В первые месяцы войны еще нередко проводились репрессии священнослужителей. Когда после начала войны Ленинград «очищался от неблагонадежных элементов», в соответствии с прежней практикой были запланированы репрессии против духовенства. В подготовленной 25 августа 1941 г. Ленинградским Управлением НКВД «Сводке на изъятие контрреволюционного элемента из гор. Ленинграда» намечалось арестовать 27 и выслать еще 38 «церковников, сектантов, католиков и клерикалов», что составляло примерно 3 % от общего числа запланированных «к изъятию» 2248 человек.[85]
Уже через несколько дней начались репрессии. Возникло даже коллективное «церковное дело». 27–28 августа было арестовано несколько членов клира Никольской Большеохтинской церкви и священник Николай Ильяшенко. Однако осудить их не удалось, 4 сентября о. Николай был эвакуирован в тюрьму г. Новосибирска, а 15 июля 1942 г. освобожден, дело прекратили за недоказанностью обвинения. Также 28 августа оказался в заключении настоятель Никольской церкви в пос. Саблино Ленинградской области прот. Николай Близнецкий. Его эвакуировали в Новосибирскую область, где он и умер в тюремной больнице г. Мариинска 10 февраля 1942 г.[86] В первые месяцы войны был арестован и священник Спасо-Парголовской церкви о. Симеон. Он умер в ленинградской тюрьме к 1943 г. По свидетельству прихожан тело священника неизвестные люди привезли и положили на дороге у храма, заявив верующим: «Это ваш. Сами и хороните». Пастыря похоронили без гроба близ церкви на Шуваловском кладбище. Наконец, в начале 1942 г. был арестован из-за своего немецкого происхождения заштатный протоиерей Лев Мулл ер, работавший бухгалтером в Никольском соборе. Он был осужден как «немецкий шпион» и скончался в заключении 30 июня 1942 г.[87]
Летом 1942 г. оказалась разгромлена тайная т. н. иосифлянская община архим. Клавдия (Савинского), а всего, согласно справке начальника Ленинградского Управления НКВД, к 1 октября 1942 г. в городе было ликвидировано семь церковно-сектантских контрреволюционных групп. В дальнейшем репрессии в блокадном Ленинграде проводились уже только в отношении членов тайных иосифлянских общин. С середины 1942 г. и в целом в стране аресты клириков Московской Патриархии почти прекратились. Более того, из лагерей освободили десятки священнослужителей, в том числе к сентябрю 1943 г. 6 архиепископов и 5 епископов. Постепенно начали возрождаться епископские кафедры. Появились первые, пока еще редчайшие случаи восстановления закрытых храмов. Религиозные центры СССР признали де-факто, им снова разрешили устанавливать связи с заграничными церковными организациями.
Осень 1941 г. была очень тяжелым временем для страны. Фронт приблизился к Москве. 12 октября митр. Сергий написал завещание, первый пункт которого гласил: «В случае моей смерти или невозможности исполнять должность Патриаршего Местоблюстителя эта должность во всем объеме присвоенных ей патриарших прав и обязанностей переходит к Преосвященному митрополиту Ленинградскому Алексию Симанскому».[88] В 1941–1944 гг. Владыка Алексий проживал в Николо-Богоявленском соборе, разделяя со своей паствой все тяготы блокады.
В начале 1942 г. было разрешено в пропагандистских целях возобновить издательскую деятельность Русской Церкви. 10 марта Л.П. Берия написал Сталину о том, что немцы пытаются использовать Церковь на оккупированной территории в своих целях, и НКВД считает целесообразным силами Московской Патриархии подготовить книгу-альбом, разоблачающую действия фашистов. Вскоре Политбюро приняло секретное решение о подготовке и публикации этого издания. Предисловие к книге «Правда о религии в России» (а не в СССР!) написал Патриарший Местоблюститель, заметное место в ней занимали обращения и статьи митр. Алексия, имелись и фотографии богослужений в кафедральном Никольском соборе. Подготовлена книга была в чрезвычайно короткие сроки и уже летом вышла из печати. Интересно, что ее напечатали в типографии практически переставшего существовать «Союза воинствующих безбожников», и часть тиража по оплошности имела гриф антирелигиозного издательства. Книга эта была издана тиражом 50 тыс. экземпляров, одновременно на нескольких языках и распространялась в США, Великобритании, Швеции, на Ближнем Востоке и за линией фронта.[89] В 1943 г. была подготовлена и напечатана еще одна пропагандистская книга «Русская Православная Церковь и Великая Отечественная война», посвященная патриотической деятельности Московской Патриархии. В издание вошли и послания Владыки Алексия и его телеграмма Сталину.
