Во время матча с Эйве в СССР, в газете «Известия» была опубликована телеграмма: «Не только как долголетний шахматный работнику но и как человеку понявший громадное значение того, что достигнуто в СССР во всех областях культурной жизни, шлю искренний привет шахматистам СССР по случаю 18-й годовщины Октябрьской революции. Алехин». Эмигрантские газеты реагировали на это крайне недоброжелательно, а после неудачного для Алехина завершения матча с Эйве не упустили случая позлословить об Алехине, который «битым отошёл к Советам». Алехин получил приглашение на международный турнир 1936 года в Москве, но не принял в нём участия.
На турнире в Ноттингеме в 1936 году Алехина снова постигла неудача — он занял лишь 6-е место, проиграв Капабланке, упустив ничью с Решевским и лишь вничью сыграв с двумя явными аутсайдерами.
Униженный поражением, Алехин поставил себе цель во что бы то ни стало вернуть звание чемпиона мира. Критики, которые в 1935 году предсказывали безоговорочную победу Алехина, теперь в один голос говорили, что у экс-чемпиона нет никаких шансов. Кризис 1935-36 годов был воспринят как признак начавшейся деградации. Но матч-реванш 1937 года расставил всё по местам.
Алехин изучил манеру игры Эйве, подошёл к матчу полностью подготовленным как творчески, так и физически, полностью отказался от алкоголя. Эйве же, видимо, предполагал встретиться с тем же Алехиным, который был побеждён два года назад, и уверился в своей правоте, без больших затруднений выиграв первую партию. Но после четырёх ничьих Алехин добился победы, после которой захватил в матче безусловное лидерство. Победа Алехина была зафиксирована после 25-й партии. Счёт в матче — +10-4=11. Удручённый поражением Эйве вынужден был признать: «Алехин восстановил репутацию сильнейшего среди живущих шахматистов и подтвердил веру в то, что он величайший шахматист всех времён».
Из трёх турниров, сыгранных после возвращения чемпионского звания, в Монтевидео, Маргите и Плимуте Алехин победил в двух первых, в третьем разделил 1–2 места. Выступление на АВРО-турнире в 1938 г., где играли 8 сильнейших шахматистов мира, было неудачным (кстати, как и у Капабланки) — +3–3 =8. Ботвинник, также участвовавший в этом турнире, писал: «Нас мотали по всей стране. Перед игрой вместо обеда — два часа в поезде. Пожилые участники — Капабланка и Алехин — не выдержали напряжения». В микроматче с Капабланкой Алехин выиграл со счётом 1,5:0,5. В том же 1938 году возобновились переговоры о матче с Капабланкой, но из-за неприемлемых финансовых условий претендента они снова ни к чему не привели.
Как писал Ботвинник, после АВРО-турнира он направил Алехину официальный вызов на матч за чемпионское звание, и чемпион ответил согласием, но из-за начавшейся вскоре войны этот матч так и не состоялся. Некоторые исследователи (В. Чащихин) оспаривают реальность этого соглашения, но оно было подтверждено самим Алехиным в интервью английскому журналу «Chess» в 1945 году.
В 1939 году вышла новая книга Алехина «Мои лучшие партии (1924–1937)», в которую вошли, в числе прочего, разборы лучших партий матчей с Эйве и дополнительные комментарии к партиям, которые уже были описаны в более ранних книгах. В августе-сентябре Алехин участвовал в 8-й шахматной Олимпиаде, проходившей в Аргентине. Выиграв 9 партий и сведя вничью 7, он получил максимум очков среди лидеров команд, но первое место досталось Капабланке, который обошёл чемпиона в финальной части турнира. Во время Олимпиады в Европе началась война — Германия напала на Польшу. В связи с этим Алехин и Тартаковер выступили по радио и в прессе с призывом о бойкоте немецкой команды. Обращение встретило поддержку, в запланированных матчах с немцами организаторы засчитали технические ничьи 2:2. После Олимпиады Алехин выиграл два небольших турнира в Южной Америке — в Монтевидео и Каракасе. Многие из европейских участников Олимпиады после начала войны не вернулись домой, оставшись в Америке, но Алехин вернулся.
В 1940 году Алехин с женой сначала жил в Португалии, но после нападения фашистской Германии на Францию он вступил добровольцем во французскую армию, где служил переводчиком, в звании лейтенанта. После оккупации Франции Алехин на некоторое время выехал в Португалию. Продолжились переговоры о матче с Капабланкой. Оба соперника очень хотели сыграть этот матч; амбиции были отставлены в сторону, финансовые условия приняты достаточно скромные, соглашение было вскоре заключено; но Капабланке не удалось достать денег на проведение матча, а кубинское правительство отказало ему в помощи. В результате, матч в 1941 году так и не состоялся, а в 1942-м Капабланка умер.
