Ar-234 V19 доставил специалистам из Бурга большое количество проблем. Они в основном касались двигателей и установленных на них «стартеров Riedel». Характеристики самолета были оценены как «отличные», однако его возможности снижал фюзеляж. Оказалось, что горизонтальный полет с максимальной скоростью невозможен, так как хвост самолета начинал вибрировать. Считалось, что Ar-234С имеет избыток тяги, а расчетная максимальная скорость на уровне 800-850 км/час была слишком высока. При полетах с использованием полной тяги двигателей управление становилось очень трудным. Появлялись проблемы подобные тем, что проявились во время испытаний Ме-262. Связано это было с приближением к звуковому барьеру. В январе 1945 года программа испытаний была завершена, а самолет в дальнейшем планировалось использовать для испытаний стреловидных крыльев по программе «Veruchflugel II».
Последний перелет Ar-234 V19 произошел в апреле 1945 года. В этот день, в 8.00 в Бурге ожидался налет союзнической авиации. В такой ситуации пилот решил стартовать двумя часами ранее, отдавая себе, отчет о проблемах которые были связаны с двигателем №4, а также указателем уровня топлива. На трех работающих BMW 003 без особых проблем самолет взлетел и достиг Монатих-Обервесенфельда. На следующий день уже с использованием четырех двигателей, а также дополнительных стартовых ускорителей Walter 109 500, самолет стартовал с короткой (1300 м) травяной полосы в Фюрстенфелдбрюк (Furstenfeldbruck). К сожалению эта авиационная база была разбомблена и большинство находящихся там самолетов было уничтожено, но Ar-234 V19, который стоял в некотором отдалении от взлетно-посадочной полосы, остался неповрежденным. Спустя несколько дней, после необходимого ремонта взлетной полосы, самолет вылетел в Нюрнберг, где присоединился к Ar-234 VI4. Через пару дней, из-за приближения неприятельских войск, Ar-234 V19 был взорван в лесу Хофолдингер (Hofoldinger).
Уже 5 ноября 1944 года к Ar-234 V19 присоединился практически идентичный ему Ar-234 VI9 (PI+WY, W.Nr 130030). Во время первого полета за его штурвалом сидел Йансен. Этот самолет не летал слишком долго – тремя днями позже руливший по полосе истребитель FW-190 таранил стоявший невдалеке прототип. Йансен находившийся в этот момент в кабине Ar-234 V20, получил легкое ранение. Только в январе 1945 года самолет был отремонтирован и мог продолжить испытательные полеты. Теперь на нем проводились всякого рода испытания шасси, а после перегона в Рехлин – пробы стартов в перетяжеленной конфигурации. Вскоре самолет возвратился в исследовательское подразделение фирмы «Арадо». Но когда к нему начали приближаться советские войска , Ar-234 V 20 был эвакуирован, сначала на аэродром Бранденбург-Брест, а затем в Весендорф, куда попал вместе с одним из подразделений исследовательского отдела, скрытого под кодовым названием Heidfahrten GmbH. Здесь он был сильно поврежден во время налета союзнических бомбардировщиков 4 апреля 1945 года. Вместе с ним был уничтожен и Ar-234 VI2.
Третьим прототипом серии «С» был Ar-234 V21 (PI+WZ, в тот период когда на нем летал Йансен, или RK+EK – когда летал Эйхем, W.Nr 130061) оснащенный четырьмя двигателями BMW 003А-1. Этот самолет был одновременно и первым образцовым экземпляром Ar-234 С-3, хотя и не имел перископа. Первый полет эта машина совершила 24 ноября 1944 года, под управлением Йансена. Ar-234 V 21 имел кабину, которая предусматривалась для серийных машин, а также комплект вооружения, из двух стреляющих вперед пушек MG 151/20 (размещенных в нижней части кабины пилота), и двух таких же пушек стреляющих назад (размещенных в задней части фюзеляжа). Вероятнее всего это был единственный экземпляр Ar-234 С, который имел обе пары пушек. Даже построенные Ar-234 С-3 вооружались только передней парой пушек, несмотря на имевшиеся лафеты для задних MG 151/20. После испытания вооружения, прототип Ar-234 V21 был передан на испытания оборудования. Испытания завершились в конце января, после чего самолет должен был быть переделан получив стреловидные крылья ламинарного профиля – «Veruchflugel IV». Решение предать его для проведения этой программы было принято 30 апреля 1945 года, а окончание работ по его переделке планировалось на 31 мая 1945 года. Несложно понять, что из этих планов ничего не вышло.
Карточка из заводской документации Е-560 – развитие концепции «Блица». В колонке №1 таблицы перечислено предполагаемое вооружение, в колонке №2 – подвеска, а в колонке №3 – бронирование самолета.
Следующие четыре прототипа были построены в соответствии со стандартом С-3. Ar-234 V22 (PK+EL, W.Nr 130062) совершил первый полет 1 января 1945 года, под управлением Эйхема. Самолет принимал участие в испытаниях оборудования до марта 1945 года, после чего его передали на переделку под два двигателя Henkel HeS 001, планируя закончить эти работы 31 мая 1945 года. Однако война окончилась тремя неделями раньше, и этот проект так и остался на бумаге. Ar-234 V23 (РК+ЕМ, W.Nr 130063), снова пилотируемый Эйхемом, поднялся в воздух через две недели после Ar-234 V22 – 14 января 1945 года. На самолете до конца января испытывалось кислородное оборудование кабины. После переделки этот самолет, должен был стать первым экземпляром нового истребителя Ar-234 C-3/N. Йансен «отметился» во время первых полетов двух следующих прототипов – Ar-234 V24 (PK+EN, W.Nr 130064) и Ar-234 V25 (РК+ЕО, W.Nr 130065). Первый из них взлетел 12 января с полетным заданием – испытание кислородного оборудования кабины. Из этой программы самолет был исключен в середине февраля 1945 года, так как его планировалось переделать в штурмовой вариант, с усиленным бронированием. Силовая установка первоначально должна была состоять из четырех BMW 003А-1. Позже их планировали заменить двумя Jumo 004 или HeS 011. Планировавшаяся дата окончания переделки, также как и в предыдущем случае оказалась слишком отдаленной. 31 мая 1945 года – это было уже значительно позже капитуляции Германии. Под конец войны этот самолет, вместе с несколькими другими, находился на заводах фирмы «Арадо» в Варнемюнде, где проходил программу летных испытаний до 4 апреля 1945 года. Позже самолет перевезли в Кальтенкиршен в Шлезвиг-Гольштейне. Здесь же он и был уничтожен в начале мая, чтобы не отдавать его в руки наступающих британских войск. Ar-234 V25 совершил свой последний полет (с Гюнтером Эйхемом за штурвалом) 1 мая 1945 года.
Под конец войны в планах и в процессе постройки находилось еще несколько десятков прототипов, правда, далеких от окончания. Известны по серийным номерам два. Ar-234 V26 (W.Nr 130066) должен был быть оснащен четырьмя двигателями BMW 003А-1 и крыльями «Veruchflugel III». Ar-234 V27 (W.Nr 130067) – это в общем-то второй прототип Ar-234 C-3N. Оба прототипа вероятнее всего не были завершены до падения Германии. Только проектом остался и Ar-234 V28, на котором должны были проверяться летные характеристики, испытываться кислородное оборудование кабины и другое авиационное оборудование.
