Из Морского министерства в 1827 г. был выделен Морской штаб ЕИВ, которому подчинялись главные командиры Балтийского и Черноморского флотов и портов, центральные органы управления личным составом, а хозяйственные учреждения оставались в ведении морского министра. С января 1831 г. этот орган именовался Главным Морским штабом. Такое раздвоение морского управления продолжалось недолго, и в августе 1831 г. пост министра вообще упразднили, а начальник ГМШ стал полновластным руководителем морского ведомства, причем ему напрямую подчинялись все хозяйственные экспедиции, а Адмиралтейств-совет стал чисто совещательным органом[65]. Официально это объяснялось тем, что четырехлетний великий князь Константин Николаевич (1827–1892) был назначен генерал-адмиралом и считался главой флота. С 1829 г. начальником Морского штаба и фактическим руководителем флота становится А.С. Меншиков (потомок сподвижника Петра Великого), интриге которого приписывали упразднение поста морского министра. С 1839 г. Адмиралтейств-совету были вновь подчинены хозяйственные учреждения ведомства[66].
С началом Крымской войны А.С. Меншиков был назначен командующим русскими войсками в Крыму и управление флотом переходит в руки Константина Николаевича, хотя формально он получил права министра лишь в 1855 г.[67] Морское ведомство одним из первых в «эпоху великих реформ» подверглось коренной реорганизации. Ломка прежней структуры началась уже в 1860 г. Одной из целей нового «главного начальника флота и морского ведомства» было продемонстрировать возможность управлять ведомством на новых, либеральных началах. Стремление убедить Александра II и его ближайшее окружение в чудодейственной силе реформ привело Константина Николаевича к необходимости дать слишком поспешное обещание, что бюджет его ведомства не превысит 16,5 млн рублей в год. Это привело к режиму строжайшей экономии, в результате осуществления которого флот резко сократился. Судостроение в должных объемах не велось. Центральный аппарат был полностью реорганизован, ГМШ — упразднен. Теперь во главе флота и морского ведомства стоял генерал-адмирал, которому непосредственно подчинялись главные командиры флотов и портов, центральное управление личным составом, а управляющий Морским министерством заведовал хозяйственной частью. Основными подразделениями министерства продолжали оставаться департаменты, самостоятельно распоряжавшиеся финансовыми средствами в пределах сметы. Портовые управления получили значительную хозяйственную самостоятельность. Кораблестроение оказалось поделено между двумя департаментами: Кораблестроительно-Техническим, занимавшимся проектированием кораблей (он унаследовал функции Пароходного комитета, созданного еще в 1842 г.), и Кораблестроительным, осуществлявшим надзор за ходом работ. Тогда это нововведение было оправдано, так как бурное развитие техники в отечественном флоте только начиналось, и необходимо было дать возможность немногим специалистам сосредоточиться на решении технических вопросов. В то время в России практически не существовало собственного производства паровых машин, броневой стали и многих других новинок, поэтому одной из главных функций офицеров Кораблестроительно-Технического департамента было наблюдение за исполнением заказов за границей, и в повседневной деятельности они не были тесно связаны с Кораблестроительным департаментом, наблюдавшим за судостроением в России.
К 1867–1869 гг. был приурочен новый этап реорганизации ведомства. Великий князь Константин Николаевич с 1865 г. занимал пост председателя Государственного совета, а в 1862–1863 гг. был наместником Царства Польского. Новые обязанности вызвали охлаждение к повседневным делам морского ведомства, и поэтому управляющий Морским министерством получил права министра с передачей ему функций руководства всеми центральными учреждениями, причем сам управляющий подчинялся генерал-адмиралу. Кроме того, стремление экономить во что бы то ни стало привело к упразднению большинства департаментов и объединению всех хозяйственных дел в Канцелярии Морского министерства, превратившейся в главный орган управления ведомством. Естественно, что справляться со своими обязанностями директор Канцелярии мог только до тех пор, пока флот был невелик. Кораблестроительно-Технический департамент был упразднен, а его функции переданы Морскому Техническому комитету, ставшему коллегиальным учреждением. Получившаяся в результате структура центрального управления морским ведомством получила впоследствии название системы 1867 г.
В 1881 г. Константин Николаевич после смерти старшего брата вынужден был покинуть пост главного начальника флота и морского ведомства. Его сменил брат нового императора Александра III великий князь Алексей Александрович (1850–1908). Как и его дядю, Константина Николаевича, Алексея Александровича с детства готовили к роли будущего вождя русского флота. В 1871 г., когда великому князю исполнился двадцать один год, он был назначен старшим офицером фрегата «Светлана», на котором совершил плавание в Северную Америку, обогнул мыс Доброй Надежды, посетил Китай и Японию и побывал во Владивостоке. Алексей Александрович принял участие и в русско-турецкой войне 1877–1878 гг., наводя переправу через Дунай. 13 июля 1881 г. великий князь занял пост главного начальника флота и морского ведомства, а в 1888 г. получил чин генерал-адмирала.
