Еще одним недостатком системы 1867 г. было то, что боевой флот не имел органа оперативного руководства. Незначительное по числу сотрудников Военно-морское отделение Канцелярии Морского министерства занималось исключительно вопросами «русской и иностранной статистики», то есть разведкой и сбором самых общих сведений о своем флоте. Смешение функций управления личным составом, техникой и хозяйством в Канцелярии Морского министерства породили стремление разделить эти отрасли управления, для чего необходимо было создать соответствующие компетентные органы.
Система 1885 г.[70] в целом просуществовала до октября 1911 г. Она и стала объектом реформирования в период между русско-японской и Первой мировой войнами. В середине 80-х годов XIX в. был сохранен пост генерал-адмирала как главы флота и морского ведомства, и ему непосредственно подчинялся управляющий министерством. Высшим коллегиальным учреждением, формально руководившим ведомством, был Адмиралтейств-совет, члены которого назначались царем по представлению генерал-адмирала. Председателем совета был генерал-адмирал, а вице-председателем — управляющий министерством. Совет рассматривал проекты новых законов, штатов, постановлений, наказов (кроме относящихся к судебной части), утверждал финансовую смету, разрешал отступления от утвержденных предположений по хозяйственным операциям, решал вопросы о несостоятельности подрядчиков и поставщиков, рассматривал претензии частных лиц к казне и, наоборот, решал все дела по хозяйственной части, превышавшие компетенцию управляющего министерством, исполнял функции высшего призового суда в военное время и рассматривал любые другие вопросы, вынесенные на обсуждение управляющим министерством[71]. После рассмотрения в Адмиралтейств-совете законопроекты подлежали обсуждению Государственного совета и только затем попадали к императору. В отличие от морского ведомства, существовавший в Военном министерстве Военный совет направлял свои законопроекты непосредственно царю, минуя Государственный совет. После появления в России Государственной думы неравноправие Военного и Адмиралтейств-советов вызвало ряд столкновений в Совете министров. Любопытно, что в период подготовки реорганизации Морского министерства в 1905–1911 гг. значение Адмиралтейств-совета зачастую преувеличивалось. Особенно грешили этим офицеры МГШ, приписывавшие этому учреждению «общее направление дел» в морском ведомстве, а морскому министру оставлявшие только ответственность по распорядительной части. В действительности, конечно, роль Адщиралтейств-совета была гораздо скромнее. Выдающийся кораблестроитель А.Н. Крылов, занимавший пост председателя МТК в 1908–1910 гг., характеризовал его как «по идее весьма важное учреждение, призванное к руководству флотом, а на деле последовательно сведенное если не на нет, то к решению мелочных хозяйственных дел»[72].
Говоря о других подразделениях министерства, следует назвать в первую очередь ГМШ. Этот орган был воссоздан в 1885 г. и призван руководить строевой и учебной частями и боевой подготовкой «плавающего» флота. Начальник штаба становился третьим лицом в морском ведомстве, после генерал— адмирал а и управляющего министерством. Он получал право инспекции кораблей и береговых команд. Таким образом, главные командиры флота и портов оказывались в определенной степени под надзором начальника ГМШ, хотя их взаимоотношения не были четко определены. В состав штаба первоначально входили: Военно-морской отдел и Отдел личного состава. ВМО поначалу состоял из трех отделений — Военно-морского, Распорядительного и Статистического. В 1891 г., с упразднением Морского учебного комитета, ВМО был переименован в Военно-морской ученый отдел, дополнительными обязанностями которого стало руководство учебными заведениями морского ведомства и наблюдение за изданием «Морского сборника»[73]. Позднее в его составе была образована Стратегическая часть, с возложением на нее разработки планов войны, однако в силу малочисленности она не смогла выполнить своего предназначения в 1904–1905 гг.[74] В 1894 г. предполагалось, что «Стратегическая часть должна была составлять ведомости о степени боевой готовности кораблей и состоянии пароходов Добровольного флота, и коммерческих обществ, планы их мобилизации, флотских маневров; ей предписывалось изучение новинок тактики, техники и вооружения за границей, зарубежных портов, статистики морской торговли, а также ведение дел "по приготовлению к военным действиям нашего флота в случае разрыва с какой-либо из иностранных держав"»[75].
