Инквизитор Джакомо делла Марка, безжалостный искоренитель ереси, сообщает около 1460 г. в своем «Диалоге с фратичелло» сведения об окончательной форме учения фратичелли. Все сводится к вопросу о нищете Христа и о еретическом характере Иоанна. Фратичелли клеймят католиков именем иоаннитов, а себя называют михаелитами, так что еретиков возводили к схизматикам-францисканцам, группировавшимся вокруг Михаила Мезенского, а не к спиритуалам. Они, выставляя священников виновными в симонии и конкубинате, отвращают простой народ от духовенства; люди отказываются исповедоваться у священников, присутствовать на совершаемых ими богослужениях, получать таинства из их рук и платить десятину. Таким образом, фратичелли, воображая себя детьми Бога, являются, по мнению инквизитора, еретиками.
Уже с 1362 г. фратичелли образовывали несколько различных сект, из которых каждая считала себя единственно истинной Церковью. Неполнота документов, которыми располагает история, не позволяет подробно проследить различия этих фракций; можно только вообще утверждать, что еретическая Церковь не состояла из одних только отшельников и монахов; у нее было свое духовенство, свои верные миряне и свои епископы, во главе которых стоял верховный вождь или папа, известный под именем епископа Филадельфии (Филадельфия было мистическое имя общины). В 1367 г. этот пост занимал бывший аквинский епископ Томассо; в 1374 г. открыли другого папу в Перузе; в 1429 г. в это достоинство возвели Райнальдо. Был даже глава мирян, который назывался Императором Христиан!
Папы приказывали инквизиции уничтожить секты. Во время папства Урбана V в Витербо было сожжено девять фратичелли, а в 1389 г. несколько еретиков казнено во Флоренции. Сицилия и юг Италии оставались глубоко зараженными ересью. В Неаполе в 1362 г. было арестовано и сожжено много фратичелли на огромном костре. Тем не менее салернский архидьякон-фратичелло в 1362 г. получил епископскую кафедру в Тривенто, которую занимал до самой смерти около 1382 г. В 1372 г. Григорий XI узнал, что в Сицилии останки умерших фратичелли почитаются как мощи. Папа приказал инквизиторам положить этому конец, но народ продолжал считать фратичелли истинными детьми св. Франциска, давал им убежище и презирал францисканцев, не соблюдавших свой монашеский Обет. Францисканцы в 1374 г. вступили с фратичелли в публичный диспут в Перузе. Их представитель доказал, что повиновение папе стоит выше повиновения уставу, и фратичелли были изгнаны из города. Однако и после этой победы инквизиция не осмеливалась их преследовать.
Фратичелли не ограничивались обращениями в Италии. Они распространяли Евангелие между неверными и варварами. В 1344 г. Климент VI обратился к архиепископам, епископам и всем верным Армении, Персии и Востока, чтобы они остерегались «этих посланников Сатаны». Не имея в этих странах инквизиторов, папа приказывал прелатам разыскивать и наказывать этих еретиков. В 1346 г. Климент VI вызвал к себе в четырехмесячный срок самого селевкийского архиепископа. Этот прелат, зараженный заблуждениями псевдоминоритов, составил на армянском языке и распространял по всей Азии толкования на Евангелие от Иоанна, в котором поддерживал запрещенное учение о нищете Христа. В 1354 г. Иннокентий VI приказал епископу Каффы вступить в борьбу при помощи инквизиционных приемов с фратичелли, которые вели деятельную миссию среди крымских хазар. В 1375 г. Григорий XI приказал францисканскому провинциалу Египта и Сирии применить к фратичелли-миссионерам всю строгость законов против этих еретиков. Один из них заразил своей ересью христиан Туниса; Григорий приказал капитанам христианских войск, служивших у тунисского бея арестовать фратичелло и прислать его к архиепископу Неаполя или Пизы.
Уничтожали фратичелли в Лангедоке и Провансе. В 1336 г. в папские темницы Авиньона было заключено много еретиков, среди которых был папский капеллан. В 1364 г. в Монпелье были арестованы два тосканских фратичелли. Вырвать у них отречения не удалось, и они взошли на костер.
Известий о фратичелли в Северной Франции не дошло. Имеется упоминание только о деле профессора Парижского университета Дениса Сульша, который в 1363 г. учил, что закон божеской любви уничтожен обладанием земными благами и что Христос и апостолы не имели ничего. Вызванный инквизитором, он отрекся перед факультетом, а затем обратился к папе. Папа отправил его к кардиналу Бове и в Сорбонну, которым было приказано добиться от него отреченья и наказать его, посоветовавшись с инквизитором. В 1368 г. он принес публичное отречение.
