Военно-морской флот имел задание с помощью 11 групп военных кораблей и восьми транспортных эшелонов перевозить части и вооружение по точному календарному плану в Данию и Норвегию. Для этого использовались почти все имеющиеся в распоряжении военные корабли и транспортные суда. Транспортировка больших общевойсковых соединений на военных кораблях была до сих пор единственным в своем роде случаем в военной истории. Английское морское господство на Северном море могло быть свергнуто только благодаря моменту неожиданности. Большое значение поэтому придавалось маскировке и обману. Должны были найти применение не только нейтральные и английские корабельные имена и опознавательные знаки, но и был отдан до сих пор неповторимый в немецкой военной истории приказ повесить английский военный флаг на немецких кораблях, если этого потребует ситуация. Так, в приказе командующего разведывательными вооруженными силами для групп IIIa и IIIb (группа крейсеров, направлявшихся в Берген) говорилось в том числе о поведении при входе в норвежские воды: «Маскировка под английские транспортные средства должна осуществляться до последней возможности. На все запросы радиотелеграфом норвежских кораблей отвечать на английском языке… На вызов нужно отвечать именами английских военных кораблей… Проявлять предусмотрительность, освещать английский военный флаг». Для общения с проходящими норвежскими сторожевыми кораблями фразы морзянкой были подготовлены на английском языке. Распоряжения считались логичными для линкоров, эсминцев и остальных групп военных кораблей. Предусмотренные для Осло-фьорда два корабля — разрушителя заграждений имели указание отвечать «на вызовы сигналами с побережья и сторожевых кораблей, используя для обмана имена английских пароходов. За день до «дня Везер» (8 апреля) с наступлением темноты нужно повесить английский торговый флаг. Самое позднее с наступлением «времени Везер» или при начале боевых действий нужно повесить немецкий военный флаг». Соответственно командующий подводным флотом в операционном приказе («Хартмут») ставил в известность свои лодки о том, что немецкие военно-морские силы «при вхождении [в норвежские гавани] вплоть до высадки войск, вероятно, кроме Нарвика будут нести английский военный флаг».
У военно-морского руководства все же появились опасения из-за возможной путаницы ввиду получившей известность английской операции по постановке мин; разрешение на вывеску английского флага было отменено во второй половине дня 8 апреля, то есть в последний момент. В отношении ожидавшегося после высадки на берег контрудара союзников необходимо быть по возможности более сильными в пунктах высадки. Поэтому от военно-морского флота требовалось также сконцентрироваться на немногих пунктах на побережье. Если при высадке оказывалось сопротивление, то задача военных кораблей была в том, чтобы сломить его. Тем не менее корабли не могли оказать постоянную огневую защиту армейским частям. Из-за этого возникло значительное расхождение во мнениях между армией и военно-морским флотом, которое длилось весь март, однако в конце концов было разрешено в пользу военно-морского флота. После обсуждения, состоявшегося между тремя главнокомандующими 5 марта у Гитлера, фюрер постановил: в соответствии с требованиями Геринга об эффективной противовоздушной обороне, по крайней мере, в Тронхейме оставить тяжелые части военно-морского флота. 28 марта Гитлер даже потребовал, чтобы в Нарвике, Тронхейме и Осло военные корабли остались также после высадки на берег, так как их немедленный отход оказал бы негативное впечатление на оставшиеся на суше воинские части. Это означало бы, что самая большая часть немецкого флота осталась бы в Норвегии, кроме того, в гаванях, которые не могли ни в коем случае пока еще считаться базами.
На следующий день главнокомандующий военно-морским флотом обещал проверить, мог ли Тронхейм сразу после захвата быть оборудован как база. От пребывания военных кораблей в Нарвике тем не менее отказались. 2 апреля Гитлер отклонил повторную атаку главнокомандующего люфтваффе с замечанием, что он порицает также немедленный обратный выход военных кораблей, но не хотел бы, однако, «вмешиваться слишком откровенно в дела чисто морской войны». Тем самым руководители ВМС осуществили свои принципы, которые немедленно, а также с полным правом, вошли как принцип руководства в общий приказ на проведение операции: «Сохранение собственных сил важно для последующего использования достигнутой цели этой операции». Поэтому необходимо было по возможности избегать боевых действий на пути туда и обратно. Особой проблемой должно было быть постоянное снабжение по морю, которое полностью могло наступать только тогда, когда войска высаживались и, следовательно, момент внезапности отпадал. Нужно было предвидеть, что противник предпримет все усилия, чтобы препятствовать движению последующих транспортов, для этого у него вполне имелись силы.
