструкции 3/63 в 1964 году была, наконец, расшифрована действительно неясная формулировка «контрразведывательное обеспечение немецких поставщиков и предприятий обслуживания». Теперь советская военная контрразведка обязывалась самостоятельно контролировать тех восточных немцев, которые непосредственно трудились в ГСВГ. По просьбе Третьего управления КГБ при ГСВГ «эти лица перед приемом на работу и позднее с определенными интервалами должны были подвергаться проверкам со стороны вторых отделов окружных и районных управлений». При этом МГБ особенно должно было следить за «моральным и политическим поведением этих лиц по месту жительства, а также за подозрительными связями и контактами негативного рода». Помимо второй линии и радиоперехвата к защите ГСВГ была привлечена теперь и восемнадцатая линия. Она должна была оберегать от шпионов все учреждения и предприятия ГДР, связанные со снабжением советских войск: специализированные министерства, строительные управления, бюро по специальной торговле и по особому строительству, ремонтные, снабженческие и обслуживающие предприятия. Граждане ГДР, занимавшиеся шпионажем против советских военных объектов, подлежали аресту и допрашивались органами МГБ, контрразведка КГБ могла официально проводить лишь оперативную разработку подозреваемых. Но в рамки сотрудничества входила и передача источников Второго главного отдела советской военной контрразведке в ГДР.
В годовом отчете КГБ за 1967 год его председатель Юрий Владимирович Андропов сообщал генеральному секретарю Коммунистической партии Леониду Ильичу Брежневу, что «военная контрразведка КГБ вместе с органами государственной безопасности ГДР разоблачила 17 агентов западных разведок, занимавшихся шпионажем против Группы советских войск в Германии». В семидесятых и восьмидесятых годах органами контрразведки арестовывались ежегодно несколько десятков лиц по подозрению в шпионаже. Но контрразведка все равно была перегружена защитой всех казарм советских войск в Восточной Германии. В середине семидесятых годов русские заявили Второму главному отделу, что им не хватает своих сил для контроля за работавшими на советских военных объектах гражданами ГДР — что согласно договоренности 1964 года только частично являлось задачей восточногерманской стороны — и попросили помощи в сборе «важных политико-оперативных сведений о внешних контактах в окружении объектов». Речь шла о примерно 35 «важных объектах». Но и МГБ ясно дало понять, что его возможности тоже не безграничны:
