Тогда же начался исход жителей грузинских сел из Южной Осетии. В 1991 году Южную Осетию покинуло около семи тысяч грузин. Их дома и грузинские школы были сожжены. Но и грузинские, и осетинские беженцы надеялись вернуться обратно.
Усугубило разруху восьмибалльное землетрясение, случившееся в Грузии и Южной Осетии 29 апреля. Погибли десятки людей. Многие остались без крова. В Джавском районе оказались разрушенными около 95 процентов всех зданий. Некоторые села были полностью похоронены под тоннами земли после оползней. Последствия землетрясения только усилили поток беженцев из Южной Осетии.
Южная Осетия и Абхазия, оставаясь в правовом поле СССР, приняли участие в референдуме 17 марта 1991 года, в котором Грузия участия не принимала, и высказались за сохранение Советского Союза.
К лету 1991 года действия грузинских вооруженных сил на территории Южной Осетии, как считают представители югоосетинской стороны, окончательно приобрели характер этнических чисток.
Грузинские полицейские силы контролировали стратегические высоты вокруг Цхинвала и осуществляли обстрелы города, приводившие к многочисленным разрушениям и жертвам. Осетинские отряды, базировавшиеся в блокированном Цхинвале, испытывали острую нехватку оружия и боеприпасов и действовали мелкими диверсионными группами. Гуманитарная ситуация в бывшей автономной области и городе была катастрофической, в госпитале города в холодное время года температура воздуха не превышала 13–14 °C. Убитых приходилось хоронить в городских дворах.
Однако ситуация и в самой Грузии была нестабильной. 21 декабря 1991 года части грузинской Национальной гвардии под предводительством Тенгиза Китовани подняли мятеж, впоследствии поддержанный вооруженными формированиями «Мхедриони» Джабы Иоселиани. В Грузии началась гражданская война. В итоге 6 января 1992 года президент Грузии Звиад Гамсахурдиа и члены правительства были вынуждены покинуть страну. 29 декабря Джаба Иоселиани освободил из тбилисской тюрьмы лидера Южной Осетии Тореза Кулумбегова, похищенного ранее. Кулумбегов вновь возглавил Верховный Совет Южной Осетии. В самой Грузии в марте 1992 года к власти пришел сподвижник Горбачева, бывший министр иностранных дел СССР Эдуард Шеварднадзе.
Но относительное затишье длилось недолго. 19 января 1992 года прошел референдум о независимости Республики Южная Осетия. Свыше 98 процентов принявших участие в голосовании высказались за независимость Южной Осетии. В феврале 1992 года грузинская артиллерия и бронетехника, расположенные вокруг города Цхинвала, начали интенсивные обстрелы жилых кварталов и учебных заведений югоосетинской столицы. Обстрелы продолжались до 13 июля 1992 года.
20 мая 1992 года произошло одно из наиболее известных преступлений грузинских боевиков. Расстрел у села Зар колонны беженцев, направлявшихся в Северную Осетию. Были убиты 36 человек в возрасте от 11 до 76 лет, среди них – 19 женщин, детей и стариков. Более 30 человек получили тяжелые ранения.
С ноября 1989 по июль 1992 года, по разным оценкам, в результате агрессии Грузии против Южной Осетии погибло от 2 до 4 тысяч мирных жителей осетинской национальности; более 3,5 тысячи человек было ранено; около 300 человек пропало без вести; свыше 40 тысяч человек вынуждены были оставить свои дома и переселиться в Россию; свыше 100 осетинских сел сожжено; разграблено или уничтожено оборудование всех заводов и фабрик на территории Южной Осетии; взорваны мосты. На территории Северной Осетии было зарегистрировано более 20 тысяч беженцев из Южной Осетии и свыше ста тысяч беженцев-осетин из Грузии.[5]
Боевые действия, сошедшие на уровень одиночных огневых контактов и рейдов, были прекращены после подписания Дагомысских соглашений. Дагомысские соглашения предусматривали прекращение огня и создание органа для урегулирования конфликта – Смешанной контрольной комиссии (СКК), в которую вошли грузинская и югоосетинская (в грузинских источниках называемая «цхинвальской») стороны, Россия и в качестве отдельной стороны – Северная Осетия.
13 июля 1992 года были прекращены артобстрелы Цхинвала. 14 июля 1992 года в зону конфликта были введены миротворческие силы в составе трех батальонов (российского, грузинского и осетинского).
