Официальное руководство Чечни предприняло было попытки развязать информационную войну против России, которая так помогла ему выиграть первую войну. Посыпались намеки, что, дескать, российские спецслужбы сами организовали вторжение в Дагестан, чтобы получить предлог для действий против Чечни. Поговаривали, что и сам Шамиль Басаев на российских вертолетах летал из Чечни в Дагестан и обратно, но в это мало кто верил. Американский журналист Павел Хлебников, автор нашумевшей книги с разоблачениями Б. Березовского, имел в те дни интервью по телефону с Масхадовым, пытавшимся заверить американца, что он не имеет отношения к событиям в Дагестане: "Басаев - это рядовой гражданин Чечни. Он может ехать в Дагестан, Косово, Боснию, но он представляет только себя, Шамиля Басаева. Он ни в коем случае не представляет чеченский народ, тем более чеченское правительство. Это десяток людей, которые отпустили бороды, сторонники большого джихада. Это управляемые кем-то, откуда-то профинансированные, даже не без участия финансовой олигархии из Москвы, которая окружает Ельцина" (П. Хлебников. "Крестный отец Кремля Борис Березовский, или История разграбления России". М., 2001, стр. 296).
Однако ни в этом интервью, ни в десятках аналогичных ситуаций Масхадов не дал четкой оценки действий Ш. Басаева, не осудил их, не призвал чеченцев отказать ему в поддержке. Он отмежевался от них, не больше. В этом случае было резонно предположить, что либо Басаев действует с молчаливого согласия Масхадова, либо Масхадов вообще не контролирует обстановку в республике и не является властью в общепринятом смысле слова.
Почти месяц шли напряженные бои в дагестанских горах, когда обозначился определенный перевес федеральных сил, начавших вытеснять боевиков с территории Дагестана. В этот момент Россия содрогнулась от варварских террористических актов против мирного гражданского населения. 9 сентября в 5 часов утра был взорван жилой дом в Москве на улице Гурьянова. Здание из сборного железобетона развалилось, похоронив под обломками 94 человека. Через четыре дня на Каширском шоссе был взорван еще один жилой дом. Погибли 118 человек. Вскоре взрывы раздались и в провинции - в Волгодонске, Буйнакске, Каспийске. Российские города были охвачены тревогой. Начали формироваться народные дружины для охраны жилищ. Ответственность за взрывы почти однозначно легла на чеченских боевиков, но, кроме ответственных за взрыв дома в Буйнакске, никто не был арестован. Террористы успели скрыться и уйти в подполье.
К чести русского народа, террористам не удалось добиться своей главной цели - запугать, деморализовать население, направить его возмущение, гнев против собственной власти. Вместо этого произошел всплеск ненависти к ним, впервые за прошедшие десять лет население стало активно поддерживать правительство в его стремлении подавить очаги бандитского терроризма на Северном Кавказе. Рейтинг В. Путина стремительно рос. Замолчала та самая российская пресса, которая в годы первой чеченской войны вела злобную антироссийскую кампанию, шельмуя армию и всех, кто подпадал под категорию "патриотов-государственников". Теперь морально-политический климат в стране изменился полностью. Осознание реальной опасности разрушения Российского государства сплотило население и власть.
К 1 октября 1999 г. сильно потрепанные, но не уничтоженные силы боевиков в основном покинули территорию Дагестана, а на административных границах Чечни сконцентрировались российские войска численностью около 60 тысяч человек. Передовые отряды вошли в пределы Чечни и заняли господствующие высоты вдоль границы. Чеченское руководство, явно паразитировавшее на безволии и бесхребетности российской власти, забеспокоилось всерьез. Оно объявило всеобщую мобилизацию, рассчитывая собрать не менее 50 тысяч бойцов, но многие чеченцы охотнее уезжали из республики, нежели шли на призывные пункты. Среди боевиков возникла растерянность, они осознали, что перешли все границы и тем самым вызвали гневную реакцию всей России. Российские власти отвергали все предложения о начале переговоров. А. Масхадов попытался подать на Россию в Гаагский трибунал жалобу, но получил отказ. В Европе перестали давать шенгенские визы известным чеченским политикам, пытавшимся путешествовать по старым российским паспортам. В такой обстановке началось продвижение российских войск в глубь Чечни в первых числах октября.
