За подготовительные работы и проведение операции по захвату Дании и Норвегии отвечал командир X авиационного корпуса генерал-лейтенант Гейсслер. Его мероприятия должны были происходить в согласовании с оперативными штабами военно-морского флота и армии. X авиационному корпусу были выделены следующие соединения: боевые эскадры 4, 26, 30-я, 100-я группа боевой эскадры, три отделения зенитных пушек, один батальон парашютистов, семь авиатранспортных групп, по одной транспортной эскадре — соответственно наземной и морской. Если эти соединения еще не стояли в своих немецких гаванях, то они прибыли туда 8 апреля. Для налаживания системы аэродромного обслуживания были предусмотрены воздушный штаб округа для особого применения 300 — для Дании и воздушный штаб округа для особого применения 200 — для Норвегии, три моторизованные роты из полка генерала Геринга подчинялись в решении наземных задач X авиационному корпусу. Летный бензин, бомбы и тяжелые зенитные пушки должны были быть доставлены в так называемом «экспортном эшелоне» по морскому пути в Нарвик, Тронхейм и Ставангер, а для остальных гаваней — последующими морскими транспортными эшелонами. Группы авиатранспорта нужно было формировать 6 апреля и готовить днем, позже в гаванях, транспортные группы парашютистов — только 8 апреля. Старт авиатранспортных соединений должен был происходить 9 апреля в 1 час. Разведка над морем была проведена по распоряжению командования морской группы «Запад» руководителем морских военно-воздушных сил «Запад» и X авиационным корпусом. При группе XXI и XXXI высшем командовании особого назначения находились штабы связи с летчиками, так что сотрудничество с другими родами войск, кажется, было гарантировано.
Круг офицеров, участвовавших в подготовительных работах, был настолько узким для сохранения тайны, что командующий военной авиацией узнал о запланированной операции только после подписания директивы «Учение Везер». Геринг, который очень давно знал от Розенберга, что подготовка в этом направлении шла полным ходом, был глубоко уязвлен и пожаловался 2 марта Гитлеру на начальника Верховного командования вермахта, предположив, что тот исключил его по личным причинам. Прежде всего, Геринг высказался против любого подчинения соединений военной авиации группе XXI. 4 марта Йодль в разговоре с начальником Генерального штаба военной авиации генералом Ешоннеком добился согласия по организационной форме, что все участвующие в операции «Учение Везер» силы военной авиации подчиняются X авиационному корпусу и — соответственно требованиям группы XXI — должны получать приказы от главнокомандующего военной авиацией. Распоряжение от 14 марта принципиально урегулировало приказные отношения и разграничения трех родов войск.
Приказ об общей операции — в соответствии с характером совместной операции армии, военно-морского флота и военной авиации — впервые оставило за собой Верховное командование вермахта. С оперативной точки зрения главный штаб вермахта руководил всеми боевыми частями. По своему персональному составу он был, однако, больше координирующим, чем планирующим органом. Руководство приказами на воде имели командующий морским флотом группы «Восток» (адмирал Карльс, до 7 апреля как командующий морским флотом группы «Север» он оперативно подготовил операцию) для Балтийского моря вплоть до заграждения в Скагерраке и командующий морским флотом группы «Запад» (генерал-адмирал Заальвэхтер) для Северного моря, включая норвежские воды. Оба оперативно подчинялись военно-морскому руководству. Военная авиация командовала авиатранспортами вплоть до проведенной высадки. Все воздушные операции в районе Дания — Норвегия были проведены соединениями X авиационного корпуса в Гамбурге (генерал-лейтенант Гейсслер). Операции армии после высадки проводила группа XXI (генерал фон Фалькенхорст), под его руководством XXXI высшее командование (генерал авиации Каупиш) в Дании. Операция по захвату Дании и Норвегии должна была разделиться в самом начале вследствие пространственного разделения боевых групп на многочисленные одиночные действия. Это зависело в каждой из высадившихся групп от строгого руководства, которое должно было одновременно обозревать общее развитие событий и действовать соответствующим образом. Сосредоточение боевых групп и их отдельные операции были делом назначенных для этого оперативных штабов трех родов войск вермахта, согласование их интересов вменялось в обязанность Верховному командованию вермахта. Для такого тесного сотрудничества, какого требовала операция в Норвегии, отсутствовал какой-либо опыт.
