После долгого преследования войска Тогтамыша, избегавшего прямых боестолкновений, Тамерлан вынудил его принять бой севернее современной Самары, на берегах реки Кондурча, и нанес ему сокрушительное поражение. «При виде победоносного знамени (Тамерлана), – писал персидский историк Шереф-ад-Дин Йезди, – у Тогтамыш-хана исчезла стойкость. Омыв немедленно руку смятения водою печали от короны и престола, он поневоле потерял надежду на царствование и властвование и, страшась за жизнь свою, оглушенный и растерявшийся, отпустил поводья быстроногого коня и с сотней уловок спасся с того поля сражения. Так как прирожденное забвение благодеяний и неуважение к благодетелю схватили полу судьбы его, то он предпочел стойкости бегство… Весь улус Джучиев (Золотоордынский улус), пораженный и разбитый, отчаялся в существовании». Очевидно, именно тогда у военачальников Тамерлана, Тимура-Кутлуг-оглана и Едигея, появилось желание отделиться от Тамерлана и захватить престол золотоордынского хана. Под предлогом «собирания своих сородичей» и подчинения их Тамерлану они с его разрешения покинули ставку, но так и не вернулись назад. Шереф-ад-Дин Йезди по этому поводу писал: «Когда Тимур-Кутлук, отправившийся искать свой иль, собрал свой народ, обоняние запахов благоденствия породило в нем желание ханствовать над улусом Зучи, и он, проведя черту забвения по обязательствам своим Тимуру (Тамерлану), не выполнил их и с своими приверженцами ушел в степь. Едигей также, когда отыскал своих людей и вокруг него собралось большое число (людей), ногтями вероломства истерзал лик договора и ушел в другую сторону…» Однако время этих претендентов на власть в Золотой Орде еще не наступило. Тогтамыш, хотя и потерял восточную часть своего улуса, по-прежнему господствовал в западной и не оставлял своих замыслов вернуться в Сарай, а также прибрать к рукам приграничные кавказские территории. Но, как свидетельствуют источники, все его попытки были тщетны.
В 1395 году армия Тамерлана нанесла его войску несколько сокрушительных поражений, после чего, как писал персидский историк, «…он (Тамерлан) назначил набег (илгар), двинулся в погоню за Тогтамыш-ханом и чрезвычайно быстро днем и ночью шел по следам его. Прибыв к месту переправы через Итиль (Волга), называемому Туратурской переправой, он дал находившемуся при нем сыну Урус-хана, Койричак-оглану, отряд узбекских храбрецов, находившихся в числе слуг высочайшего двора, приготовил принадлежности падишахского достоинства, удостоил его шитого золотом халата и золотого пояса, велел ему переправиться через Итиль и передал ему ханство над улусом Зучи (Золотоордынским улусом). Царевич Зучиева рода, согласно приказанию, перешел на ту сторону реки и занялся собиранием рассеянной армии и устройством улуса, а войска подобные судьбе, поспешив по пятам неприятелей, дошли до Укека и многих из них убили. В этот день несчастным, с одной стороны, угрожали удары губителя-меча, а с другой – волны-кровопийцы Итиля. Большую часть их взяли в плен, а немногие из них бросились на плотах в воду и переправились на ту сторону Итиля. Тогтамыш-хан бросил ханство, дом и все, что имел, явное и скрытое, и, опасаясь за жизнь свою, с несколькими людьми бежал, ушел в сторону Булара, в лесистую местность, и спасся от львиных когтей, низвергающих врага».
