После проведенных ремонтных работ яхта, обладая особым статусом, оказалась в тройном подчинении: командующего Морскими силами Черного моря, а также «напрямую» в подчинении морского министра и флаг-капитана Его Императорского Величества. Таким образом, корабль нес службу по специальным поручениям этих трех должностных лиц, в том числе конвоировал приходившую на Черное море императорскую яхту «Штандарт».
Командующий Морскими силами Черного моря вице-адмирал А.А. Эбергард на борту яхты «Алмаз» вместе с экипажем
В феврале 1913 года Черноморский флот, как и вся Россия, отмечал 300-летие царствующего дома Романовых. На кораблях эскадры, в том числе и на «Алмазе», проходили «высочайшие» смотры и служили молебны. В Севастополь прибыл император Николай II, он, посетив обновленный корабль, остался доволен его внешним видом и лично вручил офицерам памятные медали.
В начале 1914 года после достаточно удачных опытов по подъему и спуску на воду с борта крейсера «Кагул» гидроаэропланов типа «Curtis» командующий Морскими силами Черного моря вице-адмирал А.А. Эбергард предложил приспособить его вместе с однотипным крейсером «Память Меркурия» и яхтой «Алмаз» под носители этих аппаратов для разведочных целей. На это морской министр 14 февраля ответил: «Разрешаю на двух крейсерах, что же касается яхты «Алмаз» – то до моего личного осмотра устройства на первом, ничего не делать».
Вместе с тем один из первых проектов вооружения яхты «Алмаз» двумя такими гидроаэропланами, размещенными на крыше адмиральской рубки, разработал подпоручик по адмиралтейству А.Е. Жуков ровно месяц назад. Подъем и спуск на воду летательных аппаратов предлагалось осуществлять с помощью установленной на бизань-мачте съемной грузовой стрелы длиной 15 метров и грузоподъемностью 737 килограммов. Несколько позже, 18 февраля, за подписью главного корабельного инженера Севастопольского порта генерал-майора А.П. Титова предложили еще один проект расположения на «Алмазе» гидроаэропланов между грот– и бизань-мачтами. Однако под их носитель его приспособили по несколько иному варианту лишь после начала Первой мировой войны.
20 мая 1914 года командиром яхты «Алмаз» назначается капитан 2-го ранга А.С. Зарин, он оставался на этой должности до начала августа 1916 года.
По предвоенным мобилизационным планам «Алмаз» намечалось перевооружить путем установки на нем четырех 75-мм (поставлены после прихода яхты в Черное море), двух из шести 47-мм орудий и шести 120-мм на станках Металлического завода. Стоимость этих работ оценивалась в 28 600 руб. Из остального вооружения по состоянию на 1 декабря 1914 года «Алмаз» располагал еще тремя пулеметами.
Включившись в военные действия, Черноморский флот обеспечивал защиту морских коммуникаций, оборону побережья от вражеского вторжения. Корабли оказывали существенную поддержку приморскому флангу Кавказской армии.
Для безопасности плавания по Черному морю, в котором довольно свободно действовали быстроходные германо-турецкие крейсеры «Гебен» и «Бреслау» (первый из них – современный линейный крейсер, вооруженный 280-мм артиллерией и развивающий скорость 28 узлов – был способен на равных вести бой сразу против нескольких линкоров додредноутного типа Черноморского флота), требовалась постоянная воздушная разведка. К началу мировой войны восемь приобретенных за рубежом гидросамолетов отряда базировались в Килен-бухте Севастополя. Здесь, на главной базе Черноморского флота, и сформировали тот первый авиаотряд, который и положил начало практическому применению авиации в отечественном флоте. Военные летчики включались в боевую подготовку и операции флота: морская авиация проводила воздушную разведку, занималась поиском мин и минных заграждений, подводных лодок противника, наведением боевых кораблей на цель и даже наносила точные бомбовые удары по вражеским кораблям.
9 ноября 1914 года главному командиру Севастопольского порта направлено распоряжение командующего Морскими силами Черного моря «о срочных мероприятиях по приспособлению яхты, Алмаз“ для приема на борт гидроаэропланов и установки их по походному порядку». Для участия гидроавиации в боевых операциях специально переоборудовали во вспомогательные крейсера с авиавооружением грузопассажирские пароходы «Император Николай I» и «Император Александр I». Таким образом, «Алмаз» оказался в числе первых, как в то время называли такие корабли, отечественным авиатранспортом. Гидросамолеты принимались на корабли лишь на период боевых походов. Остальное время они базировались на береговых стоянках.
