5 января бригада 45-й дивизии вошла в Александровск, за несколько дней до того освобожденный от белых частями махновцев. Там же находился штаб Повстанческой армии, да и сам Махно. На переговорах с командованием красной бригады махновцы заявили о своей готовности совместно действовать против белых, подчиняясь оперативным приказам командования, пообещав «вести себя пристойно». Повстанцы заявляли, что красные должны заключить с Махно политическое соглашение, которое бы признавало свободный махновский район. Пока шли переговоры, общие митинги, совместные рождественские ужины, пока махновский и красный коменданты делили город на сферы влияния, части Красной армии окружили Александровск и не выпускали из него махновские отряды.
8 января реввоенсовет 14-й армии приказал махновской армии немедленно отправиться на Польский фронт в район Мозыря — Гомеля для борьбы с поляками. Махновская армия, в соответствии с этим приказом, передавалась в распоряжение РВС 12-й армии. Уборевич, командовавший 14-й армией, заявил Якиру, что этот приказ — только политический маневр и что нет никаких надежд на то, что Махно и его штаб согласятся с этим приказом, зато он даст политический повод для обвинений против Махно и для разгрома повстанцев. Приказ этот был провокационным, создавая повод для выступления против Махно. У Повстанческой армии в это время не было никаких договоренностей с Красной армией, и она не находилась в подчинении РВС 14-й армии. Чтобы еще больше унизить махновцев, им приказывали в районе Гомеля — Мозыря перейти в подчинение 12-й армии. Когда в штаб махновцев поступил приказ 14-й армии, махновский штаб ответил на него официальным предложением подписать на высшем уровне военный союз Красной и Повстанческой армий, предоставив автономию махновскому району. Ультиматум красных о переходе махновской армии на польский фронт было решено пока игнорировать, ведь по всему было видно, что оторванные от своих сил махновцы попадут в ловушку еще в эшелонах по пути к польскому фронту. Махновские командиры заявляли, что будут бороться против белых на юге Украины и готовы занять ради этого участок фронта. Махно подписал телеграмму, в которой говорилось, что пока с центральной властью не будет достигнуто соглашение, не может быть и речи о выполнении махновцами каких-либо приказов красных.
9 января постановлением Всеукрревкома Махно и его командиры были объявлены вне закона за «неподчинение приказам», «мятеж», «грабежи», «разложение частей» и за такие призрачные грехи, как «дружба с Григорьевым», «открытие фронта деникинцам», «преступления анархистов в Москве», «продажа Украины польским господам». В соответствии с планами красных, не только пленные махновцы, но и сочувствовавшие им крестьяне должны были беспощадно истребляться.
Операция против Махно началась с вывода из Александровска всех красных частей и окружения города 4-й и 45-й дивизиями. Несколько полков отказались выступить против Махно, а 41-я дивизия вообще пропустила махновцев, которые отходили из Александровска. Однако из города не смог вырваться обоз, в котором находились 200 пулеметов, 12 пушек и до 2 тыс. пеших махновцев. Из частей 3-го махновского корпуса, стоявших в районе Никополя, 2/3 личного состава были больны тифом, некоторые разошлись по домам, некоторые попали в плен (около 8 тыс. повстанцев).
10 января 1920 года штаб Повстанческой армии с несколькими тысячами махновцев прибыл из Александровска в Гуляйполе. На следующий день на заседании штаба было решено отпустить армию в отпуск на месяц, пока ситуация в Украине окончательно не прояснится. Штаб 1-го корпуса и штаб армии остались в Гуляйполе, штаб 2-го корпуса направился в Новоспасовку. Члены совета и культпросветотдела махновцев разъехались по городам. Махно в тифозном бреду в сопровождении охранников был вывезен в Дибровку и затем спрятан на хуторе Белом. Фактически за десять дней огромная Повстанческая армия исчезла.
Красная контрразведка сообщала, что Махно «болен или умер», а в Гуляйполе остались 1 тыс. повстанцев при 12 пушках.
До 20 января казалось, что о махновцах забыли, поскольку их армии уже не существовало. Но 20 января 1920 года красные захватили Новоспасовку и разгромили штаб и структуры 2-го Азовского корпуса махновцев. 22 января красные силами двух дивизий окружили Гуляйполе. Чтобы захватить махновцев врасплох, красные пошли на хитрость. В Гуляйполе прибыла делегация, якобы для выяснения, собирается ли Махно подчиниться приказу 14-й армии и будет ли он разоружать свою армию. Махновский штаб отверг предложение разоружаться, но заверил красных, что Повстанческая армия готова воевать «против общего врага». Ранним утром красные пошли в наступление, но серьезного сопротивления 800 махновцев 7 тысячам красноармейцев оказать не смогли, хотя бой продолжался на улицах села восемь часов. Около 300 махновцев погибли или попали в плен. Красные захватили казну Повстанческой армии, лазарет, 8 пушек, 8 пулеметов. Махновская армия прекратила свое существование. В то время многие повстанцы были убеждены, что война закончилась.
* * *
В феврале 1920 года в Украине начались вооруженные выступления крестьян против реквизиции и насилия, учиненных красными частями. Большевики планировали не только отобрать у украинского крестьянства 600 млн пудов хлеба в качестве продразверстки — они наложили свою лапу на самостоятельные крестьянские организации, пытаясь путем насилия утвердить свое господство в украинском селе.
