Во время революции "Кружок одиннадцати" регулярно собирался на заседания, а для отвода глаз жандармов заседания проходили не в кабинете Штернберга, как обычно, а в лабораторной комнате Кольцова в Институте сравнительной анатомии. Непосредственным результатом заседаний стала написанная и изданная Кольцовым книжка в мягкой обложке "Памяти павших", цель которой отлично раскрывает напечатанное на обложке разъяснение:
"Памяти павших. Жертвы из среды московского студенчества в октябрьские и декабрьские дни. Доход с издания поступает в комитет по оказанию помощи заключенным и амнистированным. Цена 50 коп. Москва. 1906" (11).
В брошюре на 90 страницах были такие разделы как "Избиение студентов казаками...", "Избиение в церкви...", "Убийство-казнь А.Сапожкова в Голутвине...", "Не плачьте над трупами павших борцов!" и были приведены не только фамилии погибших, описаны обстоятельства гибели, но и выдержки из газет, черносотенные призывы, исходившие из правительственных кругов и от близких к правительству и царствующему двору людей, и даже речь самого царя, в которой он благодарил убийц студентов за то, что "крамола в Москве была сломлена". Были названы по именам многие из убийц, например "железнодорожный весовщик Кашин, который по показаниям свидетелей возбуждал толпу к убийству. Это тот самый Кашин, который вместе с графом Бобринским, Грингмутом и пр. ездил в Царское Село представляться Государю, был принят и выслушал милостивые царские слова" (12). Книга была вызывающе направлена против именно черносотенного мышления и действий правительства России. Немудрено, что правительство распорядилось книгу конфисковать.
Случившееся было доведено до директора Института сравнительной анатомии М.А.Мензбира. Последний придерживался ровно противоположных взглядов, был горой за сохранение спокойствия и порядка в стране, не случайно он был введен в совет университета. Узнав, что в его институте Кольцов устраивал противоправительственные сходки, Мензбир, человек вообще-то импульсивный, взбеленился. От Кольцова потребовали освободить с 1 сентября 1906 года занимаемый им кабинет, затем запретили заведование библиотекой, затем "сдержанный и замкнутый" Кольцов написал откровенное (а, если посмотреть с другой стороны, вызывающее) письмо учителю и начальнику с призывом принять его точку зрения в общественной жизни и вообще обращать основное внимание на научную деятельность, раз уж они ученые:
"Мне бы хотелось, многоуважаемый Михаил Александрович, чтобы Вы, прежде чем реагировать так или иначе на настоящее письмо, вспомнили, что было время, когда Вы с известным уважением относились к моим научным работам, видели во мне своего ученика. Ведь как бы ни сложились наши общественные и политические убеждения, я думаю, все-таки и в Вашей и в моей жизни самое ценное -- это наши отношения к науке, и самое большее, что мы способны произвести, -- это работать научно собственными руками и руками своих учеников" (13).
Ответом было безусловное запрещение работы в лаборатории Института. Разногласия с Мензбиром достигли крайнего предела.
Мензбир решил отнять у него место в лаборатории, Николай Константинович в ответ попросил оставить ему хотя бы одну комнату -- совершенно пустое место, куда собирался купить из своих скудных средств микроскоп и другие приборы. Работа для него была важнее еды и прочих удобств жизни. В категорических тонах ему было в этом отказано. Тогда он решил обратиться к руководству университета с аналогичной просьбой. Отказ последовал незамедлительно. Мензбир в это время уже числился не только директором Института, заведующим кафедрой, но и помощником ректора и членом президиума университета. Кольцов в беседе с ректором услышал, что все отказы связаны не просто с его неблагонадежностью, но и с тем, что какой-то из профессоров университета, хорошо его знающий много лет, свидетельствовал против него и сообщал о нем неблагоприятные сведения. Кто этот профессор, догадаться было нетрудно. Правда, при всем остракизме порядков в те ненавистные демократам царские времена, в Сибирь Кольцова не сослали и даже читать лекции он еще мог, но за них платили довольно маленькие деньги, он ведь был не штатным доцентом, а приват-доцентом, то есть получал лишь почасовую оплату. Экспериментальная работа -- то, что составляло для него главный смысл в жизни, начиная с 1909/1910 учебного года, оказалась под запретом. За "дурное поведение" ему даже не выделили средств на поездку на Неаполитанскую станцию, хотя другие сотрудники при схожих обстоятельствах получали финансовую поддержку без труда. Кольцов потребовал, чтобы над ним совершили официальный, открытый суд, в котором бы судебные органы указали статью закона, делающую невозможной для него научную деятельность. Суда такого никто, конечно, проводить не собир� Однако не в характере Кольцова было посыпать голову пеплом и идти просить прощения за убеждения. Ни к какому конформизму Кольцов не только не склонялся, но ни на йоту от своих убеждений отходить не собирался. Не в одной цитологии вводил он "принципы Кольцова", он и в личной жизни принципами не поступался. Он стал искать новое место работы. Еще в 1903 г. он приступил к чтению курса "Организация клетки" в новом учебном заведении, созданном в Москве -- на Высших Женских Курсах профессора В.