Правила, так же, как и авиатехника того времени, выглядели достаточно примитивно, но все же позволяли довольно быстро и безаварийно осуществлять операции по подъему гидросамолетов на авиатранспорты и спуск с них на воду. Обычно гидроплан приводнялся и «своим ходом» приближался к авиатранспорту на расстоянии 30–40 метров, затем катером или многовесельной шлюпкой буксировался под стрелу корабля. Летчик закладывал спущенный с авиатранспорта стальной кованый крюк (гак) за стальное подвижное кольцо (рым) аэроплана. Летательный аппарат вместе с летчиком поднимался на палубу, ставился на дощатую платформу и закреплялся в специальных стойках с обязательной фиксацией самолета длинными бамбуковыми шестами с мягкими тампонами на концах и оттяжками, закрепленными за крайние стойки гидроаэроплана.
Подъем летающий лодки Д.П. Григоровича «М-5» на борт «Алмаза»
Спуск гидроаэроплана с борта на воду осуществлялся таким же способом в обратном порядке, затем самолет отбуксировывался от борта корабля и взлетал с поверхности. Безопасность указанных операций во многом зависела от умения и мастерства команды авиатранспорта, она должна была при подъеме и спуске гидроаэроплана сократить до минимума время его нахождения у борта судна, с тем чтобы уменьшить риск удара самолета об авиатранспорт. В начале войны на борту «Алмаза» размещались два гидросамолета типа «М-5», спустя два года их число увеличилось до четырех.
Вместе с функциями авиатранспорта «Алмаз» успешно выполнял и роль корабля огневой поддержки, содействуя операциям русских войск на турецком фронте. Корабль участвовал также в боевых действиях в составе крейсерского разведывательного отряда. Так, утром 18 ноября 1914 года в довольно густом тумане эскадра Черноморского флота, следуя в кильватерной колонне, шла на север в сторону Крыма. Примерно в 30 кабельтовых впереди держались дозорные корабли. Море было спокойно. Начавшийся легкий бриз рассеял туман, и сигнальщик с «Алмаза» в дымке на горизонте у мыса Сарыч обнаружил справа по курсу «Гебен». «Алмаз» быстро развернулся и на всех парах пошел навстречу эскадре, чтобы уведомить командующего о близости противника. Встреченный меткими залпами линейных кораблей Черноморской эскадры и получив несколько попаданий, немецкий линейный крейсер вынужден был уклониться от боя и отойти.
В январе 1915 года возле турецкого порта Зонгулдак «Алмаз» обстреляла береговая артиллерия и корабль получил пробоину в районе ватерлинии. Несмотря на штормовую погоду, команда сумела подвести пластырь на пробоину, и «Алмаз» взял курс на Батум, потопив по пути турецкий пароход с военным грузом. Всего же за годы войны при участии «Алмаза» было уничтожено шесть судов противника. Гидросамолеты корабля обычно выполняли задачи противолодочного наблюдения, а в марте 1915 года в районе пролива Босфор проводили воздушную разведку и бомбардировку батарей и береговых сооружений противника.
16 ноября 1916 года приказом по флоту авиатранспорт «Алмаз» перечислили в класс посыльных судов, а 23 января следующего года в должности его нового командира утверждается капитан 2-го ранга В.А. Киселев.
Известие о Февральской революции застало экипаж корабля в Новороссийском порту. Офицеры пытались скрыть от матросов события, происшедшие в Петрограде, но корабельный священник сообщил экипажу об отречении от престола императора Николая II.
«Алмаз» в перерыве между боевыми походами. Под бушпритом хорошо видна ферма фор-трала, установленного для предохранения корабля от подрыва на минах
В августе приказом нового командующего Черноморским флотом контр-адмирала А.В. Немитца «Алмаз» в качестве флагманского корабля транспортной флотилии Черного моря переходит в Одессу. Флотилия в составе примерно ста преобразованных в военные транспорты торговых пароходов осуществляла перевозку военных грузов. Здесь в Одессе и застали «Алмаз» октябрьские события. Теперь в роскошных каютах и салонах бывшего крейсера-яхты заседал Совет матросских депутатов, и есть свидетельства, что выносившиеся действовавшим при нем революционным трибуналом приговоры тут же на корабле и исполнялись.
В январе 1918 года «Алмаз» являлся штабным кораблем восставших против украинской Центральной рады войск, а позднее, находясь на ремонте у стенки Морского завода Севастополя, оказался под контролем германского командования. Весной 1919 года занявшие к тому времени Севастополь французы перегнали «Алмаз» в Константинополь, где пытались использовать его в качестве плавбазы. Осенью того же года корабль вернулся в Севастополь и в качестве вспомогательного крейсера вошел в состав Вооруженных сил Юга России. По некоторым данным, кораблем в октябре-декабре 1919 года командовал капитан 2-го ранга Н.Н. Машуков.