Обеспечение посредством незначительных по численности надводных вооруженных сил могло происходить только в скромных рамках. Большее значение должно было играть оружие подводных лодок, которое после прежних успехов внушало надежду на эффективные действия против больших сосредоточений вражеских кораблей. Поэтому 4 марта Верховное командование ВМФ приказало временно не посылать подводные лодки в Атлантику. Обеспечение десанта на морских просторах и перед гаванями, а также борьба с вражескими контрвысадками выпали на долю подводных лодок. Кроме того, они должны были быть эффективны против военно-морских сил, которые использовались бы для разружения морских коммуникаций. Чтобы оказаться своевременно в районах действия, лодки должны были занять свои позиции — внутри фьордов или в положении ожидания на предполагаемых вражеских путях, прежде чем начнется отход своих групп военных кораблей.
Надводные корабли и подводные лодки впервые во Второй мировой войне совместно оперировали в одном и том же морском районе. Взаимная угроза не была исключена. К тому же для развертывания подводных лодок необходимо было по возможности дольше сохранять неожиданность. Все необходимые мероприятия были учтены в отданном для проведения операции в Норвегии операционном приказе командующего подводным флотом. Он был выдан командирам при выходе в запечатанном виде и мог быть открыт только по особому распоряжению. Операция подводных лодок носила наименование «Хартмут». Подводные лодки, предназначенные для Нарвика и Тронхейма, уже 11 марта получали приказ занять свои позиции. 14 марта были замечены минимум 14 английских подводных лодок в Северном море, против которых сразу были задействованы восемь маленьких лодок, разумеется безуспешно. На сообщение немецкого морского атташе в Осло, что якобы 60 английских военных кораблей стоят перед Эгерсунном, туда маршем были направлены четыре лодки, к которым после Пентленд-Ферт приблизились находившиеся в пути U-21 и U-22. Это ошибочное сообщение имело серьезные последствия: U-21 в далеком марше вследствие небезопасной навигации села на грунт около острова Оддкнуппен (к юго-востоку от Мандала) 27 марта в пределах норвежских территориальных вод и была интернирована в Кристиансанн. Предназначенные для операции «Хартмут» лодки между 31 марта и 6 апреля вышли из немецких гаваней. В последний день командиры получили указание открыть запечатанные конверты и поступать согласно оперативному приказу. Через два дня развертывание подводных лодок, по существу, было закончено.
Люфтваффе выпало задание перевозить парашютистов и армейские части в Осло, Берген, Ставангер, Кристиансанн и Ольборг, защищать эшелоны морских транспортов и высадку на берег от вражеских ВВС и поддерживать наземные войска в боях с вражеским сопротивлением. Другими первоочередными задачами были разведка и эксплуатационная готовность аэродромов, организация зенитной обороны, защита воздушного пространства, контроль морских областей в поисках вражеских подводных лодок. Против английских воздушных соединений на ютландские и норвежские аэродромы должны были быть переведены и находиться там в состоянии готовности подразделения истребительной и штурмовой авиации. Требовались боевые соединения для разгрома скоплений вражеских надводных вооруженных сил в районе проведения операции. Необходимо было предоставить в распоряжение воздушное пространство для транспортировки больших армейских соединений с вооружением. Таким образом, для военной авиации был поставлен ряд совершенно новых задач. До сих пор было обдумано только теоретически использование в большем объеме парашютистов и воздушно-десантных войск, сотрудничество с армией и военно-морским флотом. Спорный вопрос, находилась ли на верном пути организация германского вермахта с обоснованием независимой военной авиации, мог бы получить