После очередного разгрома армии Тогтамыша Тамерлан решил совершить рейд по западной части Золотоордынского улуса. Этот поход он предпринял в целях устрашения русского населения и поддержки своего нового ставленника на престоле Золотой Орды. Персидский историк Шереф-ад-Дин Йезди так описывает этот поход Тамерлана: «Тимур-завоеватель, который во всяком деле был доволен только тогда, когда доводил его до крайнего предела, после разбития и изгнания Тогтамыш-хана и уничтожения его армии и воинов захотел в своих высоких помыслах покорить и завладеть всеми теми областями и землями, да подчинить и искоренить все народы и племена тех пределов и местностей… Тимур двинулся на Москву, которая также один из городов русских. Прибыв туда, победоносное войско (его) также опустошило всю ту область, вне города, разбило и уничтожило всех эмиров тамошних. В руки воинов попала большая добыча…» Естественно, это нападение Тамерлана на русские княжества нашло отражение и в русских летописях. Так, в «Повести о Темир Аксаке» (так на Руси называли Тамерлана) сказано: «Пришел Темир Аксак войной на царя Тогтамыша, и был между ними бой на месте, называемом Ораинским, на кочевье царя Тогтамыша; и изгнал он царя Тогтамыша. Оттого распалился окаянный, замыслил в сердце своем и на Русскую землю – полонить ее; как и прежде того, когда за грехи попустил это Бог, полонил царь Батый Русскую землю, – так и гордый и свирепый Темир Аксак то же замышлял, желая захватить Русскую землю. И собрал он всех воинов своих, прошел всю Орду и всю землю Татарскую, подошел к пределам Рязанской земли, взял город Елец, и князя елецкого захватил, и многих людей замучил. Об этом прослышав, князь великий Василий Дмитриевич собрал воинов своих многочисленных и пошел из Москвы в Коломну, желая встретиться с ним; приступив с войском, встал на берегу у Оки-реки, Темир Аксак же стоял на одном месте пятнадцать дней, помышляя, окаянный, идти на всю Русскую землю, чтобы, подобно новому Батыю, разорить христиан». И тут случилось чудо, которое автор «Повести» описал следующим образом: «Что за преславное чудо! Что за великое диво! Какое милосердие к народу христианскому! В тот самый день, как принесли икону Пречистой Богородицы из Владимира в Москву, – в тот же день Темир Аксак-царь испугался, и устрашился, и ужаснулся, и в смятение впал, и нашел на него страх и трепет, вторгся страх в сердце его и ужас в душу его, вошел трепет в кости его, и тотчас он отказался и убоялся воевать Русскую землю, и охватило его желание побыстрее отправиться в обратный путь, и скорей устремился в Орду, Руси тылы показав, и повернул с соплеменниками своими восвояси; возвратились без успеха, впали в смятение и заколебались, как будто кто-то их гнал. Не мы ведь их гнали, но Бог изгнал их незримою силой Своей и Пречистой Своей Матери, скорой Заступницы нашей в бедах…»
Арабский историк Ибн Арабшах, прослеживая дальнейшие действия Тамерлана, писал: «…Передовые войска его дошли до Азака (Азов), и он разрушил Сарай, Сарайчук, Хаджитархан (Астрахань) и (все) эти края». Таким образом, разгром армии Тогтамыша и последовавшее за ним нашествие Тамерлана на правое крыло Золотоордынского улуса свели на нет все попытки Тогтамыша возродить «золотоордынское великодержавие», но привели к новой череде кровопролитных междоусобий, в которых участвовали ставленник Тамерлана в Золотой Орде – Койричак, бывшие военачальники Тамерлана – Тимур-Кутлуг и Едигей, и все тот же Тогтамыш. Последний попытался было начать восстанавливать свою власть в Золотой Орде, но Тимур-Кутлуг с Едигеем сначала (1399 год) изгнали его из Сарая, и в том же году разгромили объединенное войско Тогтамыша и литовского князя Витовта, у которого Тогтамыш нашел защиту и покровительство. Но и после этого поражения Тогтамыша, как свидетельствует арабский историк Ибн Арабшах, «…они (Тогтамыш и Едигей) сразились между собою пятнадцать раз, (причем) раз тот одержит верх над этим, а другой раз этот над тем. Дела племен Дештских (сторонников Тогтамыша) стали ухудшаться да расстраиваться и, вследствие малочисленности убежищ и крепостей, подверглись разъединению и розни…» В конце концов, в 1405 году Тогтамыш, «уже некоторое время скитавшийся по степям в плохом положении и растерянный», обратился к бывшему сюзерену Тамерлану с посланием, в котором, как свидетельствует персидский историк Шереф-ад-Дин Йезди, говорилось: «Возмездие и воздаяния за неблагодарность за благодеяния и милости я видел и испытал. Если царская милость проведет черту прощения по списку прегрешений и проступков этого несчастного, то он после этого не вытащит голову из узды покорности и не сдвинет ногу с пути повиновения». Благородный по характеру Тимур обласкал посланного и обещал следующее: «После этого похода (в Китай) я, с божьей помощью, опять покорю улус Зучиев (Золотоордынский улус) и передам ему». Тимур намеревался через несколько дней, когда он из Отрара отправится в поход против неверных, отпустить жен и царевичей, провожавших его, дать Кара-ходже (посланнику Тогтамыша) дозволение возвратиться и отправить его с подарками к Тогтамыш-хану. Но начертание пера судьбы было другое…» Очевидно, что новый союз Тамерлана и Тогтамыша был направлен против «славного умом и мужеством седого князя Едигея», повелевавшего ордынскими ханами, как прежде Мамай, и представлявшего реальную угрозу самому Тамерлану. Но новым «старым» союзникам не удалось осуществить свои планы; в 1405 году они оба умерли. Зато их бывший подчиненный Едигей благополучно здравствовал, продолжал верховодить марионеточными ханами Золотой Орды (Тимур-Кутлуг, Шадибек, Булат-Салтан, Тимур-хан) и пытался подчинить себе великого князя Василия Дмитриевича и других русских князей, которые после разгрома Тогтамыша Тамерланом в 1395 году целое десятилетие практически не зависели от золотоордынских ханов.