Предпринятая перед войной в академии вермахта попытка обучать особо квалифицированных офицеров Генерального штаба в расчете на общие операции еще не отразилась на классификации руководящего состава вермахта в начале войны. Германия не имела Генерального штаба в 1939 году, имелись лишь главные штабы родов войск. Тем не менее организация руководства оказалась в общем и целом пригодной и представляла уже внушительное сотрудничество трех штабов, особенно если проводить сравнение с немногими счастливыми начинаниями противников в первые годы войны. Конечно, во взаимоотношениях этих штабов имелись трудности и определенные трения в решениях руководства, что имело давнюю «традицию». Штабы также недостаточно использовали в общении между собой современные средства связи. Но все же руководство вермахта всегда стремилось победить сепаратистские частные интересы и в то же время достаточно хорошо понимало интересы различных родов войск. Представления у солдат на фронте были зачастую другими, чем у высшего руководства, что особенно ярко, проявилось при удаленных операциях в Норвегии, вероятно, больше, чем на других театрах военных действий, но это не могло, однако, уменьшить волю к объективному сотрудничеству. Проведение «Учения Везер» требовало маневренного, подвижного руководства, которое при всем том согласно положению вещей должно было предоставить большую ответственность младшим командирам. В обоих случаях высокие требования были выполнены полностью.
По мере приближения срока начала операции возникало все больше сомнений, удастся ли этот смелый план. 26 марта главнокомандующий военно-морским флотом объявил состояние готовности после оперативного совещания с Гитлером. Гросс-адмирал Редер не разделял взгляда ряда высших морских офицеров, что с окончанием финско-русской войны в Скандинавии наступила разрядка. Беспокойство немецких торговых судов английскими военно-морскими и военно-воздушными силами в норвежских водах еще, однако, не подтолкнуло военно-морское руководство сделать вывод о непосредственной угрозе Норвегии. Немецкие перевозки руды поддерживались в полном объеме, тем более что потерь пока не было.
Начальник оперативного отдела военно-морского руководства капитан С. Фрике все еще придерживался точки зрения, что можно подождать до тех пор, пока англичане не сделают первый шаг в Норвегию, тогда все равно не поздно было бы защитить рудный бассейн через Швецию и оттуда действовать против английских плацдармов в Норвегии — мысль, от которой нельзя было отмахнуться. Это сэкономило бы по меньшей мере силы и позволило избежать огромного риска использования флотов. Но об этом главнокомандующий военно-морским флотом не мог даже подумать. Поэтому оперативные начинания Фрике не были выполнены, хотя морской ответственный исполнитель в штабе Фалькенхорста капитан С. Кранке также видел в этой операции больше недостатков, чем преимуществ. 12 марта все подготовительные мероприятия были выполнены настолько, что захват датских и норвежских пунктов на побережье мог бы произойти по морскому пути к 20 марта. Лишь ледовая ситуация в Балтийском море после очень суровой зимы потребовала перенести сроки еще на несколько дней. Тем не менее финско-русское заключение мира в середине марта лишило теперь западные державы возможности вмешаться в скандинавские дела. А значит, стало неустойчивым и обоснование ответных действий Германии. Поэтому Гитлер все еще не мог решиться отдать приказ на проведение операции «Учение Везер», так как он полагал, что она недостаточно мотивирована с точки зрения внешних условий. Прежние настораживающие сообщения о предстоящей высадке союзников в Норвегии теперь, кажется, не имели под собой никаких оснований.
При всем том главнокомандующий военно-морским флотом 26 марта на оперативном совещании у Гитлера высказался, что основной целью союзников по-прежнему остается отрезать Германию от ее рудной базы и что раньше или позже эту базу придется защищать. Однако операцию «Учение Везер» требовалось провести во время полярных ночей, и самый последний срок для этого — 7 апреля. На основании этого доклада о ситуации Гитлер окончательно решил в тот же самый день, что операция «Учение Везер» с временным незначительным превосходством должна проводиться перед нападением на запад, тем более что имелась опасность, что после нарушения голландского нейтралитета Германией в качестве английской контрмеры был возможен захват Нарвика. На случай, если бы Англия раскрыла немецкие намерения, в директиве «Учение Везер» не имелось никакого соответствующего приказа. Еще 6 апреля Верховное командование вермахта, в отличие от военно-морского руководства, было убеждено в том, что английской высадки не последует. И все же даже в штабе Фалькенхорста возникли сомнения в том, стоит ли делать шаг на датскую и норвежскую землю в форме нападения без предупреждения. Прежде всего военно-морские круги не разделяли — в противоположность точке зрения немецкого морского атташе в Осло — убеждения, что мирный захват удался бы, если бы вступление произошло еще перед вручением немецкой ноты, как было запланировано. Вызывает сомнение, могли ли скандинавские правительства приказать тогда (еще своевременно) прекратить огонь. 21 марта Фалькенхорст посоветовал предварительно установить дипломатический контакт, чтобы прозондировать предполагаемое поведение скандинавских правительств. Гитлер, однако, строго запретил любые переговоры, так как у северных государств могли бы возникнуть подозрения и они обратились бы за помощью к Англии и Америке. Генерал-майор Йодль также занял эту точку зрения и был мало обрадован такому предложению группы XXI. По его мнению, политические намерения вообще не касались штаба руководства Фалькенхорста.
