Давши Сенату стряпчего от государя и государства, Петр отправился в Персидский поход, Сенат остался в Москве. Но уже при самом отправлении императора в поход явились признаки, предвещавшие очень неприятные столкновения в Сенате без государя. В Коломне обер-прокурор Сената Скорняков-Писарев забежал к императрице с жалобами на свое положение вследствие ссоры с генерал-прокурором. Осенью 1722 года сам Петр получает от того же Скорнякова письмо, в котором, поздравляя со вступлением в Дербент, обер-прокурор прибавлял: «А без вашего величества жить нам, бедным, скучно». В этих словах заключалось не простое выражение преданности. В письме к Екатерине Скорняков объяснял причины своей скуки: «А без вас нам, бедным, жить зело трудно; о чем я вашему величеству в Коломне доносил, то уже с бедным, со мною и чинится: Павла Ивановича (Ягужинского) некоторые плуты привели на меня на недоброхотство, и, то видя, из господ Сената некоторые чинят мне обиды, а паче господин барон Шафиров великие чинит мне обиды, неоднократно в Сенате кричал на меня и в делах ваших при Павле Ивановиче говорить мне не велит, и в день получения ведомости о входе ваших величеств в Дербент в доме Павла Ивановича, видя меня зело шумного (пьяного), заколол было меня шпагою, и после того за мое спорное ему предложение называл меня в Сенате лживцем, чего уже мне по пожалованной вашим величеством саржи (должности) терпеть не мочно, токмо же о сем его императорскому величеству доносить не дерзаю, дабы тем его величество не утрудить, но вас, всемилостивейшую государыню, прошу, ежели от него чрез кого будут на меня, бедного, и помощи, кроме вас, не имеющего, какие наветы донесет, сие мое слезное прошение в полезное время его императорскому величеству (донести), дабы я, бедный, от него и от согласников его не понес напрасного оклеветания». Но скоро обер-прокурор потерял терпение и послал письмо прямо Петру с жалобами на свою горькую жизнь от нападений Шафирова, а нападения начались тогда, когда он, Писарев, поссорился с генерал-прокурором: «Живу в таких горестях, что не чаю жив дождаться вашего величества, ибо боюся, чтоб на мне не взыскалося неисправление дел, а что говорю, ничто не успевает, токмо же паче к злобе Павла Ивановича на меня приводят, и говорят мне явно яко оный Шафиров, тако и прочие ему подобные, чтоб я при Павле Ивановиче ничего не говорил, а ему злохитренно предлагают, что будто я у него в слова впадаю. И ныне паче на меня Павел Иванович по наговору от него, Шафирова, озлобился и публично при Сенате кричал на меня и бить челом хотел, а он, Шафиров, льстя ему, написал на меня ему доношение, в котором лицемерно его хвалил».
Между тем генерал-прокурору нужно было по приказанию императора выехать из Москвы; его должность должен был исправлять Скорняков-Писарев. Ягужинский написал по этому случаю Петру, что и при нем обычное сенатское несогласие не могло быть сдержано, ссоры и брани становятся все сильнее, а после его отъезда можно опасаться, чтоб партии страсти своей не продолжали; поэтому он, Ягужинский, отъезжая, оставил в Сенате письменное предложение, чтоб партикулярные ссоры и брани оставлены были до возвращения императора. Тут же генерал-прокурор объяснял Петру, что вся ссора пошла из-за почепского дела князя Меншикова, возникшего по жалобе гетмана Скоропадского, что светлейший завел себе к Почепу, которым владел, много лишних людей и земель. Подробнее рассказывал дело Шафиров в письме своем к Петру: «32 года я уже у дел, 25 лет лично известен вашему величеству и до сих пор ни от кого такой обиды и гонения не терпел, как от обер-прокурора Скорнякова-Писарева. Озлобился он на меня за то, что при слушании и сочинении приговора по делу князя Меншикова о размежевании земель почепских не захотел я допустить противного указам вашим. Писарев трудился изо всех сил склонить меня на свою сторону сначала наговорами, потом криком, стращал гневом князя Меншикова, но я остался непреклонным. По указу вашего величества велено было князю Меншикову отдать только то, что ему гетман после Полтавской баталии к Почепу дал; козаков почепских и других велено было из-за караула освободить и быть им по прежним их правам и вольностям, но в сенатском приговоре написано было, что посылается в Малороссию особый чиновник для исследования — принадлежат ли к Почепу сотни и города Баклань и Мглин, о козаках же вовсе умолчено. Увидавши такой неправильно сочиненный приговор, мы обратились к обер-секретарю с вопросом, для чего он позволил себе такую неправильность? Тут вскочил с своего места обер-прокурор и начал вместо обер-секретаря говорить с криком, что так следует написать для ясности и что нам на князя Меншикова посягать не надлежит. Я на то ему отвечал, что говорю с обер-секретарем, а не с ним, а он сам знает, что приговор составлен не так. Он принужден был уступить, и мы их фальшивый приговор почти весь перечернили».