Ересь в это время появилась и в Испании. В Валенсии были арестованы делегатом инквизитора монах и два терциария; они обратились к папе Клименту VI, который приказал епископу Валенсии выпустить их на свободу под залог, запретив им выезжать из города, пока дело не будет рассмотрено в Авиньоне. В 1353 г. папа Климент приказал епископу Валенсии и инквизитору возбудить преследование против этого монаха, продолжавшего проповедовать свое учение. Монах отрекся и был осужден к пожизненному тюремному заключению; кости обоих умерших к тому времени терциариев были вырыты и сожжены. Обнародованная Мартином VI в 1426 г. булла свидетельствует, что фратичелли существовали еще в Арагоне и Каталонии. Иоанну XXII и его преемникам удалось на время подавить духовный аскетизм францисканцев. Однако это направление сделалось традиционным в ордене, и его нельзя было уничтожить совсем. Францисканцы проявляли в отношении фратичелли благосклонность всякий раз, когда это можно было сделать без особого риска.
Вера, что единственным путем к спасению является отречение от всякого имущества, была настолько широко распространена, что ее нельзя было уничтожить давлением. Францисканцы, наиболее стремившиеся к аскетизму, были недовольны новым направлением ордена, и наиболее ревностные из них искали средств, как бы выйти из этого положения, не впадая в ересь. В 1350 г. Джентиле Сполетский получил от Климента VI признание нескольких монастырей с более строгим образом жизни. На генеральном капитуле в 1353 г. генералу Фариньяно было предложено уничтожить мятежных братьев. Он отказался применить насилие, но вскоре ему удалось обвинить учеников Джентиле в том, что они давали убежище фратичелли. На этом основании Фариньяно убедил Иннокентия VI в опасности этого новшества, и добился отмены папского разрешения. Джентиле и двое из его товарищей были заключены в тюрьму в Орвието, остальные братья были приведены к повиновению.
Благодаря Великому Расколу фратичелли процветали, никем не теснимые; но когда Церковь возродила свое единство в Констанце, она вновь принялась за искоренение заблуждения. Мартин V выпустил 14 ноября 1418 г. в Мантуе буллу, в которой отметил рост этой секты. Поэтому папа приглашает епископов и инквизиторов энергично преследовать фратичелли, не обращая внимания на границы их юрисдикции, и выступать также против покровителей этих еретиков, хотя бы они были епископами или князьями. В 1421 г. Мартин в другой булле упоминает о постоянном росте ереси и предоставляет специальные полномочия кардиналам Альбано и Порто. В 1423 г. Сиенский собор подтвердил, что в Пенисколе открыт был еретический папа с коллегией кардиналов. Уполномоченные галликанской Церкви тщетно пытались заставить собор принять меры против светских властей, не склонных преследовать фратичелли. Дело трех еретиков из Лукки и Пизы, открытых в это время во Флоренции, Мартин V, не доверяя францисканской инквизиции Флоренции, специально поручил своим легатам, председательствовавшим в то время на Сиенском соборе. После внезапного роспуска собора легаты вернулись в Рим. Во Флоренцию отправился только доминиканский генерал; и 24 апреля 1424 г. Мартин приказал ему окончить дело, причем запретил инквизитору Флоренции вмешиваться. В сентябре того же года Мартин уполномочил аббата из Розачьо, папского ректора Анконской Марки, уничтожить фратичелли в этой стране; папа уполномочивал аббата воссоединить с Церковью даже этих еретиков-рецидивистов.
В 1426 г., пренебрегая инквизицией, Мартин назначил инквизиторами двух монахов обсервантинов, не ограничив их известною территорией, и предоставил им право выбрать себе делегатов, что давало им высшую власть над всею Италией. Он доверил это дело непримиримым врагам ереси: Иоанну де Капистрано и Джакомо да Монтепрандоне, более известному под именем делла Марка. Инквизиторы начали преследование в Анконской Марке, в епархиях Фабриано и Иези. В 1428 г. деревня Маньялата, старинное пристанище еретиков, была разрушена и срыта навсегда; много закоренелых еретиков сожгли. Раскаивающихся папа разрешил воссоединить с Церковью. Главарей секты было приказано подвергнуть пожизненному тюремному заключению и пытке, чтобы вырвать у них имена соумышленников. Простых людей, совращенных этими сектантами, папа повелел расселить по соседним деревням, где они должны заняться земледелием; в возмещение расходов по переселению между ними должны быть разделены имущества, конфискованные у других. Дети еретиков должны быть отобраны у родителей и отосланы кудалибо далеко, где их воспитали бы в истинной вере. Сочинения еретиков должны быть тщательно разысканы по всей провинции. Магистраты и общины должны быть предупреждены, что малейшее покровительство, оказанное ими еретикам, повлечет за собой потерю муниципальных прав. Капистрано, изгнав фратичелли из Масаччьо и Палестрины, основал в этих городах обсервантинские монастыри как цитадели веры. Евгений IV в 1432 г. возобновил полномочия Капистрано как главного инквизитора против фратичелли. Джакомо в 1441 г. опять был послан в Анконскую Марку в качестве инквизитора специально для уничтожения фратичелли. В 1447 г. Николай V возобновил мандат Капистрано, и в 1449 г. против еретиков Марки было начато новое преследование. Николай лично явился в Фабриано, Капистрано и Джакомо действовали в стране. Маньялата, вопреки папскому запрещению, возникла из развалин; она, равно как селения Мильоротта, Поджио и Меруло, была возвращена к истинной вере жестокими срелствами. Узники, приведенные к Николаю в Фабриано, были сожжены.