При правильной постановке работы ВМУО его штаты и структура были бы вполне достаточны для того, чтобы нести функции Генерального штаба флота в 1880 — начале 1890-х годов, когда численный состав боевых сил был мал, а при столкновении с «морскими державами» России пришлось бы ограничиться обороной отдельных пунктов побережья и посылкой крейсеров в океан с целью нарушения вражеского судоходства. Со временем, когда к началу XX в. русский флот вырос, перед ним встали более масштабные задачи. Теперь уже можно было говорить о борьбе на равных с флотами некоторых второстепенных морских держав, например Японии. Зимой 1901–1902 гг. в Николаевской Морской академии прошла стратегическая игра для Дальневосточного театра, причем посредники пришли к выводу, что неудачные для русской стороны действия объяснялись отсутствием плана войны. 20 ноября 1902 г. начальник ВМУО контр-адмирал Андрей Андреевич Вирениус представил тогдашнему начальнику ГМШ Зиновию Петровичу Рожественскому доклад о необходимости создания при ВМУО особого Оперативного отделения, основной задачей которого стала бы разработка плана войны, «который должен представлять собою ряд заблаговременных соображений и расчетов, обеспечивающих флоту быстрый переход с мирного положения на военное и определяющий, какую первую задачу (до первого столкновения) можно преследовать»[76]. А.А. Вирениус в 1902 г. замечал, что насущная необходимость службы Генерального штаба в русском флоте появилась не более пяти лет тому назад, примерно со времени занятия Порт-Артура, когда «ясно и определенно обозначились наши три вероятных и самостоятельных театра войны»[77]. Проект пошел по инстанциям и 29 ноября 1903 г. Государственный совет одобрил изменение структуры ВМУО, император утвердил это решение 2 февраля 1904 г., на седьмой день русско-японской войны[78]. Однако на практике разделение ВМУО на Распорядительно-учебную часть и Оперативное отделение произошло несколько раньше, в самом начале 1904 г. и вскоре Оперативное отделение стали именовать Стратегической частью. Не исключено, что дополнительным толчком для инициативы А.А. Вирениуса послужила реорганизация Главного Морского штаба французского Морского министерства. 31 января 1902 г. из ведения французского ГМШ были изъяты кадровые вопросы и офицеры, служащие в этом органе, смогли сосредоточиться исключительно на разработке военных планов[79].
Первым заведующим Стратегической частью стал капитан 1-го ранга Лев Александрович Брусилов (1857–1910). Он начал службу в 1875 г., поступив юнкером на Черноморский флот, где и прослужил без малого двадцать пять лет. С 1899 г. по февраль 1904 г. Л.А. Брусилов служил на Тихом океане, а в самом начале русско-японской войны получил назначение в Петербург. В течение шести месяцев он пытался оказывать влияние «из-под шпица»[80] на деятельность боевых сил флота, но, видя безуспешность этих попыток, перевелся в действующий флот командиром броненосного крейсера «Громобой»[81]. Впоследствии Л.А. Брусилов стал первым начальником вновь образованного МГШ.
В 1904 г. в составе ГМШ появилась Законодательная часть, которая должна была разрабатывать и докладывать в Адмиралтейств-совете законопроекты, касающиеся морского ведомства. Положение Законодательной части оказалось довольно сложным: с одной стороны, ее чиновники, имевшие основательную юридическую подготовку, могли грамотно составить законопроект, но в силу незнания специфики морской службы и нюансов военно-морского управления зачастую эти законопроекты оказывались бесполезными и даже вредными для практической деятельности флота. Несмотря на это, Законодательная часть и в период преобразований 1905–1914 гг. ревниво оберегала свою монополию на законотворческую деятельность, что приводило к трениям с другими подразделениями Морского министерства.
Получил свою окончательную организацию в 1885 г. и МТК. Его председатель фактически занял пост главного судостроителя русского флота, а сам комитет был разделен на инспекции по специальностям: Кораблестроительную, Механическую, Артиллерийскую, Минную (в ведении которой находилось также и все электрооборудование на кораблях). Некоторое время существовал также Морской Строительный комитет, ведавший проектированием береговых сооружений, но в 1891 г. он был упразднен, а его дела переданы во вновь созданную Главную инспекцию строительной части МТК. В комитете разрабатывались проекты кораблей, а распределение заказов, закупка материалов, выдача нарядов на работы и другие хозяйственные дела были переданы вновь образованному Главному управлению кораблестроения и снабжения. Кроме того, ГУКИС заготавливал все предметы материально-технического и интендантского снабжения для флота — от угля до мундирного сукна и для всех портов — от Либавы до Владивостока. Система централизованного снабжения создавалась для прекращения злоупотреблений и бесхозяйственности на местах. В состав ГУКИС входили отделы: Сооружений (ведал строительством кораблей и береговых сооружений, был создан после упразднения Морского Строительного комитета в 1891 г.)., Заготовлений (заготовка любых материалов и припасов) и Счетный (составление сметы и отпуск средств)[82]. В портах аналогом ГУКИС стали портовые конторы, а функции МТК исполняли главные техники (в главных портах), старшие техники (в портах первого разряда) или техники (в портах второго разряда). Создание этого органа вызвало в начале 80-х годов XIX в. наибольшие споры. Протесты вызывала крайняя централизация и отсутствие независимого контроля над хозяйственной деятельностью ГУКИС, так как проверки Государственного контроля были достаточно формальными и не могли гарантировать хозяйственную целесообразность всех его распоряжений.