В 1975 году Гэри закончил учебу и тут же поступил на годичные курсы бальзамирования, чтобы получить лицензию. Он продолжал жить дома, регулярно посещая занятия в колледже «похоронных наук», легко заводил новых друзей и даже удостоился клички. Определенная часть занятий была посвящена похоронным обрядам, практикуемым в различных религиях. Поскольку Гэри был близко знаком с католическими традициями, его попросили поделиться знаниями с другими студентами. Очень скоро его стали называть «отцом Томасом».
Учился Гэри отлично и, одолев программу всего за девять месяцев, нанялся подмастерьем в похоронную фирму в Саут-Сити. Затем, в 1977 году, получил лицензию бальзамировщика и перебрался в похоронный зал в Лос-Альтосе. При фирме был небольшой дом, поселившись в котором, Гэри впервые начал жить самостоятельно.
Обучаясь бальзамированию, Гэри открыл для себя «чудо человеческого тела как системы». Его особенно поражало устройство кровеносной системы, которую бальзамировщики сначала дренировали, а затем использовали для закачки бальзамирующего раствора. Гэри уже не испытывал неприятных ощущений оттого, с чем имел дело — можно сказать, постоянный «контакт» со смертью помогал развитию духовной стороны его жизни. Часто, устанавливая глазные колпачки (небольшие пластмассовые приспособления с зубчиками по краям, которыми смыкают веки), он ловил себя на том, что смотрит в безжизненные глаза покойника. Сделав так в первый раз, он обнаружил странную особенность этого взгляда — мертвого, лишенного присутствия. Для Гэри это ощущение было явным доказательством существования жизни вечной — того, что после смерти душа покидает тело.
Тогда, в Лос-Альтосе, к Гэри вернулось то, что он считал давно позабытым. Он снова всерьез задумался о карьере священника. Хотя работа приносила хороший заработок, где-то в глубине души росло чувство, что он предназначен для чего-то другого. Гэри задался трудным вопросом: была ли избранная им жизненная стезя угодна Господу? Действительно ли ему предначертано служить в похоронной конторе?
Также следовало пересмотреть отношения с Лори. В конце концов он понимал, что по отношению к Лори будет нечестно и дальше ходить вокруг да около. Через пару недель сентябрьским днем они сели в машину и поехали на пикник в парк Вазона-Лейк. Лори понятия не имела для чего, разве только собиралась посмотреть наскальные надписи. Гэри уже целых пять месяцев намекал на свой интерес к переходу в священство, но Лори не обращала на это внимания. Она думала о другом. Вообще она ждала, что на свой двадцать первый день рождения получит в подарок обручальное кольцо. Оказавшись в парке, они нашли тенистую лужайку с видом на озеро. Какое-то время они сидели молча. Каждый видел впереди свой мир и каждый думал о совершенно разном будущем. Гэри представлял, как будет жить один, и видел себя священником, живущим в безбрачии на службе у одного Господа. Лори видела себя матерью и женой директора похоронной фирмы. Наступил момент — и Гэри посмотрел ей в глаза. Два мира вошли в противоречие. Хотя Лори было ошарашена, она понимала, что не может стоять у Гэри на пути.
Год, прошедший после разрыва с Лори, для Гэри стал периодом внутренней борьбы. Продолжая работать в похоронном бизнесе, он пытался определить, действительно ли Бог хочет, чтобы он избрал священство.
Летом 1978 года, в поисках ответа на вопрос «Почему Бог живет в каждом из нас?», он много раз встречался с директором по религиозным делам, отцом Джеймсом О'Шонесси. Однако решение подать документы в семинарию пришло к Гэри не раньше, чем он услышал один разговор. Слова об истинном призвании были сказаны в Лос-Альтосе, в колледже семинарии Сент-Джозеф. Тогда Гэри услышал, как священник Мэриан наставлял кого-то на выбор истинного призвания. «Отчасти это желание, отчасти — радость служить вместе с людьми, и отчасти — невозможность отдать себя иному пути, отличному от того, о котором говорит тебе сердце». Сказанные им слова удивительно сильно подействовали на Гэри. В тот день он принял решение поступить в семинарию.
Когда Гэри явился в родительский дом и сообщил эту новость, отец, ошарашенный таким выбором, сказал, что сын, видно, рехнулся, если идет в священники тогда, когда оттуда бегут, кажется, все нормальные люди. Гэри заявил, что тоже уйдет, если ему не понравится. Рэй оставил все как есть, понимая, что не может повлиять на решение сына. Мать Гэри, наоборот, испытывала радостное волнение. Она-то знала, что сын идет навстречу своему призванию.
В августе 1979 года Гэри поступил в семинарию Святого Патрика. Он попал в самый разгар перемен: в прошлые годы дисциплина только падала, и новый ректор, отец Говард П. Блейшнер (из конгрегации сульпициан), первым делом восстановил порядок, причем истинно железной рукой. В результате пребывание в семинарии оставило отцу Гэри крайне мало приятных воспоминаний.
Одним из немногих дел, которые действительно ему нравились, была работа в приходе, где он мог общаться с людьми.
Кроме прочего, такая работа привила Гэри вкус к его будущей жизни священника. Гэри любил находиться в людской гуще — в отличие от других семинаристов, предпочитавших блуждать в тумане умных рассуждений.
Он был природным коммуникатором и всей душой стремился к человеческому общению.
На третий год учебы в семинарии он начал работать в больнице «О'Коннор», где проводил до пятнадцати часов в неделю. Гэри специально попросил, чтобы его перевели в отделение для умирающих. Хотя большую часть жизни он находился рядом со смертью, опыт работы в больнице стал для Гэри чем-то совершенно новым. Никогда не забывая об обязанностях священника, призванного облегчать страдания, Гэри хотел знать, о чем говорят люди, находящиеся на самом краю и желающие лишь покоя. В отличие от некоторых священнослужителей, чуравшихся страдания, Гэри считал, что в подобных обстоятельствах людям остро необходимо его присутствие. В итоге, проведя рядом с умирающими много часов, он понял: иногда смерть — это опыт одиночества, и иногда лучше просто молчать.
Посвящение Гэри в духовный сан состоялось в Сан-Хосе в марте 1983 года, во время бури, одной из самых ужасных за двадцать лет. Буря застала родителей Гэри на шоссе. Храбро пробиваясь вперед сквозь дождевые потоки и ураганный ветер, они уже не надеялись успеть хотя бы к концу церемонии. Но, прибыв на место, они с изумлением увидели, что зал полон народа (хотя в начале бури вырубилось освещение, за десять минут до начала церемонии свет чудесным образом включился).
После их расставания Лори продолжала следить за успехами Гэри. Она еще не забыла этот разрыв и так переживала за Гэри, что не могла пропустить его рукоположение. Лори только что вышла замуж и потому взяла молодого супруга с собой.