За первую неделю был установлен контроль над тремя районами - Шелковским, Наурским и Надтеречным, которые расположены на левом берегу Терека, но ни политическое руководство, ни военное командование не допускали мысли о том, что контртеррористическая операция на этом закончится. Трудностей, как политических, так и чисто военных, хватало. Хоть и не с прежней энергией и эффективностью, но все-таки затарахтела машина "правозащитников". Застиранные до дыр фигуры типа Юшенкова, С. Ковалева, В. Новодворской снова заговорили о необходимости соблюдения Конституции при проведении операций. Лидеры Запада остались верны своему правилу - продолжать "холодную войну" против России. Теперь французский президент Ширак и германский канцлер Шредер собирались устроить головомойку Б. Ельцину, но еще не в полной мере понимали, что ответственность за действия в Чечне взял на себя полностью премьер-министр В. Путин, который к этому времени получил согласие президента на руководство силовыми министрами, председательствовал на заседаниях Совета безопасности, наращивая свои властные полномочия.
Конечно, доведенные до крайности разорения Российские вооруженные силы не обладали тем ударным потенциалом, который бы обеспечат быстрый разгром боевиков. Армия была оснащена устаревшим оружием, бронетехникой, которые стояли на вооружении в 60-70-х годах, остро не хватаю боевых и транспортных вертолетов, отжили свой век средства связи и управления войсками. Приближались зимние холода, а у армии не было в достаточном количестве тыловых служб, чтобы обеспечить бесперебойное снабжение. Впервые после Великой Отечественной войны население, общественные и религиозные организации начали добровольный сбор теплых вещей, продовольствия, табачных изделий для воюющих частей. Это был добрый знак возрождающегося уважения и доверия к армии после почти пятнадцати лет ее непрерывного поношения в прессе и на политических тусовках.
После печального опыта первой чеченской войны армия теперь не пыталась решать боевые задачи методом рейдов-наскоков, шло планомерное накапливание сил и средств, и наступление подчинялось более осмысленным планам. С середины октября начался второй этап, включавший в себя освобождение предгорной части республики и города Грозный. Если в первую войну у федеральной власти не было даже численного перевеса над боевиками и ставка делалась на огневую мощь и бронетехнику, то теперь российские войска превосходили по численности боевиков в 5-7 раз. Западная группировка войск, наступавшая из района Моздока, и Восточная, выдвигавшаяся из Дагестана и Ставрополья, применили новую тактику: они шли не по дорогам, где их ожидали минные заграждения, а по верхним водоразделам Терского и Сунженского хребтов. В окруженных населенных пунктах не было боев, а проводились зачистки. К 8 декабря город Грозный полностью блокировали, и началась осада, длившаяся два месяца. Федеральные войска, избегая больших потерь, строго придерживались правила: сначала подавить огнем узлы сопротивления боевиков и только потом продвигаться. Такая тактика, естественно, приводила к большим разрушениям в городе, обрекала население на колоссальные трудности и лишения, но сберегала жизни российских солдат и офицеров.
В то время как в отрезанном Грозном агонизировали боевики, основная группировка российских войск приступила к третьей - последней - фазе операции - подавлению боевиков в горных районах Чечни.
Шансов на победу, как в первой войне, у боевиков не оставалось. Российские десантники вскоре взяли под контроль основные ущелья, в первую очередь Аргунское, по которым чеченские сепаратисты поддерживали связь с Грузией. Вскоре сформированный Итум-Калинский пограничный отряд наладил охрану государственной российско-грузинской границы на чеченском участке, и последние надежды боевиков на получение подкреплений из-за рубежа испарились. Война в принципе была закончена с ликвидацией последних крупных воинских формирований боевиков, хотя сама антитеррористическая операция тянется в Чечне до сих пор и будет длиться еще долгие годы. По опыту послевоенных лет мы знаем, как живучи корни бандитского движения. После 1945 года советской власти пришлось потратить почти десять лет на ликвидацию всех очагов диверсионно-террористической деятельности националистического подполья в Западной Украине и Прибалтике. При этом тогдашняя власть располагала эффективными и хорошо оснащенными спецслужбами, могла привлечь к проведению операций войсковые части армии, только что победившей германский вермахт, пользовалась поддержкой большей части населения. В нынешней Чечне условия куда труднее, но если не ослабнет политическая воля российского руководства, то окончательная победа над коварным и опасным врагом целостности Российского государства будет обеспечена. Чеченский террор, как и действия ирландских и баскских террористов, не могут принести людям ничего, кроме крови, жертв и страданий, но террор всегда был и останется олицетворением бессилия и отчаяния.