И.Герье, существовавших на частные пожертвования и на средства, вносимые студентками за обучение. Когда в императорском университете пошли споры и разборки, он перешел полностью на эти курсы. Они пользовались огромным авторитетом, и от слушательниц отбоя не было. Блестящего лектора Кольцова студентки высоко ценили. Затем известный деятель на ниве благотворительности, золотопромышленник А.Л.Шанявский собрал пожертвования от богатых людей, внес свою львиную долю, и в Москве был открыт Московский городской народный университет, который чаще называли Частный университет Шанявского. С 28 апреля 1909 года Кольцов перебазировался в этот университет, где создал заново лабораторию, и тут же его прежние ученики потянулись к нему из императорского университета (М.М.Завадовский, А.С.Серебровский, С.Н.Скадовский, Г.В.Эпштейн, Г.И.Роскин, П.И.Живаго, И.Г.Коган и другие).
Зажил Кольцов снова, как прежде, работал до изнеможения, читал лекции, успевал заниматься и общественной деятельностью. А в 1911 году он протянул руку помощи Мензбиру. В том году заступивший 1 февраля в должность министра народного просвещения Лев Аристидович Кассо, юрист по образованию (учился, кстати, в студенческие годы в основном на свободолюбивом Западе -- во Франции и Германии) и сам с 1899 года служивший профессором Московского университета, немедленно издал драконовские законы, отменявшие почти все университетские свободы и превращавшие университеты в подобие казарм. Ректор университета А.А.Мануйлов, проректор и помощник ректора подали в отставку в знак протеста против этих полицейских нововведений. Кассо отставку принял в день подачи заявлений -- 2 февраля 1911 года. В ответ на это около четырехсот профессоров и сотрудников университета в феврале последовали ректору и проректору университета и тоже подали в отставку. И как не был законопослушен Мензбир, но и он был по-своему человеком убеждений. Он тоже подал в отставку. Тут его и пригласил работать на Высших Женских Курсах его же ученик Кольцов. Мензбир был несказанно тронут, приглашение принял и прежние отношения могли бы восстановиться, но сделавший доброе дело Николай Константинович оставался замкнут и холоден, в прекраснодушии он замечен никогда не был2.
Таким образом "принципы Кольцова" распространялись не только на организацию клетки, но и на положение в обществе. Твердость убеждений, поддержание имени сильным костяком нравственности, целесообразности и свободолюбия создали Кольцову крепчайшую репутацию. В мировой науке его имя укоренилось, принцип цитоскелета вошел в немецкие, английские, итальянские, американские, испанские и русские учебники, а на родине высочайшее уважение снискала его общественная активность, несгибаемая воля и активная деятельность как профессора и наставника молодежи.
Создание Института экспериментальной биологии
Работам Кольцова, в особенности его физико-химическим исследованиям клеток и принципу цитоскелета, было воздано должное в научном мире. В 1911 году выходит дополненное издание книги Кольцова о цитоскелете на немецком языке. В большой монографии Р.Гольдшмидт переносит принцип цитоскелета Кольцова на объяснение формы мышечных и нервных клеток. Ученые из Гейдельбергского университета сообщили, что они применили с успехом кольцовский принцип для исследования одноклеточных организмов, шотландский ученый Дерен Томпсон (ставший позже президентом Шотландской академии наук) в монографии "Форма и рост" на нескольких страницах книги подробно объясняет принцип Кольцова и сообщает, как ему помог этот принцип в его исследованиях. Признанный уже лидером в своей области Макс Гартман в книге "Общая биология", ставшей позже классической и много раз переиздававшейся, на описании принципа Кольцова строит первые две главы первого тома. В США великий Эдмунд Вильсон на собраниях ученых постоянно рассказывал о принципе цитоскелета и о других работах Кольцова, ссылался на работы его учеников, вообще ставил Кольцова на первое место среди биологов своего поколения.