К середине февраля 1920 года о Махно и его армии не было никаких сообщений. Возле тяжелобольного Махно остались несколько командиров и охрана. Красные части, которые сновали по махновским селам, нигде не находили повстанческих отрядов. Складывалось впечатление, что украинское село наконец покорилось, а повстанцы превратились в мирных хлебопашцев. Но 2 февраля 1920 года возле с. Успеновка 20 махновцев взяли в плен 100 красноармейцев, а 4 февраля Махно на несколько дней захватил Гуляйполе, которое накануне оставили основные силы красных карателей. В Гуляйполе Махно удалось напечатать несколько тысяч листовок, в которых он снова призвал крестьян к борьбе против большевиков. Крестьянам предлагалось создавать тайные отряды в каждом селе и готовиться к всеобщему восстанию.
6 февраля 1920 года командующий Юго-западным фронтом издал приказ по Эстонской дивизии: в кратчайший срок задавить махновцев «до полного уничтожения и стереть населенные пункты с лица земли». 8 февраля кавполк 42-й дивизии неожиданно напал на Гуляйполе и окружил махновский штаб. Махно сумел вырваться из окружения вместе с 50 всадниками, большая же часть его отряда была разгромлена. Батько с оставшимися в живых бойцами ворвался в Царевоконстантиновск, где разоружил роту красных и расстрелял всех пленных коммунистов. На протяжении последующих 10 дней махновцы гуляли по степи, пуская под откос эшелоны, уничтожая продотряды и красных агитаторов. Узнав, что в Пологах находится центр снабжения 42-й дивизии, махновцы напали на эту станцию, захватив 12 пушек и 10 пулеметов.
В это время группами по 10–20 человек к Махно начали примыкать его бывшие товарищи-повстанцы. Когда у Махно набралось 150 бойцов, махновцы вновь захватили Гуляйполе, взяв в плен 300 красноармейцев. Там же Махно начал формировать свою армию в составе 3 полков пехоты, полка кавалерии и пулеметного полка. Но вскоре на Гуляйполе напал усиленный кавалерийский полк красных. В первые минуты боя красные захватили махновский штаб в центре села и убили штабистов и брата Нестора — Савву (начальника снабжения армии), что дезорганизовало оборону. К тому же красные снова захватили всю махновскую артиллерию и канцелярию.
Когда продотряды добрались до отдаленных степных сел, настроение крестьянства вновь качнулось в сторону вооруженной борьбы против «совдепии». 1 марта махновцы выбили из Гуляйполя красный полк и стали хозяевами в селе. Махно принялся восстанавливать систему «свободных советов», однако приток крестьян в повстанческое войско был незначительным. В отряде Махно собралось около 1,5 тыс. повстанцев. 4 марта красные попытались овладеть ст. Гуляйполе, но их атака была отбита, хотя несколько полков Эстонской дивизии были разгромлены. Вскоре на махновцев были направлены части Латышской и 41-й дивизий, а также отдельный кавалерийский полк. 12 марта махновцев снова выбили из Гуляйполя. Но уже 20 марта Махно предпринял новое нападение на Гуляйполе. Через два дня он был выбит оттуда особой кавдивизией, специально созданной для борьбы против махновцев. Эта дивизия и несколько бригад 42-й дивизии закрепились в Гуляйполе, заблокировав базовый махновский район.
В апреле отряд Махно осуществил рейд в направлении Новомосковск — Павлоград. Махновцы уничтожали продотрядовцев, комиссаров, коммунистов. 24 апреля Махно занял Гуляйполе, вытеснив оттуда конницу 14-й дивизии. В конце апреля 1-я Конная армия перебрасывалась с Кавказского фронта на Польский для того, чтобы остановить продвижение польского войска. Перед ее командованием была поставлена задача: во время марша через махновский район полностью уничтожить повстанческое движение. 29 апреля 14-я кавдивизия, окружив Гуляйполе, выбила оттуда махновцев. На следующий день махновцы, очутившись в полосе передвижения маршевых рот буденновцев, выдержали бой с частями 4-й и 6-й кавдивизий. Однако 1-я Конная так и не выполнила своей задачи, поскольку ее части стремились уклоняться от карательных акций, а Махно без труда уходил от ударов. В начале мая батько направился в район Новоспасовки, где возродилась махновская Азовская группа Удовиченко. После присоединения к Махно (1200 повстанцев, 50 пулеметов, 3 пушки) 500 новоспасовцев было решено форсировать восстановление Повстанческой армии. 12 мая, разгромив полк красных, махновцы заняли Гуляйполе, где взяли в плен часть бригады 42-й дивизии. Несколько сотен пленных красноармейцев выразили желание перейти к Махно, и за несколько дней Повстанческая армия выросла до 3 тыс. человек. Махновский штаб принял решение напасть на буденновцев, рассчитывая захватить богатые трофеи и привлечь в свою армию пленных. 14 мая махновцы нанесли удар по штабу 6-й кавдивизий, который стоял возле Новой Успеновки. В начале сражения махновцы захватили штаб, много пленных, армейскую кассу. Однако они замешкались, разбирая трофейный обоз. Тем временем буденновцы силами нескольких бригад окружили пехоту Махно, которая сосредоточилась возле трофеев, и силами 5 тыс. сабель ударили по махновской коннице. Махно потерпел страшное поражение, потеряв убитыми и пленными до 2,5 тыс. повстанцев, все 12 пушек и 50 пулеметов. Все, что батько собирал на протяжении трех месяцев, было уничтожено. Повстанческая армия вновь прекратила свое существование. С Махно осталось всего 300 повстанцев. Батько решил оставить район пребывания 1-й Конной и двигаться на север, стремясь соединиться с маневренными отрядами махновцев. Вскоре к Махно присоединились отряды Кожи и Москалевского (700 сабель).