Жена Алехина Грейс не пожелала уехать к нему в Португалию, поскольку не хотела бросать свой дом в Дьеппе, и так уже подвергшийся разграблению. Чтобы сохранить остатки имущества жены и обеспечить ей самой защиту от репрессий, Алехин был вынужден обратиться к германским властям за поддержкой. Благоразумные немцы охотно вошли в контакт с чемпионом мира, ведь его имя было неплохой рекламой. Спекулируя на положении Алехина, его привлекли к участию в турнирах на территории Рейха. Алехин охотно играл в международных турнирах, иногда проводил сеансы одновременной игры для офицеров вермахта. В одном из таких сеансов он достиг ошеломительного успеха — играя одновременно на 75 досках, выиграл все партии. Турнирные успехи Алехина также были высоки — он был явно сильнейшим из всех участников, уверенно обыгрывал сильнейших немецких шахматистов (счёт с Паулем Пересом — +3 =3, с Клаусом Юнге — +4–1 =1). Поскольку практически всё имущество Алехина и его жены было разграблено, шахматы остались единственным способом получения средств существования.
В январе 1943 года Алехин заболел скарлатиной. Как это обычно бывает, детская болезнь в зрелом возрасте протекала тяжело. Врачам удалось спасти жизнь Алехина, но здоровье его было подорвано.
В октябре 1943 года Алехин выехал на турнир в Испанию и более не вернулся на оккупированные фашистами земли. В Испании Алехин жил в бедности — вялая военная шахматная жизнь не могла дать достаточно средств. Принял участие в нескольких турнирах, с достаточно скромными результатами, выиграл небольшой матч у чемпиона Испании Рей Ардида со счётом +1 =3. Давал частные уроки подающему большие надежды 13-летнему Артурито Помару (впоследствии — гроссмейстер, неоднократный чемпион Испании), материалы которых свёл в позже опубликованный шахматный учебник «Завет!». Выпустил ещё один сборник, куда вошли партии, сыгранные во время Второй мировой войны (всего — 117, 30 из них — сыграны самим Алехиным).
В 1945 году Алехин был приглашён на турниры в Лондоне и Гастингсе, но приглашения вскоре были отозваны: американская шахматная федерация потребовала от устроителей исключить Алехина из числа участников, угрожая в случае отказа бойкотировать турниры. На Лондонском турнире прозвучали требования лишить Алехина, как коллаборациониста и антисемита, звания чемпиона и объявить ему бойкот — не приглашать на турниры, не печатать его статьи и так далее. Решение о бойкоте принималось в обход ФИДЕ. По сути, это был самосуд. Ни объяснения Алехина, ни тот факт, что далеко не он один играл в турнирах на оккупированных территориях, во внимание не принимались. Одним из организаторов бойкота считают Макса Эйве, который рассчитывал быть провозглашённым чемпионом мира после лишения Алехина титула. Так, сам Алехин знал об этом и писал: «Я не удивился, узнав о протесте Эйве против моего приглашения в турнир. Меня удивило бы обратное».
Далеко не все были против Алехина. Например, Тартаковер не только выступил против бойкота, но и попытался организовать сбор средств в пользу чемпиона.
Все эти события, естественно, не могли не сказаться на состоянии Алехина. Он потерпел неудачу на турнире в Касересе, заняв там второе место после Франциско Люпи — чемпиона Португалии. В январе 1946 года в Эшториле был сыгран товарищеский матч из 4 партий с Люпи. Алехин победил в нём со счётом 2,5:1,5.
После войны возобновляются переговоры о матче на первенство мира между Алехиным и Ботвинником, который рядом успешных выступлений показал основательность своих притязаний на шахматный трон. Алехин начинает усиленную подготовку к соревнованию.
23 марта 1946 года ФИДЕ официально подтвердило факт соглашения о матче Алехин-Ботвинник. Но 25 марта 1946 информационные агентства распространили информацию о смерти Алехина. Он был найден мёртвым в своём гостиничном номере, сидящим в кресле у столика с расставленными в начальной позиции шахматами. Разные издания приводили разные официальные причины смерти. В одних указывалась асфиксия — удушье, наступившее вследствие попадания в дыхательные пути кусочка мяса, в других — паралич сердца, в третьих говорилось, что причина смерти не была установлена вовсе. Однако современные исследования доказывают насильственный характер смерти великого русского шахматиста.