В этом деле Шафиров торжествовал над Скорняковым-Писаревым, вместе торжествовала партия родовитых людей в лице сенаторов Голицына и Долгорукого над Меншиковым; Шафиров, человек худородный, был только орудием. Но при тогдашней общей легкой нравственности в служебных отношениях Шафиров дал возможность врагам своим поправиться и действовать на него наступательно: он позволил себе употребить свое сенаторское влияние для того, чтоб брату его, Михайле, было выдано лишнее жалованье при переходе из одной службы в другую. В другое время, при других отношениях, дело могло легко сойти с рук, но теперь за Шафировым смотрели самые зоркие глаза — глаза врагов. Скорняков-Писарев протестовал против незаконности дела; Шафиров должен был защищаться, а защищаться было крайне трудно, надобно было прибегать к отчаянным средствам: так, он требовал справиться, сделан ли вычет из жалованья у иноземцев, которые отпущены из службы, желая подвести своего брата под разряд иноземцев. Но обер-прокурор отвечал на эту натяжку: «Михайла Шафиров не иноземец, но жидовской природы, холопа боярского, прозванием Шаюшки, сын, а отец Шаюшкин был в Орше у школьника шафором, которого родственник и ныне обретается в Орше, жид Зелман». Шафиров возражал: «Его величество сам отца моего знать и жаловать изволил, и ни у кого он в кабальном холопстве не был, но хотя в малых самых летах пленен, однако еще при царе Федоре Алексеевиче в чин дворянский произведен, в котором и живот скончал». Скорняков писал: «Отец Шафирова служил в доме боярина Богдана Хитрово, а по смерти его сидел в шелковом ряду в лавке, и о том многие московские жители помнят».
Но Шафирова должна была более всего тревожить мысль, что при взгляде Петра на обязанности к государю и государству неумолимый император должен произнести строгий приговор над сенатором, решившимся пожертвовать казенным интересом в пользу брата. В письмах своих к Петру Шафиров называл дело неважным и обыкновенным и старался выставить вины Скорнякова-Писарева, писал: «Когда мы были в дому г. генерал-прокурора и при случившейся радостной ведомости о вступлении вашего величества в город Дербень веселились, то он, Писарев, начал сперва брань и драку с прокурором Юстиц-коллегии Ржевским и уже в другорядь его бил и пришел безо всякой причины и ко мне и начал меня поносить, будто я своровал и ту выписку брата своего, утаясь от него, подлогом сенаторам предложил, и хотя я зело шумен был, однако же дважды от него с учтивством отходил, но он в третие меня атаковал и не токмо бранью, но и побоями грозил, что, ежели б то от г. генерал-прокурора не пресечено было, конечно, могло и воспоследовать. Могу по присяге донести, что по отъезде г. генерал-прокурора не прошло ни одного сенатского сиденья, в котором бы обер-прокурор некоторых дел и приговоров по страсти и в противность вашим указам не предлагал и с криком и с бранью не принуждал господ сенаторей подписывать, что по благополучном нашего величества пришествии сюда могу ясно доказать. И маловажные дела прежде нужнейших от него по страсти предлагаются, и в том числе некоторые и такие дела, которые при г. генерал-прокуроре от нас уже решены. Вся злоба на меня происходит от неприятелей моих за то, что я, по должности своей присяжной, видя противности ваших интересов, не молчу, от которых токмо сие ныне доношу: 1) усмотрел я, что Воинская коллегия, протестуясь в невыдаче из статс-конторы по окладу надлежащих денег в оную коллегию, представляла, что оттого многие полки по году и больше без жалованья, отчего множество стало бежать, — предлагал я, дабы статс-контору принудить к выдаче немедленно денег на армию и притом оную и Камер-коллегию счесть, також чтоб и с Военною коллегиею счет учинить оным велеть. От оных коллегий счет учинен, и от статс-конторы показано, что хотя есть некоторая недодача за недостатком денег, но то чинится и для того, что Военная коллегия полного окладу не может никогда издержать, потому что армия никогда в комплекте не живет, к тому же офицеров, получающих иноземческий оклад, ныне немного, большие вычеты с офицеров, отпущенных по домам, штрафы, жалованье, оставшееся от мертвых и беглых, всех этих лишков Военная коллегия никогда не берет в расчет и претендует на полный комплект; и комиссарство доносит, что Военная коллегия по воле своей берет и из оного на неокладные расходы по нескольку сот тысяч, которым никогда счету не показывает, и оттого в окладные дачи солдатские и драгунские недостает. И я о том и при князе Меншикове, и без него обер-прокурору многократно говорил, чтоб взять у Военной коллегии подлинному приходу и расходу ведение, дабы знать, куды те деньги употреблены, но вместо исполнения за то от него и от других на себя вящее гонение навел. 2) По доношению из Военной коллегии в Сенат предложено, чтоб послать для розыску на Яик полковника с двумя роты, пехотною и драгунскою, и велеть тому притом переписать козаков всех, и выслать всех пришлых с 203 года, и велеть им отвозить оных на своих подводах до Казани, и буде они в том ослушны учинятся, то б послать два полка, пехотный и конный, на них и велеть к тому их принудить, а буде то все совершится, и то жь бы учинить и с донскими козаками. И я, ведая из уст самого князя Меншикова, что та посылка чинится более для того, понеже он сказывает, что тамо его мужиков будто с 500 человек с лишком, и я опасен, чтоб тем козаков, как и прежь сего, не подвигнуть к возмущению, предлагал, чтоб силою того не чинить, не донесши вашему величеству, и полков бы не посылать без указу, а буде противности их в розыску не явятся, то б по окончании оного повелеть бы переписать всех козаков, но до указу не вывозить, а прислать перепись наперед в Сенат, что зело противно князю Меншикову и Писареву было; но понеже сенаторы склонились на мое мнение, и того ради так приговор и учинен».