Управляющим Морским министерством и правой рукой нового главного начальника флота стал вице-адмирал И.А. Шестаков (1820–1888). Его карьера сделала несколько резких поворотов. В 1836 г. гардемарин Морского корпуса, несмотря на успехи в учебе, был исключен за дисциплинарный проступок, но не оставил мечту о море и поступил юнкером в Черноморский флот в пору его расцвета. И.А. Шестаков участвовал в нескольких боевых операциях, в том числе и в высадке у мыса Адлер в 1837 г. Молодой человек был замечен адмиралом М.П. Лазаревым, стал его адъютантом, а в 1854 г. становится адъютантом великого князя Константина Николаевича и исполняет несколько важных поручений, связанных со строительством новейших кораблей как в России, так и в США. Позднее он командует русским отрядом в Средиземном море, занимает пост помощника командира Кронштадтского порта по морской части. Казалось бы, И.А. Шестакову предстоят новые высокие назначения, но в 1866 г. он оказался градоначальником в городе Таганроге, потом был два года Виленским губернатором, а затем и вовсе вышел в отставку, но в 1872 г. И.А. Шестаков снова на службе в качестве военно-морского агента в Австро-Венгрии и Италии. Когда в 1881 г. ведомство возглавил великий князь Алексей Александрович, И.А. Шестаков был вызван в Петербург и вскоре стал управляющим Морским министерством.
В начале 1880-х годов необходимость увеличения морских сил была очевидна, как и непригодность старых учреждений для руководства растущим флотом, а поэтому в 1884–1886 гг. проводятся серьезные преобразования в системе управления ведомством. Новое устройство центральных учреждений Морского министерства было введено «высочайше утвержденным» 3 июня 1885 г. «Положением об управлении морским ведомством». Впоследствии введенная этим «Положением…» структура управления получила название системы 1885 г. Иногда ее ошибочно называли системой 1884 г. или системой 1886 г.
Реформируя морское управление, тогдашнее руководство свои первоочередные задачи видело в борьбе со злоупотреблениями на местах, освобождении строевых начальников от обременительных административно-хозяйственных, «бумажных» функций и поднятии престижа «плавающего» флота. Полная хозяйственная самостоятельность портов часто приводила к закупкам предметов снабжения у поставщиков по завышенным ценам и «нехозяйственному» ведению дел. В заграничные плавания, поучительные и хорошо оплачиваемые, посылались немногие «фавориты», а большинство флотских офицеров не ходили дальше Финского залива. Стремление дать «понюхать океанской соли» как можно большему числу офицеров привело к введению так называемого плавательного ценза, когда ни один офицер не мог получить следующий чин, не проплавав определенное количество месяцев[68]. На практике же цензовая система привела к постоянным перетасовкам командного состава, чтобы пропустить через немногочисленные корабли как можно большее число кадровых военных моряков. Морской ценз требовал для получения чина мичмана не менее четырех летних плаваний и в том числе одного продолжительностью не менее четырех месяцев в звании гардемарина, то есть учащегося Морского корпуса выпускного курса. Для производства в лейтенанты было необходимо иметь в общей сложности 50 мес. плавания, включая плавание в бытность кадетом и гардемарином. Для производства в капитаны 2-го ранга требовалось 98 мес. плавания, в том числе 58 мес. (до 1891 г. требовалось 48 мес.) в чине лейтенанта. Для производства в капитаны 1-го ранга было необходимо проплавать 12 мес. старшим офицером корабля и прокомандовать не менее 12 мес. кораблем 2-го ранга в плавании. Для производства в контр-адмиралы необходимо было командовать четыре года кораблем 1-го ранга и совершить в этом звании внутреннее плавание, продолжавшееся 8 мес, или заграничное, продолжавшееся не менее 12 мес. Для производства в вице-адмиралы контр-адмирал в должности начальника отряда или эскадры обязан был совершить 12 мес. внутреннего плавания или 24 мес. заграничного. При определении цензовых сроков «день за день» считалось только пребывание на корабле в открытом море в «заграничном» плавании. Если судно стояло на якоре или плавало во внутренних водах — применялись понижающие коэффициенты. Офицеры и адмиралы не могли служить непрерывно на берегу дольше определенного срока: адмиралы — 10 лет, штаб-офицеры — 7, обер-офицеры — 4 года, по истечении которых они подлежали назначению на корабли или зачислению в запас. Одновременно с морским цензом впервые в русском флоте были введены правила о предельном возрасте. Мичман увольнялся в запас через 10 лет службы в этом чине; лейтенант — по достижении 47 лет от роду; капитан 2-го ранга — 51; капитан 1-го ранга — 55; контр-адмирал — 60; вице-адмирал— 65 лет. Первоначально правила о предельном возрасте были установлены лишь для строевых офицеров; затем они были распространены на прочие категории служащих морского ведомства[69].