2 февраля 1993 года произошло принятие концепции социально-экономической и культурной интеграции севера и юга Осетии. 6 марта 1993 года Верховный Совет СевероОсетинской ССР признал Республику Южная Осетия. В октябре 1993 года Верховный Совет Республики Южная Осетия принял отставку своего председателя Тореза Кулумбегова. Председателем Верховного Совета Республики Южная Осетия – руководителем страны – стал ректор Юго-Осетинского государственного педагогического института доктор исторических наук, профессор Людвиг Алексеевич Чибиров.
14 сентября 1993 года было заключено российско-грузинское соглашение о восстановлении экономики Южной Осетии.
В сентябре 1993 года Звиад Гамсахурдиа вернулся в страну и возглавил вооруженные отряды своих сторонников, действовавшие в Западной Грузии (Зугдиди). До конца октября звиадисты без боя заняли всю территорию Самегрело (Мингрелии), часть Имерети и Гурии. Для сохранения своей власти Шеварднадзе был вынужден обратиться за военной помощью к России в обмен на подписание договора о вхождении Грузии в Содружество Независимых Государств и согласие на участие России в миротворческих операциях в Южной Осетии.
2 ноября 1993 года очередная сессия Верховного Совета приняла Конституцию Республики Южная Осетия. Этот день является Днем Конституции Республики Южная Осетия.
27 мая 1994 года прошли выборы в Верховный Совет Республики Южная Осетия. Большинство голосов получила Коммунистическая партия Южной Осетии. Получив поддержку депутатов компартии, беспартийный Людвиг Чибиров был вновь избран председателем Верховного Совета. В августе 1994 года Чибиров подал в отставку, однако депутаты проголосовали за то, чтобы Чибиров остался на своем посту.
30 октября 1995 года в Цхинвале состоялась первая грузино-осетинская встреча с участием представителей России, Северной Осетии и ОБСЕ. Была достигнута договоренность аннулировать решение Верховного Совета Грузии о ликвидации автономии Южной Осетии и решения Верховного Совета Южной Осетии о выходе из состава Грузии. Начался переговорный процесс между Южной Осетией и Грузией.
17 апреля 1996 года на осетино-грузинских переговорах в Цхинвале был выработан текст меморандума о неприменении силы, предотвращении дискриминации по этническому принципу и возвращении беженцев. 16 мая 1996 года в Москве был подписан Меморандум о мерах по обеспечению безопасности и укреплению взаимного доверия между сторонами в грузино-осетинском конфликте.
27 августа 1996 года состоялась первая официальная встреча во Владикавказе председателя парламента Южной Осетии Людвига Чибирова и президента Грузии Эдуарда Шеварднадзе. По окончании встречи Шеварднадзе заявил, что, хотя «об автономии говорить рано», он не исключает в будущем возможности получения Южной Осетией статуса автономной республики с собственным парламентом и другими структурами управления. В совместном заявлении по итогам встречи утверждалось, что «стороны наметили пути дальнейшего развития процессов полномасштабного урегулирования грузино-осетинского конфликта, отметив в этом контексте важность взаимоприемлемого разрешения государственно-правового аспекта урегулирования».
Несмотря на это, грузинские власти продолжали рассматривать Южную Осетию как свою административную единицу – Цхинвальский регион, но до прихода к власти Михаила Саакашвили активных действий по восстановлению контроля над Южной Осетией не предпринимали.
10 ноября 1996 года первым президентом Южной Осетии был избран Людвиг Чибиров.
4 марта 1997 года начались полномасштабные переговоры по мирному урегулированию между Республикой Южная Осетия и Грузией.
22 декабря 2000 года было подписано российско-грузинское межправительственное соглашение о взаимодействии в восстановлении экономики в зоне грузино-осетинского конфликта и возвращении беженцев.
6 декабря 2001 года президентом Южной Осетии после двух туров голосования был избран Эдуард Кокойты.
15 января 2002 года парламент Южной Осетии принял поддержанное президентом Кокойты постановление просить российские власти принять Южную Осетию в состав России.
Дагомысские соглашения дали минимальные гарантии безопасности в регионе. В результате мирного переговорного процесса периода 1992–2004 годов Грузия и Осетия договорились о взаимном признании автомобильных номеров, заработали совместные грузино-осетинские рынки, наладилось транспортное сообщение между Тбилиси и Цхинвалом, начали восстанавливаться экономические контакты между грузинскими и югоосетинскими селами. А главное – забрезжила отчетливая перспектива успешного завершения мирного переговорного процесса и установления в регионе мира и порядка.
