К сентябрю 1943 года в работе над Проектом особого оружия появились первые серьезные достижения: с помощью первого работающего атомного реактора были проведены опыты по контролируемой реакции деления атомного ядра и была доказана роль медленных нейтронов в инициировании цепной реакции внутри вещества, способного к делению. С успехом была продемонстрирована работоспособность принципа обогащения урана с целью создания нового химического элемента, более активно участвующего в реакции деления, и в Германии начал работать первый реактор. Впервые появилась уверенность, что атомное оружие, пригодное к применению в боевых условиях, станет реальностью, а опыт последних двух лет военных действий показал, что война продлится достаточно долго, для того чтобы эту бомбу можно было и построить, и использовать.
Гитлеру почти каждую неделю докладывали о ходе работ ученых-ядерщиков. В его речах появились заявления, в которых содержался намек на некое новое «супероружие, перед которым не устоит ни одно государство на Земле». По мере того как союзные войска все ближе и ближе подходили к границам рейха, по мере того как возрастала интенсивность ударов с воздуха, наносимых английскими и американскими бомбардировщиками, Гитлер все активнее и активнее участвовал в процессе создания нового оружия, и наконец на передний план вышел вопрос, какой объект должен стать первой целью для этой чудовищной бомбы.
К январю 1944 года объединенными усилиями нескольких заводов Гейзенберга по получению урана-235 и по его обогащению было получено несколько килограммов расщепляющегося вещества, и фюреру доложили, что в течение двух — четырех месяцев для проведения испытаний будут изготовлены две ядерных бомбы. Как это было в обычае Гитлера, он приказал, чтобы испытания проводились на реальных объектах. Когда о возможностях первых атомных бомб были проинформированы военачальники из высшего военного руководства, последние предложили, чтобы бомбы были использованы для удара по группировке частей Красной Армии, сосредоточенных в Белоруссии против группы армий «Центр», а также по участку предполагаемой высадки союзников во Франции. Гитлер об этом и слушать не захотел. Это новое оружие будет применено против крупных городов противника с целью сломить волю к сопротивлению и совершить акт возмездия за разбомбленные города Германии. После того как Гитлер выразил свою волю в отношении объектов нанесения удара, началась работа по планированию операции с применением первых двух бомб.
Первый этап планирования включал в себя подбор целей для нанесения удара. Следующим этапом должна будет стать подготовка экипажей бомбардировщиков в части особых требований по подготовке и обращению с атомным оружием, по наведению на цель и бомбометанию. Подверглась модификации и конструкция бомбардировщиков. Теперь они могли нести почти 4 500 кг бомбового груза, и габариты их бомбового отсека позволяли разместить в нем бомбы увеличенного объема, а экипаж самолета имел возможность, находясь в воздухе, поставить бомбу на боевой взвод, а в случае необходимости и вывести ее из этого состояния.
Пилоты и разработчики операции узнали, что наибольший эффект от применения ядерного оружия достигается, если бомба будет взорвана на некоторой высоте над целью: основным поражающим фактором атомного взрыва является гигантская ударная волна, которая имеет сферическую форму и расширяется вплоть до контакта с землей. Земная поверхность отражает волну, направив ее против себя самой. В результате наложения волн образуется результирующая волна, которая будет стремительно расходиться от эпицентра взрыва, сметая все на своем пути. Ученые также упоминали необычайно высокие температуры и ионизирующую радиацию, которая явится результатом взрыва бомбы, но пока что было неизвестно, каким будет поражающее воздействие этих факторов на объект, выбранный для нанесения удара.
После последней конференции глав союзных государств, состоявшейся в Тегеране в декабре 1943 года, усилия западных союзников были сосредоточены на разрушении ударами с воздуха промышленности Германии и на подавлении воли к сопротивлению у ее населения. Наземные силы союзников вели наступление на Восточном фронте и медленно продвигались вдоль Апеннинского полуострова в Италии. Чтобы уменьшить сопротивление, оказываемое противником наступающей Красной Армии, союзники намеревались как можно скорее открыть Второй фронт в континентальной Европе. На Тихом океане после своих поражений в Мидуэе, а позже на Гуадалканале, а еще позже — на островах Джильберта и Маршалловых островах японцы оказались лицом к лицу перед неизбежной угрозой массированных морских наступлений, и теперь союзники стояли у порога их ключевых баз в Сайпане, на Формозе и на Филиппинах.
Только в марте 1944 года на Берлин пролился огненный ливень из более чем 2 000 тонн фугасных и зажигательных бомб, и ни у кого не вызывало сомнения, что налеты военно-воздушных сил США и Великобритании еще только достигают максимума своей интенсивности. Не менее ясно было и то, что противовоздушная оборона Германии оказывается не в состоянии остановить авиацию союзников.
В своих тщательно законспирированных обменах информацией с Рузвельтом Черчилль искал способ выяснить, как далеко вперед ушел Гитлер в создании атомной бомбы. Из данных радиоперехвата можно было заметить, что в переговорах между собой немцы касаются любых тем, кроме вопросов ядерной физики, и это молчание само по себе было достаточно красноречивым. Большая часть обнаруженных лабораторий и производственных мощностей уже стала целью нанесения бомбовых ударов или атак диверсионных групп, и тем не менее было ясно, что лихорадочная активность вокруг данного направления по-прежнему не утихает. Черчилль был уверен, что решение этой загадки — вопрос времени, и достаточно недолгого. В тех пределах, которые он считал допустимыми, Рузвельт старался дать как можно более полную информацию о ходе работ по Манхэттенскому проекту и сообщал, что, по его оценке, пригодное к применению ядерное оружие может быть получено несколько позже, в 1944 году. Ни тот, ни другой государственный деятель не был уверен в том, что они сумеют нанести удар раньше немцев, а если учесть быстро приближающуюся дату вторжения в континентальную Европу, то вероятность немецкой ядерной атаки оказывала сильное влияние на подготовку операции. Вся Англия представляла собой один большой исходный рубеж, с которого должна была начаться самая крупная десантная операция, которую знала история, и здесь все зависело от фактора внезапности, от хорошей погоды, от превосходства в воздухе и от удачи.