Для решения дела ждали возвращения государя из персидского похода. 9 января 1723 года Петр прислал указ господам Сенату: «Доносили нам письменно в дороге, возвращающемуся из Персии, обер-прокурор Писарев на барона Шафирова, что он, когда дело его слушали о почте, вон по указу не вышел и назвал его вором, также и в иных делах противных; а барон Шафиров на него писал (и на некоторых из Сенату), что делает по страстям противно указу, которое дело ныне буду розыскивать, что надлежало б чинить в Сенате. Но понеже оба объявили противных себе в Сенате: Шафиров двух — князя Меншикова и графа Головкина, а Писарев глухо — Шафировых друзей, которому велите именовать, дабы с обеих сторон противным их в сем розыску не быть. Також объявить им, чтоб при том розыску как в доношениях, так и в ответах все писали или говорили о материи одной, о которой доносить или ответствовать будут на один токмо тот пункт, о чем спрашивают, а о другой бы материи отнюдь бы не упоминали под жестоким осуждением. И ежели что им каждому для оправдания какие списки из каких дел понадобятся, давали безвозбранно». Спрошенный по этому указу Писарев отвел князей Григория Федоровича Долгорукого и Дмитрия Михайловича Голицына. Суд, названный Вышним, был назначен из сенаторов Брюса, Мусина-Пушкина и Матвеева, из генералов Бутурлина, Головина, Дмитриева-Мамонова, бригадира Воейкова, полковника Блеклого, гвардейских капитанов Бредихина и Баскакова. Князья Долгорукий и Голицын, как свидетели, показывали в пользу Шафирова, но Меншиков, Брюс, Головкин, Мусин-Пушкин и Матвеев показывали в пользу Скорнякова-Писарева, против Шафирова. Долгорукий и Голицын из свидетелей сделались подсудимыми, ибо они вдвоем подписали указ о выдаче лишнего жалованья Михайле Шафирову и утверждали, что Шафиров мог оставаться в Сенате во время слушания и рассуждения о его деле. Шафиров, видя, что оправдан быть не может, написал письмо государю: «Припадая к стопам ног вашего императорского величества, слезно прошу прощения и помилования в преступлении моем, понеже я признаю, что прогневил ваше величество своим дерзновением в том, что по высылке обер-прокурора из Сената не вышел, також что дерзнул я по вопросу приказать приписать Кирееву (секретарю) в приговор брата своего о выдаче ему жалованья на третью треть по указу, разумея то, когда о той выдаче указ повелевает, и в том преступлении своем не могу пред вашим величеством никакого оправдания принесть, но молю покрыть то мое беззаконие кровом милости своея, понеже клянусь вышним, что учинил то бесхитростно. Помилуй меня, сирого и никого помощника, кроме вашего величества, неимущего». Князь Голицын написал: «Про указ о высылке судей при слушании дел о родственниках их ведал и говорил только с господами сенаторами разговором, и то сущею своею простотою, а не против указу, и в том прошу вашего императорского величества милостивого прощения». Князь Долгорукий отвечал, что про указ, что при слушании дел сродникам не быть, аккуратно и памятно он истинно не слыхал, понеже оный указ состоялся без него, а если б он о том указе обстоятельно был сведом, то б было ему и самому в пользу, понеже по причине свойства с бароном Шафировым мог бы он в слушанье о почтовом деле выписки вон выйти и тем всех трудностей избыть, да и другие сенаторы Шафирова вон не высылали. Однако он, князь Долгорукий, сие объявляет не для оправдания своего, понеже должно быть ему те указы обстоятельно ведать, и в том просит от его величества милостивого прощения, дабы напомнены были прежние его рабские службы.
Суд приговорил Шафирова к смертной казни по смыслу указа от 17 апреля 1722 года, «дабы никто не дерзал иным образом всякие дела вершить и располагать не против регламентам, не отговариваясь ничем, ниже толкуя инако; буде же кто оный указ преступит, под какою отговоркою ни есть, то, яко нарушитель прав государственных и противник власти, казнен будет смертию без всякия пощады, и чтоб никто не надеялся ни на какие свои заслуги, ежели в сию вину впадет». Кроме поведения своего в Сенате и выдачи лишнего жалованья брату Шафиров был обвинен в трате государевых денег на свои расходы во время поездки во Францию; у полковника Воронцовского взял в заклад деревню под видом займа, не дав ему ничего денег.