В Ленинграде изменения в отношении городских властей к Церкви стали происходить уже в начальный период войны. Помимо церковных взносов в фонд обороны одной из сфер сотрудничества стала маскировка храмов, которые могли стать ориентирами и целями при воздушных налетах на город. Первая пробная маскировка была проведена 6 августа 1941 г. в Никольском соборе: сделали покрытие золоченого креста одного из куполов с помощью ткани и покраску нижней части купола. Работы по маскировке собора были сложными и продолжались в 1942 г., в том числе и в зимнее время. Наконец, 25 сентября 1942 г. был подписан акт о выполнении в полном объеме маскировочных спецработ, причем приходской совет оплатил их стоимость, составившую только в августе-сентябре 20600 руб. Подобные работы проводились и в отношении других храмов города, не только действующих, но и закрытых.
В подвальных помещениях ряда храмов (например, в Спасо-Преображенском соборе) были устроены бомбоубежища. Под Казанским собором в период блокады находился детский сад и одно время – отдел штаба Ленинградского фронта. Многие храмы использовались для хранения культурных ценностей. Так, Сампсониевский собор был занят филиалом Эрмитажа, Крестовоздвиженскую церковь занимало фильмохранилище, Афонское подворье и Новодевичий монастырь – архивы, Владимирскую церковь – филиал Публичной библиотеки и т. д. Особенно много музейных коллекций было размещено в Исаакиевском соборе в надежде на то, что германские войска, считая его гигантское здание ориентиром, не будут специально пытаться уничтожить храм. Этот расчет оказался правильным, за весь период блокады в собор не было прямого попадания бомб или снарядов, и бесценные коллекции уцелели.
Целый ряд церковных зданий выполнял функции, связанные с патриотическим воспитанием жителей города и бойцов Ленинградского фронта. Особенно большую роль при этом играла Александро-Невская Лавра. С началом Великой Отечественной войны комплекс зданий Лавры сразу стал использоваться для военных целей. Первоначально в конце лета – осенью 1941 г. на территории монастыря был устроен укрепленный район с 9 опорными боевыми точками.[90] По воспоминаниям одной из бывших блокадниц, огневая точка была устроена даже в помещении ее квартиры в угловом здании Лавры, выходившем на набережную Невы. В Федоровском корпусе вблизи Троицкого собора разместилось бомбоубежище, а большая часть самого собора оказалась занята под воинский склад, причем одно время в нем хранили и боеприпасы.
В конце 1941 г. в части лаврских зданий разместился приемно-распределительный госпиталь № 1. Сюда в обязательном порядке поступали все больные и раненые военнослужащие, прежде чем попасть в какое-либо другое лечебное учреждение. В приемно-распределительном госпитале врачи оказывали первую медицинскую помощь, осуществляли диагностику и сортировку раненых и больных и направляли их затем в соответствующие лечебные учреждения. В функции врачей и медсестер также входило выявление «самострелов» и симулянтов, имелся в госпитале и штат политработников, которые изучали письма бойцов родным.[91] Присутствие на территории Лавры большого количества военнослужащих стало одной из причин устройства в храмах монастыря мест патриотического воспитания защитников города.
Обращение в ходе войны к русским патриотическим, в том числе православным церковным традициям играло чрезвычайно важную роль в обороне Ленинграда. Достаточно упомянуть тот факт, что с городом на Неве была тесно связана жизнь, деятельность или история захоронений знаменитых русских полководцев – А. Суворова, М. Кутузова, Ф. Ушакова, святого князя Александра Невского, в честь которых учредили ордена в советских вооруженных силах (так орден Александра Невского был учрежден 29 июля 1942 г. по личному указанию Сталина). В Благовещенской церкви Лавры находилась могила генералиссимуса А.В. Суворова, и в 1942 г. было произведено ее художественное оформление. По эскизам художников Н.М. Суетина и А.В. Васильева в ноябре были выполнены два живописных панно, знамена и транспаранты. Сюда, к могиле непобедимого полководца приходили воины, отправлявшиеся на защиту родного города.