15 февраля, рано утром, Кремль уже был наполнен народом; в этот день назначена была смертная казнь сенатору и подканцлеру Шафирову. Осужденного в простых санях привезли из Преображенского приказа; по прочтении приговора сняли с него парик и старую шубу и взвели на эшафот, где он несколько раз перекрестился, стал на колена и положил голову на плаху. Топор палача уже взвился на воздухе, но ударил по дереву: тайный кабинет-секретарь Макаров провозгласил, что император в уважение заслуг Шафирова заменяет смертную казнь заточением в Сибирь. Шафиров поднялся на ноги и сошел с эшафота со слезами на глазах. В Сенате, куда привели Шафирова, старые товарищи жали ему руки и поздравляли с помилованием, но Шафиров оставался в мрачном расположении духа; говорят, что, когда медик, опасаясь следствий сильного потрясения, пустил ему кровь, то Шафиров сказал: «Лучше бы открыть мне большую жилу, чтоб разом избавить от мучения». Многие, особенно двор герцога голштинского и министры иностранные, искренно жалели о Шафирове, расхваливая его честность. «Правда, — говорили, — он был немного горяч, но все же легко принимал делаемые ему представления, и на его слово можно было вполне положиться». Петр освободил Шафирова и от ссылки в Сибирь; он содержался в Новгороде под строгим караулом, так что и в церковь не позволено было ходить; семейство находилось при нем, на содержание им давали 33 копейки в день. Но и Скорняков-Писарев не торжествовал. Петр нашел его поведение в Сенате незаконным и неприличным и разжаловал в солдаты с отобранием деревень. Но Петр не любил терять способных людей и определил бывшего обер-прокурора надсматривать за работами на Ладожском канале. И здесь Писарев имел несчастие заслужить неодобрение государя, что видно из резолюции Петра в мае 1724 года: «Сказать, что он за дерзновение брани в Сенате довольно наказан и в старый чин достоин был бы, но в канальном деле потачка и недосмотр; того ради за оную вину тому себя учинил недостойным, но для нынешнего торжества (коронации императрицы) и обличения Шафирова дается чин полковничий и половина взятых деревень». У Долгорукого и Голицына отняты были чины, сказан им домовый арест до указу и наложен штраф по 1550 рублей на гошпиталь за то, что, «не слушав выписки, учиненной по челобитью Михайлы Шафирова, и не освидетельствовав о надлежащей ему жалованной даче, прежде закрепы обер-секретарской за просьбу брата его, барона Шафирова, без согласия других сенаторов только двое продерзливо приговор подписали, по коему определили оному Шафирову выдать жалованье без вычету, да, сверх того, и на излишнюю треть. 2) Пренебрежением, хотя и неумышленно, но непорядочно поступили и говорили, будто Шафирову при слушании выписки можно быть». Долгорукий и Голицын обратились к императрице с просьбою о ходатайстве и получили освобождение от ареста и восстановлены были в чинах. Видели, как гордый князь Дмитрий Михайлович несколько раз стукал головою в землю перед Екатериною, благодаря ее за милостивое заступление. Но штраф снят не был. Голицын писал Макарову: «Заняв, 500 рублей заплатил, достальных не имею чем заплатить, опричь займов, и житье мое в Петербурге с убытком, не имею ни одного загона земли, все докупаючи, жил и двор строю в долг». Долгорукий писал о том же. В январе 1724 года Петр в присутствии своем в канцелярии Вышнего суда подписал «не править».
Причины строгости наказания, которому подвергся Шафиров, Петр высказал впоследствии, в указе от 5 февраля 1724 года: «Кто в суде неправду учинит, или в каком ни есть деле ему поверенном, или в чем его должность есть, а он то неправдою будет делать по какой страсти ведением и вольно, такого, яко нарушителя государственных прав и своей должности, казнить смертию натуральною или политическою, по важности дела, и всего имения лишить. Когда кто в своем звании погрешит, то беду нанесет всему государству, яко следует: когда судья страсти ради какой или похлебства, а особливо когда лакомства ради погрешит, тогда первое станет всю коллегию тщиться в свой фарватер сводить, опасаясь от них извета, а, увидев то, подчиненные в какой роспуск впадут? Понеже страха начальных бояться весьма не станут для того, понеже начальнику страстному уже наказывать подчиненных нельзя, ибо когда лишь только примется за виноватого, то оный смело станет неправду свою покрывать выговорками непотребными, дая очьми знать, а иной и на ухо шепнет или через друга прикажет, что если не поманит ему, то он доведет на него; тогда судья, яко невольник, принужден прикрывать, молчать, попускать; что же из сего последует? Не иное что, только подчиненных роспустное житие, бесстрашие, людям разорение, еще горшее, прочим судьям соблазн. Понеже, видя другого, неправдою богатящегося и ничего за то наказания не имущего, редкий кто не прельстится, и тако помалу все в бесстрашие придут, людей в государстве разорят, божий гнев подвигнут, и тако паче партикулярной измены может быть государству не точию бедство, но и конечное падение: того ради надлежит в винах звания своего волею и ведением преступивших так наказывать, якобы кто в самый бой должность свою преступил или как самого изменника, понеже сие преступление вящше измены, ибо, об измене увидав, остерегутся, а от сей не всякий остережется, но может зело гладко под кровлею долго течение свое иметь и злой конец получит».
